146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1940 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1940  peptidase M52, hydrogen uptake protein  100 
 
 		 201 aa  372  1e-102  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4597  hydrogenase maturation protease  56.28 
 
 		 187 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08060  hydrogenase maturation protease  49.72 
 
 		 176 aa  143  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3819  hydrogenase maturation protease  48.88 
 
 		 167 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.704224  normal  0.0594228 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2487  hydrogenase maturation protease  41.48 
 
 		 170 aa  112  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2125  hydrogenase maturation protease  45 
 
 		 156 aa  110  9e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.295921  normal  0.0277446 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2409  hydrogenase maturation protease  46.26 
 
 		 169 aa  107  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.520841 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2546  hydrogenase maturation protease  42.45 
 
 		 170 aa  99.4  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.316612  normal  0.0941351 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2138  peptidase M52, hydrogen uptake protein  39.01 
 
 		 137 aa  78.6  0.00000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.577863  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2184  peptidase M52, hydrogen uptake protein  39.01 
 
 		 137 aa  78.6  0.00000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.303394 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0777  coenzyme F420-reducing hydrogenase delta subunit  30.12 
 
 		 158 aa  67.4  0.0000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.470969  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1293  HyaD peptidase  30.05 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000175592  normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1157  hydrogenase expression/formation protein  30.36 
 
 		 195 aa  65.1  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.486513  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0051  hydrogenase maturation protease  28.14 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0212564  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1165  hydrogenase expression/formation protein  30.86 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2175  hydrogenase maturation protease  28.48 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2331  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  26.95 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3769  hydrogenase expression/formation protein  31.94 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0916  hydrogenase maturation protease  34.36 
 
 		 170 aa  60.1  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.712591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0380  hydrogenase maturation protease  48.15 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2176  hydrogenase expression/formation protein  31.79 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0123485  normal  0.201269 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3372  hypothetical protein  28.57 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0648  coenzyme F420-reducing hydrogenase delta subunit  28.66 
 
 		 160 aa  59.3  0.00000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.194531  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0014  coenzyme F420-reducing hydrogenase, delta subunit  30.77 
 
 		 160 aa  58.5  0.00000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2150  hydrogenase expression/formation protein  29.14 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133093  normal  0.20367 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1414  hydrogenase expression/formation protein  32.37 
 
 		 166 aa  58.5  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3101  hydrogenase expression/formation protein  29.28 
 
 		 222 aa  58.2  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0499  HyaD peptidase  28.98 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0085  coenzyme F420-reducing hydrogenase delta subunit  30.3 
 
 		 181 aa  57.8  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0501687  normal  0.0549727 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1153  hydrogenase expression/formation protein  29.94 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2740  hydrogenase maturation protease  35 
 
 		 164 aa  56.2  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000112894  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1336  coenzyme F420-reducing hydrogenase delta subunit  28.57 
 
 		 160 aa  56.2  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.291091  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1233  hydrogenase maturation protease  38.55 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.120838  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1707  hydrogenase expression/formation protein  26.97 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1800  hydrogenase expression/formation protein  26.97 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.16559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1648  hydrogenase expression/formation protein  26.97 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1640  hydrogenase expression/formation protein  26.97 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3329  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  33.33 
 
 		 172 aa  55.5  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1635  hydrogenase expression/formation protein  26.97 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2733  hydrogenase maturation protease  31.36 
 
 		 165 aa  55.5  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0162  hydrogenase expression/formation protein  32.64 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2026  HyaD peptidase  31.89 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.462165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1999  hydrogenase maturation  28.57 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.116789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3319  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  27.91 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3399  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  27.91 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3328  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  27.91 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2530  hydrogenase expression/formation protein  31.52 
 
 		 169 aa  54.7  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.780336  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3494  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  27.91 
 
 		 164 aa  54.7  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3393  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  27.91 
 
 		 164 aa  54.7  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.441153 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0648  coenzyme F420-reducing hydrogenase delta subunit  28.99 
 
 		 166 aa  54.3  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1650  hydrogenase maturation protease  38.39 
 
 		 161 aa  54.3  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02869  predicted maturation element for hydrogenase 2  27.33 
 
 		 164 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0703  hydrogenase expression/formation protein  27.33 
 
 		 164 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3909  hydrogenase maturation protease  35.96 
 
 		 168 aa  53.9  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3173  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  27.33 
 
 		 164 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0700  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  27.33 
 
 		 164 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3279  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  27.33 
 
 		 164 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3420  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  27.33 
 
 		 164 aa  53.5  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50560  hydrogenase expression/formation protein, HoxM  29.29 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00480221  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02818  hypothetical protein  27.33 
 
 		 164 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1971  hydrogenase expression/formation protein  27.23 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.814536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1876  hydrogenase maturation protease  33.73 
 
 		 165 aa  53.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252899  normal  0.719205 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3462  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  27.33 
 
 		 164 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4305  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  27.33 
 
 		 164 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0451  coenzyme F420-reducing hydrogenase, delta subunit  29.59 
 
 		 159 aa  52.8  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1075  peptidase M52, hydrogen uptake protein  35.25 
 
 		 188 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0439307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3145  hydrogenase expression/formation protein  28.82 
 
 		 159 aa  51.6  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00208925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2136  peptidase M52, hydrogen uptake protein  28.57 
 
 		 156 aa  51.2  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0522  hydrogenase maturation protease  33.14 
 
 		 177 aa  51.2  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0472  hydrogenase maturation protease  30.9 
 
 		 173 aa  51.2  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.196333 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3135  hydrogenase maturation protease  34.74 
 
 		 159 aa  51.2  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1127  hydrogenase maturation protease  34.74 
 
 		 159 aa  51.2  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0256  coenzyme F420-reducing hydrogenase, delta subunit  27.98 
 
 		 160 aa  51.2  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0834  hydrogenase maturation protease  28.73 
 
 		 177 aa  50.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.850937  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0259  hydrogenase maturation protease  28.4 
 
 		 160 aa  50.1  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2012  hydrogenase maturation protease  42.31 
 
 		 160 aa  50.1  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0582  coenzyme F420-reducing hydrogenase delta subunit  26.95 
 
 		 159 aa  50.4  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.724194  normal  0.0407733 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3406  hydrogenase maturation protease  39.04 
 
 		 191 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7262  hydrogenase expression/formation protein  30.9 
 
 		 214 aa  50.1  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.356245 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2340  hydrogenase 1 maturation protease  29.51 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.732485  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3225  hydrogenase maturation protease  29.55 
 
 		 271 aa  49.7  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.679402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_119  Ni/Fe hydrogenase maturation protease  27.33 
 
 		 160 aa  49.7  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3804  hydrogenase maturation protease  32.79 
 
 		 157 aa  49.7  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0109  hydrogenase maturation protease  27.61 
 
 		 160 aa  49.3  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2322  hydrogenase expression/formation protein  30.18 
 
 		 166 aa  49.3  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.659738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2131  hydrogenase maturation protease  43.02 
 
 		 181 aa  49.3  0.00004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.829671 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1859  hydrogenase maturation protease  27.84 
 
 		 194 aa  49.3  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1090  hydrogenase 1 maturation protease  29.51 
 
 		 195 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557672  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3530  hydrogenase maturation protease  32.12 
 
 		 164 aa  48.5  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.224586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0267  hydrogenase expression/formation protein  27.84 
 
 		 165 aa  48.5  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.312911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1037  hydrogenase expression/formation protein  32.53 
 
 		 161 aa  48.5  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0456714  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0542  hydrogenase expression/formation protein  29.44 
 
 		 169 aa  48.1  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.995345  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1247  hydrogenase maturation protease  28.15 
 
 		 156 aa  48.1  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.188771 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0272  hydrogenase maturation protease  26.67 
 
 		 159 aa  47.4  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.268401 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0786  hydrogenase maturation protease  34.07 
 
 		 160 aa  47.8  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.177407  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00344  hydrogenase 2 maturation protease  28.66 
 
 		 184 aa  47.4  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2822  Ni-Fe hydrogenase maturation factor-like protein  26.74 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1556  hydrogenase maturation protease  33.64 
 
 		 176 aa  48.1  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3986  HyaD peptidase  36.36 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1164  HyaD peptidase  33.63 
 
 		 198 aa  47  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>