More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2025 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2025  transposase, IS4  100 
 
 
296 aa  575  1.0000000000000001e-163  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.641891 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0402  transposase, IS4  96.3 
 
 
216 aa  369  1e-101  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1877  transposase, IS4  67.59 
 
 
160 aa  237  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.524457 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17380  transposase family protein  63.38 
 
 
144 aa  194  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6465  hypothetical protein  54.25 
 
 
268 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0522  transposase, IS4 family protein  56.46 
 
 
170 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0847  transposase, IS4 family protein  56.46 
 
 
170 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.123583 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3790  transposase, IS4 family protein  56.46 
 
 
170 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.541543  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0093  transposase, IS4 family protein  56.46 
 
 
173 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1908  transposase, IS4 family protein  53.37 
 
 
173 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.221251  decreased coverage  0.000248435 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2601  hypothetical protein  57.05 
 
 
274 aa  152  7e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0182939  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2753  hypothetical protein  49.18 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0760  hypothetical protein  56.21 
 
 
276 aa  141  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00106619  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1406  hypothetical protein  56.21 
 
 
276 aa  141  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5590  hypothetical protein  48.75 
 
 
268 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.634416  normal  0.0110915 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5581  hypothetical protein  48.75 
 
 
268 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0704355 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3527  hypothetical protein  52.63 
 
 
268 aa  132  7.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0067  putative transposase IS4  40.31 
 
 
209 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.724266 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0563  putative IS4 transposase protein B  40.31 
 
 
209 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937128  normal  0.262066 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2483  IS4 family transposase  40.31 
 
 
209 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.929772  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3510  putative transposase  40.31 
 
 
209 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.412323  normal  0.291639 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4296  putative transposase, IS4  40.31 
 
 
209 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000110159  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4457  putative transposase  40.31 
 
 
209 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.487659 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2711  putative transposase  40.31 
 
 
209 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.909302 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1843  hypothetical protein  52 
 
 
267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3471  hypothetical protein  50.66 
 
 
268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5632  hypothetical protein  50.99 
 
 
268 aa  124  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2603  hypothetical protein  50 
 
 
268 aa  124  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.144374  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6412  IS4 family transposase  42.08 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.510008  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6468  IS4 family transposase  42.08 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572401  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1566  IS4 family transposase  42.08 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7677  transposase IS4 family protein  43.71 
 
 
247 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1671  TIS1421-transposase protein B  50 
 
 
128 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0971457  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0042  TIS1421-transposase protein B  50 
 
 
128 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0093  TIS1421-transposase protein B  50 
 
 
128 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0301  TIS1421-transposase protein A  50 
 
 
128 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00123351 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0582  IS1421-transposase protein B  50 
 
 
128 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0991  TIS1421-transposase protein B  50 
 
 
128 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.308631  normal  0.0376658 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5785  transposase IS4 family protein  43.71 
 
 
204 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6398  hypothetical protein  44.44 
 
 
258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1734  transposase, IS4 family protein  49.57 
 
 
140 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2024  putative transposase  83.64 
 
 
70 aa  97.4  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.887373 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3094  transposase, IS4 family protein  54.37 
 
 
112 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0335819  normal  0.853001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3622  transposase, IS4 family protein  54.37 
 
 
112 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0968819  normal  0.128538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3722  transposase, IS4 family protein  54.37 
 
 
112 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0136631  hitchhiker  0.000781159 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3631  transposase, IS4 family protein  54.37 
 
 
112 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0411326  normal  0.17845 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4477  transposase, IS4 family protein  54.37 
 
 
112 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.742166  normal  0.164245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1726  transposase, IS4 family protein  54.37 
 
 
112 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.188181 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2047  transposase, IS4 family protein  54.37 
 
 
112 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2524  transposase, IS4 family protein  54.37 
 
 
112 aa  93.6  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0824327  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1346  transposase  38.51 
 
 
272 aa  89.4  7e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.566826  normal  0.888683 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0173  transposase, IS4 family protein  40.68 
 
 
123 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5739  transposase IS4 family protein  45.53 
 
 
136 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3860  transposase IS4 family protein  36.18 
 
 
291 aa  75.9  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0247596  normal  0.128374 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1847  transposase IS4 family protein  36.18 
 
 
283 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1898  transposase IS4 family protein  36.18 
 
 
283 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.177398  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4264  hypothetical protein  35.29 
 
 
280 aa  73.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.096709  normal  0.517421 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2623  hypothetical protein  40.76 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0242  transposase (IS4 family)  33.77 
 
 
171 aa  71.2  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1328  transposase, IS4 family protein  33.57 
 
 
140 aa  70.5  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1740  transposase, IS4 family protein  33.57 
 
 
140 aa  70.5  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3783  hypothetical protein  34.42 
 
 
252 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.155847 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5636  hypothetical protein  34.42 
 
 
252 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0124  transposase (IS4 family)  33.56 
 
 
171 aa  68.9  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0291  transposase (IS4 family)  33.56 
 
 
171 aa  68.6  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.34578e-32  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3841  transposase IS4 family protein  32.7 
 
 
167 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4642  Transposase and inactivated derivatives-like protein  33.12 
 
 
252 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.555712 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3969  Transposase and inactivated derivatives-like protein  33.12 
 
 
252 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3738  Transposase and inactivated derivatives-like protein  29.87 
 
 
251 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4722  IS4 family transposase  29.17 
 
 
232 aa  63.2  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01099  hypothetical protein  31.11 
 
 
133 aa  62.4  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02156  hypothetical protein  31.11 
 
 
133 aa  62.4  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05987  hypothetical protein  31.11 
 
 
133 aa  62.4  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05895  hypothetical protein  31.11 
 
 
133 aa  62.4  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05841  hypothetical protein  31.11 
 
 
133 aa  62.4  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02820  hypothetical protein  31.11 
 
 
133 aa  62.4  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06084  hypothetical protein  30.6 
 
 
132 aa  62  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5939  hypothetical protein  30.34 
 
 
266 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.754111  normal  0.0437323 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02895  hypothetical protein  30.37 
 
 
133 aa  60.8  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0677  transposase, IS4  33.33 
 
 
164 aa  60.8  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.321651 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05084  hypothetical protein  30.37 
 
 
133 aa  60.8  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4088  Transposase and inactivated derivatives-like protein  33.77 
 
 
281 aa  60.5  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4937  transposase, IS4 family protein  31.43 
 
 
235 aa  60.1  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00831349  normal  0.350186 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3504  transposase, IS4 family protein  38.39 
 
 
179 aa  59.7  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.249811  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2179  transposase IS4 family protein  31.37 
 
 
181 aa  59.7  0.00000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.488583  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1224  Transposase and inactivated derivatives-like protein  33.77 
 
 
281 aa  59.3  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3828  transposase  30.82 
 
 
260 aa  59.3  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4215  transposase, IS4  28.78 
 
 
131 aa  58.9  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0225  transposase, IS4  32.64 
 
 
164 aa  58.5  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1053  transposase, IS4  32.64 
 
 
164 aa  58.5  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.133687  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1352  transposase, IS4  32.64 
 
 
164 aa  58.5  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.238339  normal  0.0658866 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3066  transposase, IS4  32.64 
 
 
164 aa  58.5  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.298578  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7817  transposase  38.64 
 
 
92 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.267815  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0310  transposase, IS4  31.33 
 
 
210 aa  58.2  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.664621  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1095  transposase, IS4  31.33 
 
 
210 aa  58.2  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.282833 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2919  transposase, IS4  31.33 
 
 
210 aa  57.8  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0214  Transposase and inactivated derivatives-like protein  30.87 
 
 
281 aa  57.4  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4475  hypothetical protein  29.38 
 
 
259 aa  56.2  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1158  transposase  32.61 
 
 
138 aa  56.2  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3213  Transposase and inactivated derivatives-like protein  31.54 
 
 
281 aa  56.2  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>