More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1761 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1761  DNA topoisomerase II  100 
 
 		 658 aa  1343    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.271812 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  46.65 
 
 		 628 aa  356  6.999999999999999e-97  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11740  DNA gyrase, B subunit  44.1 
 
 		 637 aa  353  8e-96  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00171708  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0094  DNA gyrase, B subunit  43.11 
 
 		 636 aa  342  2e-92  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000129942  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  43 
 
 		 650 aa  340  4e-92  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000273734  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  42.14 
 
 		 632 aa  340  4e-92  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  41.46 
 
 		 640 aa  340  7e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0966  DNA gyrase, B subunit  42.35 
 
 		 650 aa  338  1.9999999999999998e-91  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0671  DNA gyrase, B subunit  43.88 
 
 		 627 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.958816  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0094  DNA gyrase, B subunit  42.86 
 
 		 636 aa  338  2.9999999999999997e-91  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000363706  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_4  DNA gyrase, B subunit  43.16 
 
 		 642 aa  335  1e-90  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0005  DNA gyrase, B subunit  42.18 
 
 		 644 aa  334  3e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00336478  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0004  DNA gyrase, B subunit  42.89 
 
 		 642 aa  333  6e-90  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  42.97 
 
 		 633 aa  332  9e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  43.7 
 
 		 644 aa  332  1e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0004  DNA gyrase, B subunit  41.55 
 
 		 796 aa  331  3e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.783567 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2689  DNA gyrase, B subunit  42.82 
 
 		 808 aa  330  4e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000692964  decreased coverage  0.000240377 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1547  DNA gyrase, B subunit  42.97 
 
 		 635 aa  330  5.0000000000000004e-89  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00189026  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0004  DNA gyrase subunit B  43.16 
 
 		 642 aa  329  8e-89  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0004  DNA gyrase, B subunit  41.29 
 
 		 796 aa  329  8e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3095  DNA gyrase, B subunit  44.51 
 
 		 803 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0405  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  43.47 
 
 		 633 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000695632  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  43.05 
 
 		 634 aa  328  2.0000000000000001e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0004  DNA gyrase, B subunit  40 
 
 		 794 aa  326  7e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  43.72 
 
 		 633 aa  325  1e-87  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  44.08 
 
 		 649 aa  325  1e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0004  DNA gyrase, B subunit  41.67 
 
 		 795 aa  324  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.158205  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0003  DNA gyrase subunit B  43.67 
 
 		 797 aa  323  7e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.561355  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2472  DNA gyrase, B subunit  42.9 
 
 		 794 aa  323  7e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000184576  decreased coverage  0.00000743586 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0051  DNA gyrase, B subunit  42.97 
 
 		 640 aa  323  8e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0095  DNA gyrase, B subunit  41.29 
 
 		 814 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0142901  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0130  DNA gyrase, B subunit  42.53 
 
 		 636 aa  320  3.9999999999999996e-86  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.95821  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0004  DNA gyrase, B subunit  40.58 
 
 		 802 aa  320  5e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0005  DNA gyrase, B subunit  44.48 
 
 		 798 aa  318  1e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0003  DNA gyrase, B subunit  41.02 
 
 		 795 aa  317  3e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0005  DNA gyrase, B subunit  41.46 
 
 		 825 aa  316  7e-85  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000146448 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0004  DNA gyrase, B subunit  40.58 
 
 		 802 aa  316  8e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0005  DNA gyrase subunit B  43.46 
 
 		 666 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1109  hypothetical protein  42 
 
 		 651 aa  315  1.9999999999999998e-84  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.432981 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  41.01 
 
 		 644 aa  315  1.9999999999999998e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000155334 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0005  DNA gyrase, B subunit  44.78 
 
 		 801 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0005  DNA gyrase, B subunit  45.55 
 
 		 636 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1702  DNA gyrase, B subunit  40.3 
 
 		 654 aa  313  4.999999999999999e-84  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.118209 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0964  DNA gyrase, B subunit  43.75 
 
 		 812 aa  313  4.999999999999999e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.780109  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0004  DNA gyrase subunit B  39.68 
 
 		 795 aa  313  7.999999999999999e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00743221  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00060  DNA gyrase, B subunit  41.62 
 
 		 642 aa  313  9e-84  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0003  DNA gyrase subunit B  41.18 
 
 		 772 aa  312  1e-83  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0657  DNA gyrase, B subunit  39.49 
 
 		 861 aa  309  9e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.763999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2676  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  40.1 
 
 		 638 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000429732  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00060  DNA gyrase subunit B  41.28 
 
 		 654 aa  309  1.0000000000000001e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0159442  normal  0.243862 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1224  DNA gyrase, B subunit  41.62 
 
 		 807 aa  308  2.0000000000000002e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.060887  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0003  DNA gyrase subunit B  40.41 
 
 		 773 aa  308  2.0000000000000002e-82  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.380476  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00050  DNA gyrase subunit B  42.05 
 
 		 648 aa  308  3e-82  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000300089  hitchhiker  0.00265407 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  42.78 
 
 		 638 aa  307  4.0000000000000004e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0132  DNA gyrase, B subunit  42.43 
 
 		 637 aa  307  4.0000000000000004e-82  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.312038  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2748  DNA gyrase, B subunit  38.98 
 
 		 637 aa  306  6e-82  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000339515  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0008  DNA gyrase, B subunit  41.09 
 
 		 719 aa  305  2.0000000000000002e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.107754  hitchhiker  0.00597045 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0005  DNA gyrase, B subunit  43.58 
 
 		 635 aa  305  2.0000000000000002e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0004  DNA gyrase, B subunit  39.78 
 
 		 795 aa  304  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.904157 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0995  DNA gyrase, B subunit  42.56 
 
 		 645 aa  304  3.0000000000000004e-81  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2054  DNA gyrase subunit B  39.69 
 
 		 770 aa  305  3.0000000000000004e-81  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0006  DNA gyrase, B subunit  38.87 
 
 		 642 aa  304  3.0000000000000004e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.965796  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0047  DNA gyrase, B subunit  40.66 
 
 		 645 aa  304  4.0000000000000003e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109606 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00050  DNA gyrase subunit B  41.08 
 
 		 645 aa  304  4.0000000000000003e-81  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0377504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0008  DNA gyrase subunit B  40.89 
 
 		 879 aa  304  4.0000000000000003e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.938168  normal  0.282222 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1850  DNA gyrase subunit B  40.16 
 
 		 769 aa  303  6.000000000000001e-81  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0004  DNA gyrase subunit B  39.06 
 
 		 768 aa  303  7.000000000000001e-81  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0782517  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2558  DNA topoisomerase IV subunit B  41.31 
 
 		 645 aa  303  8.000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0004  DNA gyrase, B subunit  39.51 
 
 		 795 aa  303  9e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0004  DNA gyrase, B subunit  39.51 
 
 		 795 aa  302  1e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0003  DNA gyrase, B subunit  41.89 
 
 		 800 aa  302  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0005  DNA gyrase subunit B  43.7 
 
 		 640 aa  302  1e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0004  DNA gyrase, B subunit  41.89 
 
 		 801 aa  302  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0231697  decreased coverage  0.000608059 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2083  DNA gyrase, B subunit  41.71 
 
 		 798 aa  302  1e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0029  DNA gyrase subunit B  39.9 
 
 		 769 aa  301  2e-80  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.147794  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0005  DNA gyrase, B subunit  41.29 
 
 		 808 aa  302  2e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000624797  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2729  DNA gyrase, B subunit  42.29 
 
 		 641 aa  301  2e-80  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.739794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0006  DNA gyrase, B subunit  39.9 
 
 		 647 aa  301  2e-80  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  40.1 
 
 		 644 aa  301  2e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4195  DNA gyrase, B subunit  40.66 
 
 		 653 aa  301  2e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00698411 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1617  DNA topoisomerase IV subunit B  40.3 
 
 		 656 aa  301  3e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000200667  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0004  DNA gyrase subunit B  39.51 
 
 		 795 aa  301  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0003  DNA gyrase subunit B  39.9 
 
 		 769 aa  301  3e-80  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0462  DNA gyrase subunit B  38.75 
 
 		 804 aa  300  5e-80  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0005  DNA gyrase, B subunit  40.93 
 
 		 770 aa  300  5e-80  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.19711  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0004  DNA gyrase, B subunit  41.81 
 
 		 821 aa  300  5e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0005  DNA gyrase, B subunit  40.65 
 
 		 633 aa  300  6e-80  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0003  DNA gyrase subunit B  39.64 
 
 		 769 aa  300  8e-80  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0004  DNA gyrase, B subunit  40.68 
 
 		 807 aa  299  9e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  40.8 
 
 		 641 aa  299  9e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0006  DNA gyrase subunit B  42.4 
 
 		 661 aa  298  2e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.60604  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0442  DNA gyrase, B subunit  41.16 
 
 		 634 aa  298  2e-79  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0005  DNA gyrase subunit B  41.02 
 
 		 810 aa  298  2e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.124529  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0035  DNA gyrase subunit B  42.13 
 
 		 804 aa  298  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.373833  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06825  DNA gyrase subunit B  40.15 
 
 		 645 aa  298  2e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0007  DNA gyrase, B subunit  40.58 
 
 		 648 aa  298  3e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000647413 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0006  DNA gyrase, B subunit  40.29 
 
 		 648 aa  297  4e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000466462  hitchhiker  0.000000932752 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  41.18 
 
 		 805 aa  296  5e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  41.18 
 
 		 805 aa  296  6e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0006  DNA gyrase subunit B  41.76 
 
 		 812 aa  296  6e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>