183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1216 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2185  Elongator protein 3/MiaB/NifB  71.58 
 
 		 644 aa  966    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.972123  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7280  Radical SAM domain protein  73.64 
 
 		 645 aa  981    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1216  radical SAM family protein  100 
 
 		 679 aa  1373    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.837024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3863  radical SAM domain-containing protein  73.64 
 
 		 661 aa  992    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.721561  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2463  radical SAM domain-containing protein  74.96 
 
 		 640 aa  1005    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.123021 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5483  Radical SAM domain-containing protein  73 
 
 		 653 aa  979    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1176  Radical SAM domain protein  76.09 
 
 		 655 aa  1020    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0753  radical SAM domain-containing protein  73.46 
 
 		 654 aa  969    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3459  radical SAM domain-containing protein  71.76 
 
 		 663 aa  952    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.525782  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3383  Radical SAM domain protein  70.7 
 
 		 645 aa  927    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.660882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1544  Radical SAM domain protein  76.56 
 
 		 640 aa  1016    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0496911  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3484  radical SAM domain-containing protein  73.43 
 
 		 663 aa  999    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7274  Fe-S oxidoreductase  74.06 
 
 		 636 aa  1003    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.867612  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1585  Radical SAM domain protein  76.25 
 
 		 642 aa  1006    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.458582  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5264  radical SAM domain-containing protein  83.26 
 
 		 677 aa  1125    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1455  radical SAM domain-containing protein  45.75 
 
 		 619 aa  542  1e-153  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1946  Radical SAM domain protein  46.88 
 
 		 619 aa  533  1e-150  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0554  radical SAM family protein  44.53 
 
 		 626 aa  527  1e-148  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3328  Radical SAM domain protein  41.21 
 
 		 633 aa  524  1e-147  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00435818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14150  Radical SAM domain protein  41.44 
 
 		 626 aa  519  1e-146  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000319843  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1317  Radical SAM domain protein  41.08 
 
 		 614 aa  516  1.0000000000000001e-145  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2538  radical SAM domain-containing protein  41 
 
 		 624 aa  514  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00569062  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0470  Radical SAM domain protein  44.03 
 
 		 828 aa  509  1e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2585  Fe-S oxidoreductase  43.67 
 
 		 836 aa  508  9.999999999999999e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00679393  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4341  Radical SAM domain protein  40.06 
 
 		 618 aa  508  9.999999999999999e-143  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.898209  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3191  radical SAM family protein  45.23 
 
 		 842 aa  505  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0845541  hitchhiker  0.0000000000326362 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1616  hypothetical protein  42.21 
 
 		 638 aa  504  1e-141  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0300  radical SAM domain-containing protein  44.35 
 
 		 842 aa  499  1e-140  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000298698  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0737  radical SAM domain-containing protein  43.66 
 
 		 897 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3240  radical SAM domain-containing protein  47.07 
 
 		 812 aa  495  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.47861  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0695  radical SAM family protein  43.51 
 
 		 898 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.609463  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0351  radical SAM domain-containing protein  43.63 
 
 		 826 aa  493  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.247056  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0731  Radical SAM domain protein  43.67 
 
 		 898 aa  492  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2388  radical SAM domain-containing protein  39.31 
 
 		 617 aa  489  1e-137  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.938561  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2100  radical SAM domain-containing protein  39.47 
 
 		 617 aa  490  1e-137  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.232765  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0730  Radical SAM domain protein  43.51 
 
 		 898 aa  490  1e-137  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2123  radical SAM domain-containing protein  38.31 
 
 		 617 aa  486  1e-136  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0450793  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0141  Radical SAM domain protein  43.23 
 
 		 828 aa  485  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0156  radical SAM family protein  40.03 
 
 		 613 aa  483  1e-135  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0158  radical SAM domain-containing protein  41 
 
 		 599 aa  484  1e-135  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.172348  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0156  radical SAM domain-containing protein  41.33 
 
 		 599 aa  484  1e-135  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0525  Radical SAM domain protein  38.29 
 
 		 657 aa  480  1e-134  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.268937  normal  0.0105227 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0158  Radical SAM domain protein  42.9 
 
 		 828 aa  477  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2565  radical SAM domain-containing protein  37.72 
 
 		 628 aa  477  1e-133  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2131  Radical SAM domain protein  38.24 
 
 		 613 aa  471  1.0000000000000001e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1610  radical SAM domain-containing protein  42.32 
 
 		 849 aa  454  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0387  Radical SAM domain protein  42.05 
 
 		 860 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0097  radical SAM domain-containing protein  41.05 
 
 		 817 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1511  Radical SAM domain protein  39.9 
 
 		 627 aa  452  1e-125  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3784  Protein of unknown function DUF2344  40.76 
 
 		 971 aa  450  1e-125  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.539179  normal  0.106507 
 
 
-
 
NC_002936  DET1629  radical SAM domain-containing protein  40.3 
 
 		 611 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14180  Fe-S oxidoreductase  40.26 
 
 		 626 aa  446  1.0000000000000001e-124  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0877  Elongator protein 3/MiaB/NifB  40.27 
 
 		 872 aa  439  9.999999999999999e-123  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00856877 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1374  radical SAM domain-containing protein  39.41 
 
 		 610 aa  441  9.999999999999999e-123  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06130  Fe-S oxidoreductase  39.78 
 
 		 626 aa  440  9.999999999999999e-123  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000171239 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0676  Radical SAM domain protein  38.24 
 
 		 621 aa  440  9.999999999999999e-123  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00732227  normal  0.444552 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1233  Radical SAM domain protein  38.88 
 
 		 597 aa  440  9.999999999999999e-123  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0267  Radical SAM domain protein  40.82 
 
 		 874 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148371  decreased coverage  0.00763103 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1280  radical SAM family protein  39.94 
 
 		 879 aa  437  1e-121  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00695626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0485  radical SAM family protein  40.31 
 
 		 910 aa  434  1e-120  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.363594  normal  0.576766 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0662  Radical SAM domain protein  41.84 
 
 		 856 aa  434  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1263  Radical SAM domain protein  40.35 
 
 		 681 aa  433  1e-120  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0245777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0682  Radical SAM domain protein  41.84 
 
 		 857 aa  434  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.877734 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0239  Beta tubulin, autoregulation binding site  39.07 
 
 		 897 aa  429  1e-119  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0547979 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0670  hypothetical protein  38.8 
 
 		 898 aa  427  1e-118  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0978  radical SAM domain-containing protein  38.62 
 
 		 600 aa  426  1e-118  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1644  radical SAM domain-containing protein  40.82 
 
 		 864 aa  421  1e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1202  Radical SAM domain protein  39.74 
 
 		 600 aa  419  1e-116  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0512  Radical SAM domain protein  38.03 
 
 		 852 aa  415  1e-114  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00242025  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0179  radical SAM domain-containing protein  35.92 
 
 		 591 aa  413  1e-114  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.11642  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2030  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.7 
 
 		 894 aa  410  1e-113  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1701  Elongator protein 3/MiaB/NifB  39.05 
 
 		 860 aa  410  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1025  Radical SAM domain protein  38.52 
 
 		 922 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16231  Fe-S oxidoreductase  39.26 
 
 		 882 aa  404  1e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0312  Elongator protein 3/MiaB/NifB  40.19 
 
 		 887 aa  399  1e-109  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2192  Protein of unknown function DUF2344  37.97 
 
 		 842 aa  384  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1639  Radical SAM domain protein  32.28 
 
 		 803 aa  362  2e-98  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3475  radical SAM domain-containing protein  33.12 
 
 		 613 aa  283  8.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00430694  normal  0.324644 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3766  radical SAM domain-containing protein  35.32 
 
 		 593 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3640  radical SAM family protein  34.31 
 
 		 589 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3698  Radical SAM domain protein  34.65 
 
 		 589 aa  278  3e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.360742  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3781  Radical SAM domain protein  34.65 
 
 		 589 aa  276  7e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2195  Fe-S oxidoreductase  33.39 
 
 		 573 aa  274  3e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.113281  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3961  radical SAM domain-containing protein  32.88 
 
 		 566 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000506678  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0418  radical SAM family protein  32.99 
 
 		 557 aa  254  5.000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3062  radical SAM domain-containing protein  33.99 
 
 		 563 aa  249  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.477497  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3282  radical SAM domain-containing protein  31.09 
 
 		 563 aa  243  7e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0422762  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0548  Radical SAM domain protein  32.12 
 
 		 557 aa  233  7.000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.011862  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0560  Radical SAM domain protein  31.74 
 
 		 557 aa  233  9e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.12594e-30 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1241  Radical SAM domain protein  28.18 
 
 		 551 aa  225  2e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0874851  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4039  Radical SAM domain protein  30.43 
 
 		 538 aa  225  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.461651 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3436  Radical SAM domain protein  31.46 
 
 		 537 aa  224  4e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587564 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0327  radical SAM domain-containing protein  31.62 
 
 		 544 aa  221  3e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00004315  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_288  radical SAM domain protein  29.46 
 
 		 559 aa  221  3.9999999999999997e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000164247  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1652  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.18 
 
 		 546 aa  219  1e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.606653  normal  0.975032 
 
 
-
 
NC_002936  DET0348  radical SAM domain-containing protein  30.56 
 
 		 544 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000123778  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4678  radical SAM domain-containing protein  29.02 
 
 		 543 aa  213  1e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.863222  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0662  Radical SAM domain protein  29.42 
 
 		 545 aa  211  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0764321  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0586  radical SAM family protein  29.74 
 
 		 544 aa  211  5e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2669  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.5 
 
 		 528 aa  211  5e-53  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0247408  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>