More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2254 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
275 aa  541  1e-153  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000539502  hitchhiker  0.00573308 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.08 
 
 
285 aa  385  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.686039  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2838  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.61 
 
 
276 aa  211  1e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.314351 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1482  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.16 
 
 
272 aa  202  5e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00114182  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.7 
 
 
297 aa  201  9e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0330031 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
273 aa  171  7.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
295 aa  168  7e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.574995  hitchhiker  0.00173435 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18870  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.17 
 
 
319 aa  167  2e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.858818  normal  0.355174 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29880  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.46 
 
 
304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0719  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.69 
 
 
279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0553602  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.55 
 
 
277 aa  162  6e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
273 aa  160  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256296  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0699  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  30.92 
 
 
273 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0631  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein, putative  30.92 
 
 
273 aa  159  3e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 
275 aa  159  3e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.326622  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03070  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.33 
 
 
296 aa  160  3e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.386443  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
280 aa  159  5e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0479  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  30.92 
 
 
273 aa  159  6e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0481  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  30.92 
 
 
273 aa  159  6e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
304 aa  159  6e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0624  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  30.92 
 
 
273 aa  159  6e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4734  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  30.53 
 
 
273 aa  158  7e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0537  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease  30.92 
 
 
273 aa  158  8e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0568  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease protein  30.92 
 
 
273 aa  158  8e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0605  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  30.53 
 
 
273 aa  158  9e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
270 aa  157  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.15 
 
 
273 aa  157  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
298 aa  157  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
268 aa  157  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.353997  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
270 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7591  ABC transporter membrane spanning protein  33.33 
 
 
275 aa  156  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.8 
 
 
301 aa  156  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0210527 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.42 
 
 
270 aa  156  3e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
306 aa  156  4e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.250656  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07090  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.14 
 
 
297 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
280 aa  155  8e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
300 aa  155  9e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2748  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.85 
 
 
306 aa  154  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.925228  normal  0.18236 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3420  proteophosphoglycan ppg4  33.58 
 
 
272 aa  154  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.257772  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
272 aa  154  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00685083  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
286 aa  153  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.143013 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.861609 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2199  monosaccharide-transporting ATPase  31.99 
 
 
269 aa  152  5e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.139368  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06290  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.96 
 
 
291 aa  152  5e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
278 aa  152  8e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.34 
 
 
297 aa  152  8e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000227991  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
299 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
274 aa  151  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.610741  hitchhiker  0.000350702 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
307 aa  150  2e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.556058 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1550  MalG-type ABC sugar transport system permease component  32.74 
 
 
308 aa  150  2e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
277 aa  150  3e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000457855  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
301 aa  150  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.521844  normal  0.416861 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
324 aa  150  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29710  carbohydrate ABC transporter membrane protein  31.8 
 
 
304 aa  149  3e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.942295  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.09 
 
 
306 aa  149  4e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000825086 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.58 
 
 
284 aa  149  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1636  sugar ABC transporter, permease  30.86 
 
 
277 aa  149  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.43 
 
 
276 aa  149  5e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1901  sugar ABC transporter, permease protein  30.86 
 
 
277 aa  148  8e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.682079  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
297 aa  148  8e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
300 aa  148  9e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.150269  normal  0.306181 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7693  putative transmembrane permease component of ABC transporter  33.7 
 
 
286 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0320  monosaccharide-transporting ATPase  33.94 
 
 
701 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.67338  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0974901  normal  0.381629 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519096  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1314  ABC transporter, permease protein  32.2 
 
 
273 aa  147  3e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.25 
 
 
406 aa  146  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0947722  normal  0.449211 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
289 aa  146  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
275 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0175  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.45 
 
 
278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.419307  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.385749  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48115  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
301 aa  145  5e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
308 aa  145  6e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.013285 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
284 aa  145  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12849  sn-glycerol-3-phosphate transport integral membrane protein ABC transporter ugpE  31.85 
 
 
275 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144305  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2917  ABC-type sugar transport system, permease component  34.6 
 
 
273 aa  145  7.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30850  ABC-type sugar transport system, permease component  31.78 
 
 
315 aa  145  8.000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29400  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.6 
 
 
305 aa  145  8.000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.709644  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 
278 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.198934  normal  0.328694 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05240  carbohydrate ABC transporter membrane protein  29.93 
 
 
312 aa  144  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.06 
 
 
300 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
274 aa  144  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
290 aa  144  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.82 
 
 
275 aa  144  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2510  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  31.9 
 
 
278 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.686515 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
298 aa  143  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15321  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1703  putative transport system permease ABC transporter protein  32.58 
 
 
292 aa  143  3e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.757038  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.79 
 
 
284 aa  143  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.32 
 
 
299 aa  143  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
313 aa  143  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0180019 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 
286 aa  143  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0123708 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.98 
 
 
390 aa  143  3e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
295 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.925961 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
722 aa  143  3e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0626826  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
278 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.716321  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0956  monosaccharide-transporting ATPase  29.96 
 
 
277 aa  142  4e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0922285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>