More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0661 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0661  beta-lactamase  100 
 
 		 326 aa  646    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.83361  normal  0.0854039 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5968  beta-lactamase  63.18 
 
 		 292 aa  327  2.0000000000000001e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.53264  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21250  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  57.09 
 
 		 271 aa  311  7.999999999999999e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.139114 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15330  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  52.78 
 
 		 270 aa  300  3e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.499856 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0154  beta-lactamase  53.47 
 
 		 271 aa  298  7e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3127  beta-lactamase  52.98 
 
 		 270 aa  284  2.0000000000000002e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3377  beta-lactamase  57.55 
 
 		 274 aa  276  4e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.324805  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3439  beta-lactamase  57.55 
 
 		 274 aa  276  4e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00292415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3388  beta-lactamase  57.55 
 
 		 274 aa  276  4e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2729  beta-lactamase  50 
 
 		 273 aa  274  1.0000000000000001e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3764  beta-lactamase  52.92 
 
 		 274 aa  273  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551657 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2769  beta-lactamase  51.55 
 
 		 274 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.609547  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1189  beta-lactamase  52.69 
 
 		 279 aa  271  8.000000000000001e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.14808  normal  0.0477823 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12285  hypothetical protein  55.51 
 
 		 272 aa  263  2e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26910  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  53.01 
 
 		 291 aa  258  8e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.125472  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0095  beta-lactamase  54.32 
 
 		 270 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4583  beta-lactamase  46.53 
 
 		 268 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2028  beta-lactamase  49 
 
 		 283 aa  219  5e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0557352 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26900  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  45.27 
 
 		 269 aa  212  9e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.484728  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0624  beta-lactamase  31.91 
 
 		 370 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.540607  normal  0.110236 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3511  beta-lactamase  32.12 
 
 		 364 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.700919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0229  beta-lactamase  32.86 
 
 		 354 aa  90.1  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0888  beta-lactamase  31.23 
 
 		 353 aa  85.9  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0244137 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2604  beta-lactamase  28.1 
 
 		 354 aa  79.7  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.928872  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0627  beta-lactamase  27.05 
 
 		 566 aa  77.8  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35970  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  27.54 
 
 		 582 aa  72.8  0.000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796833  normal  0.223324 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1031  beta-lactamase  35.66 
 
 		 358 aa  72  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1713  beta-lactamase  28.21 
 
 		 347 aa  71.2  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5607  hypothetical protein  28.32 
 
 		 784 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0270  beta-lactamase  27.08 
 
 		 717 aa  69.7  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0714  beta-lactamase  27.11 
 
 		 392 aa  69.3  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2923  beta-lactamase  39.23 
 
 		 356 aa  68.6  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2400  penicillin-binding protein  25.22 
 
 		 481 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.443561  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2353  penicillin-binding protein  29.71 
 
 		 481 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000218323  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1874  beta-lactamase  23.13 
 
 		 379 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999528 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2575  penicillin-binding protein  25.22 
 
 		 481 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2587  putative penicillin-binding protein  29.71 
 
 		 463 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35213e-17 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1697  beta-lactamase  25.74 
 
 		 381 aa  67.4  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.570462  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2316  penicillin-binding protein  28.99 
 
 		 481 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0181197  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1830  beta-lactamase  26.69 
 
 		 452 aa  66.6  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.162579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1790  beta-lactamase  27.07 
 
 		 483 aa  67  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0797219 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2579  penicillin-binding protein, putative  28.26 
 
 		 483 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0220569  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2172  beta-lactamase  26.62 
 
 		 428 aa  66.2  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.65714  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0925  beta-lactamase, putative  28.16 
 
 		 790 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1712  beta-lactamase  26.85 
 
 		 477 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.419371  normal  0.191124 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3257  beta-lactamase  25.81 
 
 		 430 aa  64.7  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1551  beta-lactamase  24.56 
 
 		 375 aa  64.3  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0670758  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2953  beta-lactamase  30.07 
 
 		 513 aa  63.9  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0904  beta-lactamase  35.34 
 
 		 374 aa  63.9  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2997  beta-lactamase  30.07 
 
 		 513 aa  63.5  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2573  beta-lactamase  26.02 
 
 		 476 aa  63.2  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.369136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2629  putative penicillin-binding protein  27.21 
 
 		 490 aa  63.2  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0110315  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0660  beta-lactamase  22.5 
 
 		 395 aa  62.8  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.775643  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3010  penicillin-binding protein, N-terminus  30.07 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.467747  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2932  penicillin-binding protein  30.07 
 
 		 513 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4833  beta-lactamase  23.6 
 
 		 405 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1364  beta-lactamase  22.73 
 
 		 574 aa  62.4  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.185265  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3751  beta-lactamase  28.93 
 
 		 395 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000498352 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2638  beta-lactamase  35.11 
 
 		 445 aa  62  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.034507  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4671  alkaline D-peptidase, putative  30.67 
 
 		 330 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.126225  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2208  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.08 
 
 		 442 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.474098  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2426  beta-lactamase  25.38 
 
 		 459 aa  62  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00208801  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4350  Beta-lactamase  34.57 
 
 		 553 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  29.38 
 
 		 426 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2384  beta-lactamase  27.54 
 
 		 483 aa  60.1  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4515  beta-lactamase  30.18 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.942067 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4406  hypothetical protein  26.11 
 
 		 796 aa  60.1  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.343081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3615  beta-lactamase  32.09 
 
 		 611 aa  60.1  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0663146 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4539  hypothetical protein  26.11 
 
 		 796 aa  60.1  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00469106 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1164  beta-lactamase  29.2 
 
 		 501 aa  59.7  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.255434 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0925  beta-lactamase  26.16 
 
 		 966 aa  59.3  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3184  beta-lactamase  41.76 
 
 		 389 aa  59.3  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0939  beta-lactamase  37.69 
 
 		 338 aa  59.3  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.18746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5243  beta-lactamase  25.29 
 
 		 362 aa  58.9  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3175  beta-lactamase  26.95 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0119788  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2793  beta-lactamase  33.57 
 
 		 510 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.879811  normal  0.340954 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3243  beta-lactamase family protein  29.41 
 
 		 513 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2506  beta-lactamase  28.95 
 
 		 344 aa  58.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3731  beta-lactamase  30.6 
 
 		 603 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.227339 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01195  penicillin-binding protein  29.2 
 
 		 559 aa  58.9  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.119719  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1740  beta-lactamase  24.64 
 
 		 379 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3287  beta-lactamase  32.84 
 
 		 463 aa  58.9  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0209216 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1447  beta-lactam binding protein AmpH  25.54 
 
 		 383 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000414942  normal  0.794569 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2824  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.63 
 
 		 388 aa  57.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130693  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8144  beta-lactamase  31.4 
 
 		 674 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.977782 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1439  Beta-lactamase  32.73 
 
 		 330 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0862025  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2836  beta-lactam binding protein AmpH  25.54 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  27.75 
 
 		 430 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2259  beta-lactamase  29.05 
 
 		 416 aa  58.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4213  beta-lactamase  25.19 
 
 		 403 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.161495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3518  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  29.14 
 
 		 508 aa  58.2  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0622  beta-lactamase  27.7 
 
 		 377 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.357585  normal  0.0394741 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2357  beta-lactamase  26.25 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4280  beta-lactamase  33.59 
 
 		 330 aa  57.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3500  beta-lactamase  30.32 
 
 		 600 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623073  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2758  beta-lactam binding protein AmpH  25.54 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000277431  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11951  lipoprotein  31.62 
 
 		 371 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3422  beta-lactamase  29.85 
 
 		 593 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.126074  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2755  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  26.67 
 
 		 388 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0494186  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4043  beta-lactamase  28.4 
 
 		 361 aa  57.4  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>