262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2140 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2140  hypothetical protein  100 
 
 
415 aa  788    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.283428  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2760  hypothetical protein  41.3 
 
 
339 aa  97.4  5e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0118  UspA domain-containing protein  37.99 
 
 
381 aa  93.2  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3451  UspA domain-containing protein  36.32 
 
 
293 aa  87  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.936527 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1892  UspA domain-containing protein  39.57 
 
 
294 aa  85.5  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.281928  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3475  UspA domain-containing protein  35.94 
 
 
291 aa  82  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1145  UspA domain protein  42.25 
 
 
301 aa  82  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1800  UspA domain protein  33.67 
 
 
347 aa  81.3  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0593055  normal  0.0659308 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4822  UspA domain-containing protein  39.04 
 
 
289 aa  79.3  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1901  UspA domain-containing protein  40.11 
 
 
295 aa  79  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.184723  normal  0.100414 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3452  UspA domain-containing protein  34.22 
 
 
289 aa  78.6  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.936527 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1125  UspA domain-containing protein  32.14 
 
 
294 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1097  hypothetical protein  32.14 
 
 
294 aa  77.4  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.185588  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1114  UspA domain-containing protein  32.14 
 
 
294 aa  77.4  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.98551 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3447  UspA domain-containing protein  33.51 
 
 
296 aa  76.6  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.728231  normal  0.505813 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3526  hypothetical protein  36.7 
 
 
288 aa  74.3  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.369083  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1412  hypothetical protein  36.14 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.48566  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3621  hypothetical protein  33.16 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.820337  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3694  UspA domain-containing protein  33.16 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.34077  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3656  UspA domain-containing protein  32.8 
 
 
289 aa  73.9  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0378694  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3659  UspA domain-containing protein  36.79 
 
 
293 aa  73.6  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.153996  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3626  UspA domain-containing protein  32.63 
 
 
293 aa  72.8  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.208272  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1814  UspA domain protein  41.58 
 
 
192 aa  72  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.582822  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5216  UspA domain-containing protein  34.76 
 
 
298 aa  71.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.366232  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4807  Universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein-like protein  35.11 
 
 
288 aa  72  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.839178 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3433  UspA domain-containing protein  34.52 
 
 
289 aa  71.2  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.604274  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1425  UspA domain-containing protein  32.45 
 
 
297 aa  70.9  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1447  UspA domain protein  53.01 
 
 
147 aa  70.5  0.00000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1581  UspA domain-containing protein  36.04 
 
 
288 aa  70.1  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.582811 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4449  hypothetical protein  47.19 
 
 
311 aa  69.7  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23130  universal stress protein UspA-like protein  36.22 
 
 
323 aa  68.9  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.688964  normal  0.113593 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1963  UspA domain-containing protein  36.46 
 
 
294 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.351193  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5439  Universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein-like protein  35.52 
 
 
284 aa  68.9  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.132119 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0396  UspA domain-containing protein  41.54 
 
 
155 aa  68.6  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0948  UspA domain-containing protein  35.45 
 
 
290 aa  68.2  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00710468  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1532  UspA domain-containing protein  32.8 
 
 
289 aa  68.6  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000990893 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4978  UspA domain-containing protein  34.22 
 
 
293 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3411  hypothetical protein  33.16 
 
 
298 aa  67.8  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.59136  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3474  UspA domain-containing protein  33.16 
 
 
298 aa  67.8  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.408629  normal  0.0273493 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1415  UspA domain-containing protein  34.92 
 
 
295 aa  67.4  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542243  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3422  UspA domain-containing protein  33.16 
 
 
298 aa  67.8  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.230237 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5362  UspA domain-containing protein  30.61 
 
 
341 aa  67.4  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1891  UspA domain-containing protein  32.97 
 
 
277 aa  67.4  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.098004  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4981  hypothetical protein  30.61 
 
 
341 aa  67.4  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.196038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5069  UspA domain-containing protein  30.61 
 
 
341 aa  67.4  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12063  hypothetical protein  36.36 
 
 
294 aa  67.4  0.0000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4829  universal stress protein  33.68 
 
 
285 aa  66.2  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.595112  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3036  hypothetical protein  35.44 
 
 
296 aa  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.456769  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2526  UspA domain-containing protein  34.92 
 
 
296 aa  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1242  UspA domain protein  34.24 
 
 
294 aa  65.5  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.683026  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5184  UspA domain protein  36.07 
 
 
299 aa  65.5  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2334  UspA domain-containing protein  36.61 
 
 
290 aa  65.5  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4382  UspA domain-containing protein  35.42 
 
 
295 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4804  Universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein-like protein  34.97 
 
 
299 aa  65.1  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.21431 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4831  hypothetical protein  36.17 
 
 
292 aa  64.7  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.335515  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1104  hypothetical protein  32.67 
 
 
295 aa  64.3  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1121  UspA domain-containing protein  32.67 
 
 
295 aa  64.3  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1133  UspA domain-containing protein  32.67 
 
 
295 aa  64.3  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.292295  normal  0.867379 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0592  UspA domain protein  35.86 
 
 
139 aa  63.5  0.000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  hitchhiker  0.000217039  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03500  universal stress protein UspA-like protein  31.72 
 
 
287 aa  63.2  0.000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.724222  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0292  UspA domain protein  34.76 
 
 
303 aa  62.8  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.838221  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1742  UspA domain-containing protein  50.79 
 
 
144 aa  62.4  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0436973  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2190  UspA domain-containing protein  42.53 
 
 
148 aa  62.4  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12642  hypothetical protein  34.2 
 
 
297 aa  62.8  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1131  UspA domain-containing protein  33.51 
 
 
292 aa  62.8  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.849287  normal  0.887084 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5277  UspA domain protein  33.11 
 
 
308 aa  62.4  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22880  universal stress protein UspA-like protein  33.51 
 
 
303 aa  62  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.538505  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1102  hypothetical protein  33.51 
 
 
292 aa  62  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.608802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1119  UspA domain-containing protein  33.51 
 
 
292 aa  62  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.708169 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2043  UspA domain protein  32.07 
 
 
291 aa  61.6  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000173989  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30750  universal stress protein UspA-like protein  41.07 
 
 
305 aa  61.6  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.537439  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4805  hypothetical protein  35.23 
 
 
273 aa  61.6  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.595462 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0383  UspA domain-containing protein  39.09 
 
 
343 aa  61.2  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1111  UspA domain protein  41.67 
 
 
321 aa  61.2  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213436  normal  0.375797 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22920  universal stress protein UspA-like protein  35.71 
 
 
315 aa  60.5  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.27256  normal  0.365267 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0719  hypothetical protein  38.39 
 
 
294 aa  60.5  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1647  UspA domain-containing protein  39.23 
 
 
287 aa  60.5  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0769263  normal  0.795067 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0733  UspA domain-containing protein  38.39 
 
 
294 aa  60.5  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0946433 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4681  Universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein-like protein  35.33 
 
 
288 aa  60.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.153677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0713  UspA domain-containing protein  38.39 
 
 
294 aa  60.5  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.247578 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1912  UspA domain protein  41.76 
 
 
155 aa  60.8  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1042  UspA domain protein  42.86 
 
 
289 aa  60.5  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2388  UspA domain-containing protein  36.22 
 
 
293 aa  60.1  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3812  UspA domain protein  42.86 
 
 
143 aa  59.7  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0776  UspA domain protein  39.25 
 
 
308 aa  59.7  0.00000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3533  UspA domain protein  31.22 
 
 
287 aa  59.7  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1935  UspA domain protein  39.87 
 
 
144 aa  58.9  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.3004  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22890  universal stress protein UspA-like protein  33.84 
 
 
300 aa  58.9  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.599041  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9016  hypothetical protein  34.27 
 
 
315 aa  59.7  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  31.41 
 
 
304 aa  58.9  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0009  universal stress protein  26.99 
 
 
321 aa  57.8  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1806  UspA domain protein  38.84 
 
 
393 aa  58.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0998568  normal  0.120471 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1986  UspA domain protein  29.43 
 
 
317 aa  57.8  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0315  UspA domain-containing protein  40.48 
 
 
146 aa  57.8  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.242735  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0968  UspA domain-containing protein  58.33 
 
 
151 aa  58.2  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.848779  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3457  UspA domain-containing protein  33.77 
 
 
159 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0989  UspA domain-containing protein  42.86 
 
 
300 aa  58.2  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2336  UspA domain-containing protein  35.71 
 
 
289 aa  57.4  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.71731  normal  0.885164 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3476  UspA domain-containing protein  32.98 
 
 
296 aa  57.4  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19610  universal stress protein UspA-like protein  31.94 
 
 
306 aa  57.4  0.0000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.697757  normal  0.0279477 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>