42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1682 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1682  SpoVT/AbrB-like  100 
 
 
82 aa  165  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.134426  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4438  SpoVT/AbrB-like  53.16 
 
 
106 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.844975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4599  putative nitrogen regulatory protein  63.16 
 
 
86 aa  70.1  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.589266  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0729  SpoVT/AbrB domain protein  51.52 
 
 
77 aa  60.5  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.295778  hitchhiker  0.00050185 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3906  SpoVT/AbrB domain-containing protein  40.51 
 
 
77 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.5498  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0092  virulence associated protein B  50 
 
 
92 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4630  SpoVT/AbrB-like protein  45.45 
 
 
72 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.393791  normal  0.205384 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0233  SpoVT/AbrB domain-containing protein  51.72 
 
 
89 aa  54.7  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0443  putative nitrogen regulatory protein NtrP  44.78 
 
 
92 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.208383  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0157  SpoVT/AbrB domain protein  44.16 
 
 
90 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0067  SpoVT/AbrB domain protein  48.48 
 
 
92 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3460  SpoVT/AbrB domain-containing protein  52 
 
 
80 aa  51.6  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910373  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3967  SpoVT/AbrB domain-containing protein  52 
 
 
80 aa  51.6  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.239536  normal  0.337915 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0637  SpoVT/AbrB domain protein  42.31 
 
 
76 aa  51.2  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0477  virulence protein, putative  42.31 
 
 
76 aa  51.2  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1096  virulence associated protein B  47.27 
 
 
85 aa  50.8  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6177  putative virulence-associated protein homologue  45.45 
 
 
80 aa  50.8  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.576491  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0601  SpoVT/AbrB domain protein  39.19 
 
 
75 aa  49.3  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0989005  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2596  SpoVT/AbrB-like protein  42.67 
 
 
77 aa  49.3  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4146  SpoVT/AbrB domain-containing protein  47.73 
 
 
111 aa  48.5  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.580775  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6254  SpoVT/AbrB domain-containing protein  39.74 
 
 
80 aa  48.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0237746  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0152  SpoVT/AbrB-like protein  44 
 
 
86 aa  47.4  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.887256  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2778  SpoVT/AbrB domain protein  34.62 
 
 
77 aa  47  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.854823  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6877  SpoVT/AbrB domain-containing protein  38.96 
 
 
80 aa  47  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.755088  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1867  SpoVT/AbrB domain-containing protein  41.51 
 
 
75 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2473  virulence associated protein B  41.51 
 
 
75 aa  47  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00364614  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1485  SpoVT/AbrB family protein  44.44 
 
 
81 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.659289  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0482  SpoVT/AbrB domain-containing protein  46.15 
 
 
87 aa  45.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2718  virulence-associated protein VapB-like  35.71 
 
 
102 aa  45.1  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2827  SpoVT/AbrB-like  50 
 
 
86 aa  45.1  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0643594  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3733  Virulence-associated protein  54.29 
 
 
100 aa  44.7  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5366  SpoVT/AbrB domain protein  44 
 
 
76 aa  43.9  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511901  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0796  virulence-associated protein VapB-like protein  42.22 
 
 
79 aa  43.5  0.0009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1578  virulence-associated protein  44.44 
 
 
78 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.962884  normal  0.0411245 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3559  SpoVT/AbrB domain-containing protein  45.83 
 
 
87 aa  43.5  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3730  SpoVT/AbrB-like  51.28 
 
 
78 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221101  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2756  hypothetical protein  36.49 
 
 
75 aa  42.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0748  hypothetical protein  37.84 
 
 
84 aa  42.4  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1877  SpoVT/AbrB-like protein  50 
 
 
87 aa  41.6  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0687  hypothetical protein  43.14 
 
 
77 aa  41.2  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.365458  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3379  SpoVT/AbrB-like  38.46 
 
 
87 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1462  putative plasmid protein  37.84 
 
 
76 aa  40  0.01  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>