More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2007 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_2934  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  56.75 
 
 
966 aa  991    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0048436  hitchhiker  0.00113857 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43110  Fe-S/FAD domain protein  39.55 
 
 
938 aa  641    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.326877  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4837  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.04 
 
 
973 aa  666    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.286258  hitchhiker  0.00000327471 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3343  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.49 
 
 
934 aa  670    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.641395 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4610  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  57.19 
 
 
928 aa  933    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.119537 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0460  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.29 
 
 
992 aa  644    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.394566 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2007  FAD linked oxidase-like  100 
 
 
955 aa  1924    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0405  FAD linked oxidase-like protein  40.74 
 
 
961 aa  639    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0118244  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2723  FAD linked oxidase-like  41.57 
 
 
955 aa  714    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0184  FAD linked oxidase domain protein  50.05 
 
 
967 aa  828    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3728  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  55.27 
 
 
966 aa  984    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0224472  normal  0.621627 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4141  FAD linked oxidase domain-containing protein  57.42 
 
 
941 aa  1027    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4737  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.2 
 
 
936 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0148478 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4603  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.3 
 
 
936 aa  634  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52713  normal  0.0292343 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0072  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.02 
 
 
959 aa  624  1e-177  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0253  oxidoreductase/iron-sulfur cluster-binding protein  37.28 
 
 
959 aa  625  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2256  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.87 
 
 
937 aa  624  1e-177  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000277534  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0694  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.44 
 
 
936 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000209119 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1439  FAD linked oxidase domain-containing protein  40.45 
 
 
967 aa  622  1e-176  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.96855  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4738  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.88 
 
 
936 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1410  4Fe-4S ferredoxin  40.2 
 
 
960 aa  621  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.787039  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5492  oxidoreductase FAD-binding region  38.63 
 
 
941 aa  615  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2725  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.49 
 
 
941 aa  615  9.999999999999999e-175  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.191321 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1418  FAD linked oxidase domain-containing protein  35.72 
 
 
943 aa  610  1e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0749  FAD linked oxidase-like  37.46 
 
 
940 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3063  FAD linked oxidase domain protein  42.07 
 
 
967 aa  608  9.999999999999999e-173  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2281  FAD linked oxidase-like  35.56 
 
 
949 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63100  putative ferredoxin  38.68 
 
 
938 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.153244  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2440  iron-sulfur cluster-binding protein  36.48 
 
 
935 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2196  FAD linked oxidase domain protein  37.24 
 
 
942 aa  606  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2995  FAD linked oxidase domain-containing protein  35.41 
 
 
939 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3604  oxidoreductase  37.63 
 
 
943 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00314932  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3171  FAD linked oxidase domain protein  41.89 
 
 
961 aa  600  1e-170  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2794  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.7 
 
 
934 aa  600  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4686  oxidoreductase, FAD-binding/iron-sulfur cluster-binding protein  36.19 
 
 
944 aa  597  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2973  FAD linked oxidase-like  40.74 
 
 
955 aa  598  1e-169  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.771032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1339  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.7 
 
 
934 aa  591  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3228  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.62 
 
 
978 aa  589  1e-167  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.130904  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1353  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.7 
 
 
934 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1271  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.63 
 
 
934 aa  587  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0752852  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3008  FAD linked oxidase domain protein  34.7 
 
 
934 aa  588  1e-166  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000527922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1376  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.48 
 
 
934 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.915749 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1763  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding:FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  37.08 
 
 
923 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.575647  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2735  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.73 
 
 
934 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1546  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.25 
 
 
938 aa  583  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.825134  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2808  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.62 
 
 
934 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3136  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.16 
 
 
934 aa  579  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.502756 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0908  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.36 
 
 
942 aa  582  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000203424 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2905  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.62 
 
 
934 aa  581  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.520733  normal  0.168522 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1521  iron-sulfur cluster-binding protein  34.13 
 
 
914 aa  578  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0406  FAD linked oxidase-like  37.77 
 
 
951 aa  572  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.955894  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1725  FAD linked oxidase domain protein  37.34 
 
 
937 aa  545  1e-153  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.250362  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13795  predicted protein  33.74 
 
 
983 aa  528  1e-148  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0857019  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1756  oxidoreductase, FAD-binding, iron-sulfur cluster-binding  29.32 
 
 
923 aa  432  1e-119  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1936  oxidoreductase, FAD-binding, iron-sulfur cluster-binding  28.31 
 
 
923 aa  422  1e-116  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0764  FAD linked oxidase domain protein  26.76 
 
 
987 aa  195  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1787  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.54 
 
 
948 aa  190  9e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2896  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  25.89 
 
 
1035 aa  189  2e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.228282  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2547  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.61 
 
 
1023 aa  186  1.0000000000000001e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.846231  normal  0.179542 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2375  FAD linked oxidase-like protein  30.05 
 
 
952 aa  186  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1470  FAD linked oxidase domain-containing protein  28.66 
 
 
997 aa  186  2.0000000000000003e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.271002  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2130  FAD linked oxidase domain protein  25.64 
 
 
973 aa  184  6e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4859  FAD linked oxidase domain protein  26.2 
 
 
1043 aa  184  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0821468  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6956  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  25.67 
 
 
1007 aa  183  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0509  FAD linked oxidase domain protein  25.68 
 
 
1024 aa  181  8e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2125  FAD linked oxidase domain protein  25.68 
 
 
1015 aa  180  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3858  FAD linked oxidase domain-containing protein  27.2 
 
 
978 aa  180  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.738511  hitchhiker  0.000383652 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0560  FAD linked oxidase domain-containing protein  26.46 
 
 
976 aa  178  4e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.389138  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4174  FAD linked oxidase domain-containing protein  26.27 
 
 
1000 aa  178  6e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.57181  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2940  FAD linked oxidase domain protein  25.63 
 
 
1055 aa  177  7e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3429  oxidoreductase  23.69 
 
 
975 aa  175  2.9999999999999996e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4130  FAD linked oxidase domain protein  28.13 
 
 
975 aa  172  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419398  normal  0.98348 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6755  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  25.45 
 
 
999 aa  173  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3402  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  27.48 
 
 
989 aa  173  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5632  D-lactate dehydrogenase  26.65 
 
 
1007 aa  172  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4803  FAD linked oxidase domain protein  26.96 
 
 
976 aa  172  4e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5063  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  26.4 
 
 
1009 aa  171  7e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.424632  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4256  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  25.05 
 
 
1005 aa  171  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1983  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  26.89 
 
 
1031 aa  171  9e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1181  FAD linked oxidase domain-containing protein  26.24 
 
 
1037 aa  170  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.998854 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2844  putative oxidoreductase  26.79 
 
 
949 aa  169  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.788098  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1400  FAD linked oxidase domain protein  26.92 
 
 
1023 aa  169  2e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3077  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  24 
 
 
991 aa  169  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2904  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  24.43 
 
 
1025 aa  168  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.83736  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0862  FAD linked oxidase domain protein  26.34 
 
 
1050 aa  168  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.961575  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08570  FAD/FMN-dependent dehydrogenase  25.86 
 
 
945 aa  168  5.9999999999999996e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.695725  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0626  hypothetical protein  25.48 
 
 
930 aa  168  5.9999999999999996e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0289  FAD linked oxidase domain protein  26.91 
 
 
976 aa  167  8e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4442  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding:FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  24.95 
 
 
966 aa  167  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4725  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  23.97 
 
 
976 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.881602  hitchhiker  0.000909988 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0464  hypothetical protein  26.52 
 
 
984 aa  166  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0725  FAD linked oxidase domain-containing protein  27.3 
 
 
906 aa  166  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2770  putative FAD-dependent oxidoreductase  24.87 
 
 
999 aa  165  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0457  FAD linked oxidase domain protein  27.69 
 
 
1014 aa  165  3e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.873167  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2720  FAD linked oxidase-like protein  24.6 
 
 
1024 aa  165  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0858  FAD linked oxidase domain protein  26.09 
 
 
1052 aa  163  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11033  FAD linked oxidase-like protein  25.84 
 
 
967 aa  163  1e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3054  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  24.87 
 
 
1032 aa  164  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.267975 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3764  FAD linked oxidase domain protein  24.84 
 
 
1070 aa  162  3e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0200676  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3126  FAD linked oxidase domain-containing protein  24.83 
 
 
962 aa  161  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>