201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0511 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0511  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
311 aa  583  1e-166  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.166035  normal  0.182219 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6119  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  82.18 
 
 
342 aa  310  2e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.551753  normal  0.65534 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0502  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  42.57 
 
 
253 aa  201  9e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2199  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  44.67 
 
 
276 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5009  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  43.46 
 
 
268 aa  193  4e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.082972  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4430  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  52.94 
 
 
253 aa  189  7e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0522  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  42.76 
 
 
258 aa  188  1e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0219549  hitchhiker  0.00315047 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2703  putative cytochrome C biogenesis membrane protein  44.55 
 
 
270 aa  186  3e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.524164  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8081  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.78 
 
 
274 aa  179  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4572  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  46.93 
 
 
272 aa  176  4e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0270  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  54.74 
 
 
243 aa  175  9e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.584901  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0573  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  53.68 
 
 
244 aa  172  7.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4478  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.91 
 
 
249 aa  162  7e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4309  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.91 
 
 
249 aa  162  7e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117194  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4209  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.91 
 
 
249 aa  162  7e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4519  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  46.19 
 
 
249 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0363531 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4562  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.07 
 
 
291 aa  160  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5368  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  42.05 
 
 
278 aa  159  8e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.428452  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0927  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.08 
 
 
281 aa  158  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3291  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  43.81 
 
 
251 aa  155  6e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.402635  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0693  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.88 
 
 
259 aa  155  7e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.482299  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4432  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  46.11 
 
 
266 aa  155  7e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.229211  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5681  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  41 
 
 
256 aa  155  7e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.728105 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0706  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.88 
 
 
259 aa  155  7e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.10539 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0686  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.88 
 
 
259 aa  155  7e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5329  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  41.72 
 
 
256 aa  155  8e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.262903  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2825  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.26 
 
 
257 aa  155  9e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.447777  normal  0.192447 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0252  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.86 
 
 
255 aa  153  4e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3090  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  44.76 
 
 
251 aa  153  4e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3693  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.33 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4517  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.09 
 
 
285 aa  152  8e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.321232  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1037  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.86 
 
 
276 aa  150  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6714  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.94 
 
 
266 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0445  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.6 
 
 
250 aa  149  9e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.362789  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4097  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  42.14 
 
 
285 aa  146  5e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.326435 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0690  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.08 
 
 
261 aa  144  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10538  cytochrome C-type biogenesis protein ccdA  37.54 
 
 
259 aa  143  3e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000404989  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4485  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.78 
 
 
264 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2733  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.4 
 
 
317 aa  142  6e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0356838  normal  0.0597692 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24250  cytochrome c biogenesis protein  39.57 
 
 
267 aa  139  4.999999999999999e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0600094  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07210  cytochrome c biogenesis protein  39.2 
 
 
274 aa  139  7e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.276836 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3253  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.26 
 
 
264 aa  138  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0400175  normal  0.222904 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2625  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.42 
 
 
270 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.957314  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  33.68 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.493199  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0455  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.14 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0826  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.64 
 
 
249 aa  133  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0051  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.71 
 
 
261 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.160405 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02950  cytochrome c biogenesis protein  41.45 
 
 
257 aa  129  6e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0716913  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0245  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.88 
 
 
246 aa  129  8.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00020253  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0867  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  44.57 
 
 
264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.265338  normal  0.0292132 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2275  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.43 
 
 
242 aa  127  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4965  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.05 
 
 
247 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.508234  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4337  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35 
 
 
244 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0744461  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2616  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.4 
 
 
244 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3785  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.13 
 
 
243 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17960  cytochrome c biogenesis protein  42.93 
 
 
256 aa  123  5e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2214  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.4 
 
 
244 aa  122  6e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2134  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  32.41 
 
 
248 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0478142  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2672  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.44 
 
 
270 aa  122  6e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.313927  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3204  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.04 
 
 
247 aa  122  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3473  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.66 
 
 
238 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.320099 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0808  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.41 
 
 
248 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3411  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.66 
 
 
238 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0584  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  38.41 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1129  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.1 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0549  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  38.41 
 
 
248 aa  120  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000031904  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3686  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.11 
 
 
244 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1457  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.1 
 
 
250 aa  119  7e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00340788  normal  0.584916 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1322  cytochrome c biogenesis protein CcdA  28.78 
 
 
242 aa  117  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0629  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  44.22 
 
 
247 aa  116  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.162962  hitchhiker  0.0053075 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3535  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.82 
 
 
229 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1774  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.45 
 
 
244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.245304  normal  0.604488 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0718  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.38 
 
 
248 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.761228  normal  0.697868 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2162  cytochrome c-type biogenesis protein  34.69 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20604  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2451  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.5 
 
 
242 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0258924  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4260  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.29 
 
 
247 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.452782  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1643  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.16 
 
 
249 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0649003  normal  0.267262 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3738  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.3 
 
 
246 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0812643  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1660  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.64 
 
 
237 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.6 
 
 
247 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.132104  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0831  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.76 
 
 
224 aa  108  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0602188  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3645  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  46.43 
 
 
249 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2087  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.21 
 
 
242 aa  106  5e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24340  cytochrome c biogenesis protein  35.9 
 
 
271 aa  106  5e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1953  cytochrome c biogenesis protein  30.1 
 
 
244 aa  105  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1494  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.88 
 
 
283 aa  105  7e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1830  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.07 
 
 
227 aa  105  9e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00101258  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4120  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  43.37 
 
 
240 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2813  putative transmembrane cytochrome C biogenesis protein  35.02 
 
 
244 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1553  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.42 
 
 
247 aa  103  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.466442  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1384  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.41 
 
 
249 aa  102  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0107253  normal  0.0935578 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1840  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.75 
 
 
249 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1434  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.52 
 
 
249 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167191 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2005  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.17 
 
 
243 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0109812  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2222  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.97 
 
 
243 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1241  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.89 
 
 
227 aa  100  4e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0549817  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0180  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane  32.26 
 
 
240 aa  99.8  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00413997  normal  0.473605 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  25.18 
 
 
403 aa  99.4  6e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  24.82 
 
 
403 aa  99.8  6e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4210  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.83 
 
 
245 aa  99.4  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>