More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1775 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1775  radical SAM family protein  100 
 
 
392 aa  822    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.391718 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.4 
 
 
479 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.4 
 
 
479 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  29 
 
 
497 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.2 
 
 
478 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  28.68 
 
 
476 aa  110  5e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  25.63 
 
 
501 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  25.25 
 
 
576 aa  99  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  25.57 
 
 
576 aa  98.6  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 
462 aa  97.4  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  26.38 
 
 
473 aa  95.5  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  26.95 
 
 
583 aa  95.9  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.28 
 
 
473 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  24.83 
 
 
474 aa  95.1  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.74 
 
 
556 aa  95.1  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  25 
 
 
473 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  25 
 
 
473 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  25.66 
 
 
473 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.28 
 
 
474 aa  94  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  28.86 
 
 
518 aa  94  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  29.96 
 
 
564 aa  94  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  27.24 
 
 
475 aa  93.6  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  31.75 
 
 
564 aa  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  27.15 
 
 
476 aa  90.5  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 
481 aa  90.5  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 
481 aa  90.5  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 
481 aa  90.5  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 
473 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  25.28 
 
 
473 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 
473 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  25.19 
 
 
470 aa  90.5  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.13 
 
 
476 aa  90.1  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 
503 aa  90.1  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6339  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.57 
 
 
479 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00317674 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7154  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.57 
 
 
479 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.535479  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  26.39 
 
 
472 aa  89.7  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  24.51 
 
 
474 aa  89.7  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.16 
 
 
472 aa  88.2  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.41 
 
 
473 aa  88.2  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.42 
 
 
472 aa  87.4  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.08 
 
 
473 aa  87  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  27.72 
 
 
529 aa  86.3  8e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  25.99 
 
 
471 aa  86.3  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  27.97 
 
 
563 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  26.39 
 
 
484 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.56 
 
 
473 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  24.15 
 
 
469 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  25.56 
 
 
473 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 
473 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  26.05 
 
 
475 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.44 
 
 
474 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  25.19 
 
 
480 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.88 
 
 
512 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  26.05 
 
 
475 aa  82  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  20.69 
 
 
425 aa  81.6  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  24.32 
 
 
489 aa  82  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 
426 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.44 
 
 
474 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.44 
 
 
474 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0973  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.08 
 
 
477 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.34 
 
 
554 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  25.25 
 
 
723 aa  80.9  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2133  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.19 
 
 
473 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0273985  normal  0.585786 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2120  radical SAM domain protein  25.08 
 
 
476 aa  80.5  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.323478  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.19 
 
 
473 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1779  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.08 
 
 
476 aa  80.5  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  25.19 
 
 
473 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  26.15 
 
 
476 aa  80.5  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 
520 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  25.74 
 
 
533 aa  78.2  0.0000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  27.71 
 
 
488 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  21.59 
 
 
548 aa  77.4  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.35 
 
 
548 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  27.63 
 
 
506 aa  76.3  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.38 
 
 
534 aa  75.5  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 
503 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.96 
 
 
535 aa  75.5  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  27.78 
 
 
506 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  23.75 
 
 
459 aa  75.1  0.000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  27.78 
 
 
506 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.47 
 
 
558 aa  74.3  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 
458 aa  74.3  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.94 
 
 
451 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.88 
 
 
677 aa  73.9  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.83 
 
 
474 aa  73.6  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 
426 aa  73.6  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  24.71 
 
 
470 aa  73.6  0.000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  26.09 
 
 
566 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.02 
 
 
681 aa  73.6  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  25.99 
 
 
501 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 
488 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.69 
 
 
528 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.63 
 
 
484 aa  70.9  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  26.13 
 
 
1250 aa  69.7  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  25.65 
 
 
459 aa  69.3  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.75 
 
 
520 aa  68.9  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  26.43 
 
 
501 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  25.47 
 
 
467 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  25.4 
 
 
494 aa  68.9  0.0000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.47 
 
 
567 aa  69.3  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>