264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1533 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1533  phosphoenolpyruvate phosphomutase  100 
 
 		 212 aa  436  1e-121  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.135262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0160  putative phosphoenolpyruvate phosphomutase  36.93 
 
 		 299 aa  111  7.000000000000001e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000192522 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0691  phosphoenolpyruvate phosphomutase  35.91 
 
 		 562 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1768  phosphoenolpyruvate phosphomutase  35.91 
 
 		 562 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1051  phosphoenolpyruvate phosphomutase  35.91 
 
 		 562 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2065  phosphoenolpyruvate phosphomutase  35.91 
 
 		 562 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.226403  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2026  phosphoenolpyruvate phosphomutase  35.91 
 
 		 562 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0758  phosphoenolpyruvate phosphomutase  35.91 
 
 		 562 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0780  phosphoenolpyruvate phosphomutase  35.91 
 
 		 562 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3535  phosphoenolpyruvate phosphomutase  35.36 
 
 		 561 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4245  phosphoenolpyruvate phosphomutase  34.81 
 
 		 561 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4121  phosphoenolpyruvate phosphomutase  34.81 
 
 		 561 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0795198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3398  phosphoenolpyruvate phosphomutase  34.81 
 
 		 561 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1914  2,3-dimethylmalate lyase  34.81 
 
 		 561 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1908  phosphoenolpyruvate phosphomutase  34.81 
 
 		 562 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4471  phosphoenolpyruvate phosphomutase  34.81 
 
 		 562 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111296  normal  0.670452 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4016  phosphoenolpyruvate phosphomutase  34.81 
 
 		 562 aa  108  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213479  normal  0.855206 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3822  phosphoenolpyruvate phosphomutase  36.78 
 
 		 568 aa  105  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.368368 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1317  phosphoenolpyruvate phosphomutase  34.27 
 
 		 556 aa  103  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3412  PEP phosphonomutase protein  34.29 
 
 		 328 aa  102  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315477  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2235  2,3-dimethylmalate lyase  36.78 
 
 		 578 aa  102  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5999  phosphoenolpyruvate phosphomutase  36.78 
 
 		 581 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297646 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2167  phosphoenolpyruvate phosphomutase  34.66 
 
 		 297 aa  100  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3887  phosphonopyruvate hydrolase  35.75 
 
 		 290 aa  97.4  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.730793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1956  phosphoenolpyruvate phosphomutase  37.02 
 
 		 278 aa  97.4  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.296795  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1808  2,3-dimethylmalate lyase  33.92 
 
 		 564 aa  97.8  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0185861  normal  0.0864763 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0628  PEP phosphomutase  33.52 
 
 		 300 aa  94.7  9e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1161  phosphoenolpyruvate phosphomutase  32.93 
 
 		 545 aa  94.7  9e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.654999  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3871  phosphoenolpyruvate phosphomutase  31.82 
 
 		 319 aa  92.8  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.359309  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1413  cytidylyltransferase/phosphoenolpyruvate phosphomutase, putative  33.14 
 
 		 433 aa  87.4  1e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5665  phosphoenolpyruvate phosphomutase  28.32 
 
 		 437 aa  81.6  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  33.71 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  33.71 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  33.71 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  33.71 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  33.71 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  33.71 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  33.71 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  33.71 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  33.71 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0476  phosphoenolpyruvate phosphomutase  31.28 
 
 		 310 aa  78.6  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  33.15 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  33.7 
 
 		 325 aa  75.1  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0818  putative hydrolase  32.04 
 
 		 303 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.668658  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  30.94 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0910  putative hydrolase  32.04 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.489076  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0572  phosphoenolpyruvate phosphomutase  29.61 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  30.91 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  31.18 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  32.02 
 
 		 302 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  34.55 
 
 		 295 aa  72  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  31.98 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  36 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  34.17 
 
 		 299 aa  68.9  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  35.11 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  31.84 
 
 		 311 aa  68.6  0.00000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  31.54 
 
 		 291 aa  68.2  0.00000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  30.34 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0661  2,3-dimethylmalate lyase  35 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.428755 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  32.97 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0461  2,3-dimethylmalate lyase  30.18 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0650  methylisocitrate lyase  37.3 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  30.77 
 
 		 292 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  32.82 
 
 		 292 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  29.48 
 
 		 274 aa  65.1  0.0000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  32.14 
 
 		 288 aa  65.1  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  30.77 
 
 		 292 aa  64.7  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  34.68 
 
 		 297 aa  64.7  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  30.08 
 
 		 292 aa  64.7  0.0000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4325  2,3-dimethylmalate lyase  30.69 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  33.87 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1029  2,3-dimethylmalate lyase  34.88 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.155549 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  29.48 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  29.61 
 
 		 306 aa  63.9  0.000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  35.66 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0622  methylisocitrate lyase  38.24 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  30.77 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  35.9 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09369  conserved hypothetical protein  35.94 
 
 		 454 aa  63.2  0.000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.925933  hitchhiker  0.00486144 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  36.28 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  33.33 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  35.34 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0506  2-methylisocitrate lyase  28.73 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0571  2-methylisocitrate lyase  28.73 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  27.84 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3030  2-methylisocitrate lyase  29.12 
 
 		 297 aa  62.4  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.424816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  29.94 
 
 		 286 aa  62  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  31.45 
 
 		 292 aa  62  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  25.23 
 
 		 293 aa  62  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2080  2-methylisocitrate lyase  35.54 
 
 		 295 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.734153  normal  0.114818 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2648  methylisocitrate lyase  37.3 
 
 		 305 aa  61.6  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.843725  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  31.53 
 
 		 293 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2934  putative methylisocitrate lyase  33.86 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2320  2,3-dimethylmalate lyase  30.32 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0895569  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  30 
 
 		 287 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  30 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  28.73 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  30 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  30.77 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  29.41 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>