More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0614 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0614  50S ribosomal protein L13  100 
 
 		 147 aa  302  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.622758  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6018  50S ribosomal protein L13  87.07 
 
 		 147 aa  275  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.205125  normal  0.0856034 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04440  50S ribosomal protein L13  72.79 
 
 		 150 aa  232  1.0000000000000001e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.913726  normal  0.278676 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6565  50S ribosomal protein L13  74.83 
 
 		 147 aa  229  8.000000000000001e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.870556  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4284  ribosomal protein L13  72.79 
 
 		 147 aa  228  2e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5158  ribosomal protein L13  70.75 
 
 		 149 aa  226  6e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.282835 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1125  50S ribosomal protein L13  70.75 
 
 		 147 aa  226  6e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.849812 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3106  ribosomal protein L13  69.39 
 
 		 147 aa  221  2e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2614  50S ribosomal protein L13  67.35 
 
 		 149 aa  220  4e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.784186  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0599  50S ribosomal protein L13  68.03 
 
 		 147 aa  220  4.9999999999999996e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.413798  normal  0.447745 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3864  50S ribosomal protein L13  70.75 
 
 		 147 aa  220  4.9999999999999996e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.545712 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4254  50S ribosomal protein L13  70.75 
 
 		 147 aa  220  4.9999999999999996e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00510503 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23250  LSU ribosomal protein L13P  71.43 
 
 		 147 aa  219  7e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0661  ribosomal protein L13  72.11 
 
 		 149 aa  219  9.999999999999999e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.07785  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1176  ribosomal protein L13  71.43 
 
 		 147 aa  218  1.9999999999999999e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.874786 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0971  50S ribosomal protein L13  70.07 
 
 		 147 aa  216  8.999999999999998e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.704336  normal  0.0786185 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29360  LSU ribosomal protein L13P  70.07 
 
 		 147 aa  213  9.999999999999999e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220541  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2613  ribosomal protein L13  68.03 
 
 		 147 aa  212  9.999999999999999e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.888861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1685  ribosomal protein L13  67.35 
 
 		 147 aa  211  1.9999999999999998e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0922  50S ribosomal protein L13  65.99 
 
 		 147 aa  211  3.9999999999999995e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20530  LSU ribosomal protein L13P  68.46 
 
 		 149 aa  210  4.9999999999999996e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.780175  normal  0.443705 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0617  ribosomal protein L13  66.67 
 
 		 147 aa  209  7.999999999999999e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16870  50S ribosomal protein L13  67.35 
 
 		 147 aa  209  1e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4468  ribosomal protein L13  67.35 
 
 		 147 aa  208  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2918  50S ribosomal protein L13  68.71 
 
 		 147 aa  208  2e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0889  50S ribosomal protein L13  65.99 
 
 		 147 aa  206  7e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2631  50S ribosomal protein L13  68.03 
 
 		 147 aa  206  8e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0341  50S ribosomal protein L13  64.63 
 
 		 147 aa  205  2e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0522563  hitchhiker  0.00384234 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0869  ribosomal protein L13  66.22 
 
 		 148 aa  202  1e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1469  50S ribosomal protein L13  66.67 
 
 		 147 aa  199  8e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.863106 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0720  50S ribosomal protein L13  63.27 
 
 		 147 aa  199  9e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  61.97 
 
 		 142 aa  199  9.999999999999999e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000118525  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  61.97 
 
 		 142 aa  199  9.999999999999999e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13480  50S ribosomal protein L13  63.95 
 
 		 147 aa  194  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00156161  hitchhiker  0.000481946 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4950  50S ribosomal protein L13  63.27 
 
 		 147 aa  192  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.264788  normal  0.643996 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1130  50S ribosomal protein L13  64.63 
 
 		 147 aa  191  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.916577  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1157  50S ribosomal protein L13  64.63 
 
 		 147 aa  191  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.341835 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1147  50S ribosomal protein L13  64.63 
 
 		 147 aa  191  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.774761  normal  0.431172 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0735  ribosomal protein L13  60.99 
 
 		 145 aa  191  3e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21990  LSU ribosomal protein L13P  55.86 
 
 		 145 aa  186  1e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000237961  hitchhiker  0.00551635 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1881  ribosomal protein L13  59.86 
 
 		 144 aa  185  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.366723  normal  0.0642672 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0229  50S ribosomal protein L13  60.43 
 
 		 143 aa  185  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000356517  normal  0.82089 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0904  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  184  4e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.222508  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01710  LSU ribosomal protein L13P  57.04 
 
 		 148 aa  183  7e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.00000000965518  hitchhiker  0.0000000000992925 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 		 142 aa  183  8e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1693  50S ribosomal protein L13  58.5 
 
 		 149 aa  182  1.0000000000000001e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0818735  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1155  50S ribosomal protein L13  58.87 
 
 		 146 aa  182  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.291819  normal  0.013183 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0429  ribosomal protein L13  58.33 
 
 		 154 aa  182  1.0000000000000001e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.669525  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0726  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 144 aa  182  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.618323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0211  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 		 142 aa  181  2.0000000000000003e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000131451  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0252  ribosomal protein L13  57.82 
 
 		 149 aa  182  2.0000000000000003e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2425  50S ribosomal protein L13  59.86 
 
 		 144 aa  181  3e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000419018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2298  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 144 aa  181  4.0000000000000006e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000160952  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1528  ribosomal protein L13  56.74 
 
 		 145 aa  179  7e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000350375  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 		 142 aa  180  7e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2077  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 142 aa  179  9.000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3996  50S ribosomal protein L13  58.16 
 
 		 146 aa  179  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000540909 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2994  50S ribosomal protein L13  59.29 
 
 		 143 aa  179  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.348957  hitchhiker  0.00829551 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0346  ribosomal protein L13  55.63 
 
 		 144 aa  178  2e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000157006  normal  0.759016 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0969  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 		 144 aa  176  8e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.476944 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2680  ribosomal protein L13  57.97 
 
 		 148 aa  176  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0154715  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2015  50S ribosomal protein L13  54.17 
 
 		 150 aa  175  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.624053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1062  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 		 144 aa  175  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000039802  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0256  50S ribosomal protein L13  60.74 
 
 		 143 aa  175  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000758972  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2607  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 		 144 aa  175  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0161967  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2564  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 		 161 aa  174  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000007734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 		 142 aa  174  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000333795  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3354  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 		 142 aa  173  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000156516  hitchhiker  0.0000450928 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0607  50S ribosomal protein L13  57.04 
 
 		 142 aa  173  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000615689  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 		 142 aa  173  8e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000679553  normal  0.257999 
 
 
 
NC_013889  TK90_0541  ribosomal protein L13  53.52 
 
 		 142 aa  173  9e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0401  50S ribosomal protein L13  58.45 
 
 		 149 aa  172  9.999999999999999e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.195211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3191  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 		 142 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000050014  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3414  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 142 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000814026  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3378  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 142 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000357129  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2341  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 142 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0718  50S ribosomal protein L13  56.03 
 
 		 151 aa  171  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000264986  normal  0.589192 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3421  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 142 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000378048  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1233  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 142 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000018745  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0253  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 142 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.799965  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1115  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 142 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0410  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 		 142 aa  172  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000000575017  normal  0.0346472 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2519  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 142 aa  171  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0468  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000130449  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2586  50S ribosomal protein L13  58.82 
 
 		 151 aa  171  2.9999999999999996e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3765  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0646  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000032865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0196  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.128257  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3703  50S ribosomal protein L13  54.23 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000271958  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0573  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000226518  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0679  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 		 142 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000098694  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2704  50S ribosomal protein L13  56.34 
 
 		 176 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.191056  normal  0.974545 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0606  50S ribosomal protein L13  55.88 
 
 		 143 aa  171  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.43755e-16  hitchhiker  0.00414003 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2400  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 		 142 aa  171  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767077  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0599  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 		 176 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000510805  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0901  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 		 143 aa  170  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000118039  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1565  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 		 142 aa  170  5.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000267326  normal  0.325038 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0103  50S ribosomal protein L13  53.52 
 
 		 142 aa  169  7.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123224  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3075  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 		 142 aa  169  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0381  50S ribosomal protein L13  55.63 
 
 		 142 aa  169  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00368247  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>