More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0485 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_6131  glutamyl-tRNA reductase  74.9 
 
 		 476 aa  647    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.265588 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0485  glutamyl-tRNA reductase  100 
 
 		 473 aa  903    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.472188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2733  glutamyl-tRNA reductase  51.05 
 
 		 477 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4440  glutamyl-tRNA reductase  50.85 
 
 		 434 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0261  glutamyl-tRNA reductase  47.88 
 
 		 435 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.719241  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4372  glutamyl-tRNA reductase  51.43 
 
 		 501 aa  400  9.999999999999999e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0548  Glutamyl-tRNA reductase  49.15 
 
 		 440 aa  395  1e-109  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.675459  normal  0.566276 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4580  glutamyl-tRNA reductase  48.07 
 
 		 458 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8326  glutamyl-tRNA reductase  48.19 
 
 		 440 aa  357  2.9999999999999997e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.522016 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02850  glutamyl-tRNA reductase  44.61 
 
 		 443 aa  351  2e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.766325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6730  glutamyl-tRNA reductase  47.87 
 
 		 438 aa  347  3e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0617  Glutamyl-tRNA reductase  50.44 
 
 		 442 aa  346  4e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.186934  normal  0.0532706 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0238  glutamyl-tRNA reductase  44.09 
 
 		 473 aa  344  2e-93  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.264008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0356  glutamyl-tRNA reductase  45.77 
 
 		 455 aa  339  7e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0667  glutamyl-tRNA reductase  44.82 
 
 		 445 aa  337  2.9999999999999997e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0426  glutamyl-tRNA reductase  45.77 
 
 		 455 aa  336  3.9999999999999995e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.998007  hitchhiker  0.00912158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0676  glutamyl-tRNA reductase  43.84 
 
 		 447 aa  334  2e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0669  glutamyl-tRNA reductase  43.84 
 
 		 447 aa  334  2e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.792193 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0689  glutamyl-tRNA reductase  43.84 
 
 		 447 aa  334  2e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.19239 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0494  glutamyl-tRNA reductase  45.95 
 
 		 430 aa  330  3e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10520  glutamyl-tRNA reductase  43.82 
 
 		 468 aa  326  4.0000000000000003e-88  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.200294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0844  glutamyl-tRNA reductase  44.21 
 
 		 456 aa  322  7e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0729524  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0067  glutamyl-tRNA reductase  42.95 
 
 		 455 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00785406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5696  glutamyl-tRNA reductase  43.52 
 
 		 448 aa  320  3e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.408178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24410  glutamyl-tRNA reductase  45.92 
 
 		 456 aa  315  1.9999999999999998e-84  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.557757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1013  glutamyl-tRNA reductase  42.92 
 
 		 457 aa  314  2.9999999999999996e-84  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0741734  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4363  glutamyl-tRNA reductase  31.81 
 
 		 444 aa  256  5e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4199  glutamyl-tRNA reductase  31.81 
 
 		 444 aa  256  5e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4698  glutamyl-tRNA reductase  31.81 
 
 		 444 aa  256  5e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4553  glutamyl-tRNA reductase  31.81 
 
 		 444 aa  256  5e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4210  glutamyl-tRNA reductase  31.81 
 
 		 444 aa  256  6e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1250  glutamyl-tRNA reductase  33.33 
 
 		 464 aa  256  8e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4557  glutamyl-tRNA reductase  31.81 
 
 		 444 aa  256  8e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0650  glutamyl-tRNA reductase  31.59 
 
 		 444 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4584  glutamyl-tRNA reductase  31.59 
 
 		 444 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4602  glutamyl-tRNA reductase  31.59 
 
 		 444 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0870  glutamyl-tRNA reductase  32.47 
 
 		 454 aa  253  6e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4311  glutamyl-tRNA reductase  31.81 
 
 		 443 aa  250  4e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1348  glutamyl-tRNA reductase  35.47 
 
 		 446 aa  249  6e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2582  glutamyl-tRNA reductase  30.52 
 
 		 443 aa  249  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1121  glutamyl-tRNA reductase  31.6 
 
 		 458 aa  248  2e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.710663 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3182  glutamyl-tRNA reductase  30.48 
 
 		 444 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.447299  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1260  glutamyl-tRNA reductase  36.3 
 
 		 436 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.497201  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2164  glutamyl-tRNA reductase  31.15 
 
 		 464 aa  244  3e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.317468  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1250  glutamyl-tRNA reductase  34.04 
 
 		 441 aa  241  1e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.305769 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3284  glutamyl-tRNA reductase  32.75 
 
 		 434 aa  241  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3355  glutamyl-tRNA reductase  33.11 
 
 		 443 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.811107  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3644  glutamyl-tRNA reductase  33.77 
 
 		 421 aa  239  8e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000014182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0360  glutamyl-tRNA reductase  31.89 
 
 		 434 aa  237  4e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3233  glutamyl-tRNA reductase  32.46 
 
 		 434 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000271435  normal  0.234997 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3377  glutamyl-tRNA reductase  33.33 
 
 		 436 aa  232  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0407  glutamyl-tRNA reductase  31.36 
 
 		 434 aa  228  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3064  glutamyl-tRNA reductase  32.46 
 
 		 443 aa  227  4e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0847695  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0407  glutamyl-tRNA reductase  31.36 
 
 		 434 aa  227  4e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1590  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 461 aa  223  7e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.715932 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6799  glutamyl-tRNA reductase  32.05 
 
 		 458 aa  211  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.410686 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2564  glutamyl-tRNA reductase  31.36 
 
 		 436 aa  211  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.734492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0503  glutamyl-tRNA reductase  31.96 
 
 		 434 aa  209  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000781545  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3238  glutamyl-tRNA reductase  30.26 
 
 		 438 aa  207  2e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.173569  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1288  glutamyl-tRNA reductase  35.06 
 
 		 453 aa  207  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1764  glutamyl-tRNA reductase  28.14 
 
 		 448 aa  206  1e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1730  glutamyl-tRNA reductase  28.14 
 
 		 448 aa  206  1e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.234502  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1840  glutamyl-tRNA reductase  32.75 
 
 		 451 aa  203  7e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.20758  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1374  glutamyl-tRNA reductase  33.18 
 
 		 440 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0722  glutamyl-tRNA reductase  33.48 
 
 		 427 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1979  glutamyl-tRNA reductase  33.92 
 
 		 422 aa  201  3e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.001246  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12380  glutamyl-tRNA reductase  32.13 
 
 		 465 aa  201  3e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0208  glutamyl-tRNA reductase  25.55 
 
 		 441 aa  200  5e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2026  glutamyl-tRNA reductase  30.92 
 
 		 425 aa  200  5e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.244155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3544  glutamyl-tRNA reductase  33.12 
 
 		 414 aa  200  6e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.037813  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2761  glutamyl-tRNA reductase  33.12 
 
 		 443 aa  199  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2381  glutamyl-tRNA reductase  33.12 
 
 		 443 aa  199  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.370864 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1757  glutamyl-tRNA reductase  33.56 
 
 		 419 aa  199  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000105006  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0789  glutamyl-tRNA reductase  30.29 
 
 		 418 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143605  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1549  glutamyl-tRNA reductase  34.88 
 
 		 428 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.214578  normal  0.338338 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04547  glutamyl-tRNA reductase  33.11 
 
 		 432 aa  197  5.000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0296  glutamyl-tRNA reductase  31.22 
 
 		 442 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0758  glutamyl-tRNA reductase  32.85 
 
 		 431 aa  194  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.510038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01249  glutamyl-tRNA reductase  30.92 
 
 		 418 aa  194  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1052  glutamyl-tRNA reductase  31.32 
 
 		 420 aa  193  5e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.103209  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1059  glutamyl-tRNA reductase  32.32 
 
 		 426 aa  193  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1750  glutamyl-tRNA reductase  30.28 
 
 		 442 aa  193  6e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004204  glutamyl-tRNA reductase  31.31 
 
 		 418 aa  192  8e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000179715  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11600  glutamyl-tRNA reductase  30.45 
 
 		 464 aa  191  2.9999999999999997e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0796  glutamyl-tRNA reductase  31.79 
 
 		 416 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000467609  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3554  glutamyl-tRNA reductase  29.27 
 
 		 422 aa  190  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0359238  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0959  glutamyl-tRNA reductase  29.93 
 
 		 430 aa  191  4e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1362  glutamyl-tRNA reductase  32.75 
 
 		 446 aa  190  5e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0768  glutamyl-tRNA reductase  31.79 
 
 		 416 aa  190  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000952775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1459  glutamyl-tRNA reductase  32.75 
 
 		 446 aa  190  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0800  glutamyl-tRNA reductase  32.02 
 
 		 416 aa  189  7e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000139394  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2122  glutamyl-tRNA reductase  31.76 
 
 		 432 aa  189  9e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0115057  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0510  glutamyl-tRNA reductase  29.39 
 
 		 420 aa  189  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2493  glutamyl-tRNA reductase  32.68 
 
 		 446 aa  189  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3738  glutamyl-tRNA reductase  32.25 
 
 		 416 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000445074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0504  glutamyl-tRNA reductase  31.67 
 
 		 438 aa  188  2e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0695  glutamyl-tRNA reductase  32.25 
 
 		 416 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000150429  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3547  glutamyl-tRNA reductase  32.25 
 
 		 416 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000884413  decreased coverage  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3615  glutamyl-tRNA reductase  32.25 
 
 		 416 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000229913  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2361  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 429 aa  187  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>