239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0420 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0420  PII uridylyl-transferase  100 
 
 		 785 aa  1494    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6202  PII uridylyl-transferase  76.38 
 
 		 812 aa  990    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0708952 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1787  (Protein-PII) uridylyltransferase  53.37 
 
 		 761 aa  562  1.0000000000000001e-159  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4013  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  50.07 
 
 		 791 aa  513  1e-144  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0410542  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3425  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  48.17 
 
 		 780 aa  512  1e-143  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000721047  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1958  PII uridylyl-transferase  44.57 
 
 		 837 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7998  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  42.75 
 
 		 832 aa  493  9.999999999999999e-139  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2004  PII uridylyl-transferase  44.57 
 
 		 837 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.147451  normal  0.662408 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4183  PII uridylyl-transferase  42.58 
 
 		 824 aa  489  1e-137  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.307556  normal  0.381619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5932  PII uridylyl-transferase  47.12 
 
 		 787 aa  491  1e-137  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1938  PII uridylyl-transferase  44.43 
 
 		 837 aa  489  1e-136  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2180  PII uridylyl-transferase  43.89 
 
 		 822 aa  488  1e-136  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3147  PII uridylyl-transferase  46.56 
 
 		 786 aa  481  1e-134  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00573062  normal  0.0612355 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1189  PII uridylyl-transferase  46.26 
 
 		 764 aa  456  1e-127  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.846826  hitchhiker  0.00590084 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12932  PII uridylyl-transferase  42.3 
 
 		 808 aa  455  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000000000204845  normal  0.298012 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1564  PII uridylyl-transferase  46.39 
 
 		 771 aa  455  1.0000000000000001e-126  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.694089  normal  0.0576008 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2080  protein-P-II uridylyltransferase  41.03 
 
 		 860 aa  442  9.999999999999999e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1395  PII uridylyl-transferase  46.76 
 
 		 778 aa  435  1e-120  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.252676  decreased coverage  0.00675271 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1300  PII uridylyl-transferase  44.74 
 
 		 764 aa  420  1e-116  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.619791  normal  0.869905 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3267  PII uridylyl-transferase  43.18 
 
 		 707 aa  414  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.432911  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1610  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  43.26 
 
 		 817 aa  405  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00765981  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23780  UTP:GlnB (protein PII) uridylyltransferase  44.95 
 
 		 640 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.259899 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1467  metal dependent phosphohydrolase  45.02 
 
 		 598 aa  350  5e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.407814 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1164  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  44.51 
 
 		 622 aa  328  2.0000000000000001e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2545  metal dependent phosphohydrolase  44.75 
 
 		 582 aa  315  2.9999999999999996e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.15949 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0982  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  37.92 
 
 		 571 aa  293  6e-78  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.487365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1234  protein-p-II uridylyltransferase  36.43 
 
 		 596 aa  288  2e-76  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1877  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  29.94 
 
 		 894 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2333  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  29.94 
 
 		 894 aa  282  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1820  protein-P-II uridylyltransferase, putative  28.07 
 
 		 902 aa  267  5e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.074397  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1426  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  27.89 
 
 		 899 aa  264  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.918297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1343  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  29.2 
 
 		 905 aa  253  7e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2384  metal dependent phosphohydrolase  28.21 
 
 		 898 aa  253  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0284  PII uridylyl-transferase  29.94 
 
 		 969 aa  253  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.610069  normal  0.0372398 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0567  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  29.73 
 
 		 887 aa  251  4e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0144  PII uridylyl-transferase  27.95 
 
 		 934 aa  251  5e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0139  PII uridylyl-transferase  27.93 
 
 		 934 aa  248  2e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0157  PII uridylyl-transferase  27.12 
 
 		 934 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0469  PII uridylyl-transferase  28.4 
 
 		 930 aa  244  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0882544 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0914  PII uridylyl-transferase  29.43 
 
 		 938 aa  244  6e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3956  PII uridylyl-transferase  28.72 
 
 		 936 aa  241  5e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.619091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0031  PII uridylyl-transferase  27.3 
 
 		 949 aa  239  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000404003 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3539  PII uridylyl-transferase  28.49 
 
 		 936 aa  239  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0594  PII uridylyl-transferase  28.52 
 
 		 933 aa  239  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0342  PII uridylyl-transferase  28.44 
 
 		 931 aa  239  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2185  PII uridylyl-transferase  28.35 
 
 		 936 aa  236  9e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00224079  normal  0.664857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0897  PII uridylyl-transferase  27.67 
 
 		 914 aa  236  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.88473 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3602  PII uridylyl-transferase  27.21 
 
 		 931 aa  235  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2112  metal dependent phosphohydrolase  31.11 
 
 		 927 aa  234  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0838808  normal  0.131108 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0574  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  29.16 
 
 		 864 aa  234  5e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.342423  normal  0.895428 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1811  PII uridylyl-transferase  27.93 
 
 		 930 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0458  PII uridylyl-transferase  27.93 
 
 		 930 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0418586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0226  PII uridylyl-transferase  28.66 
 
 		 931 aa  233  9e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.952956  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2799  PII uridylyl-transferase  27.78 
 
 		 937 aa  233  9e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1512  protein-P-II uridylyltransferase  26.99 
 
 		 906 aa  232  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2691  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  27.62 
 
 		 900 aa  232  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.79049  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2833  PII uridylyl-transferase  27.89 
 
 		 943 aa  231  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0032  PII uridylyl-transferase  28.59 
 
 		 932 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.968292  normal  0.957944 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0116  PII uridylyl-transferase  28.44 
 
 		 933 aa  232  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1147  PII uridylyl-transferase  28.52 
 
 		 1029 aa  231  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.845695  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7648  PII uridylyl-transferase  27.95 
 
 		 931 aa  231  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.285774 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0446  PII uridylyl-transferase  28.81 
 
 		 893 aa  231  6e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2309  metal dependent phosphohydrolase  28.95 
 
 		 872 aa  230  7e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.460476  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0030  PII uridylyl-transferase  27.17 
 
 		 968 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.892083 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0045  PII uridylyl-transferase  26.85 
 
 		 968 aa  227  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.893675 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2253  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  29.67 
 
 		 930 aa  223  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0682  PII uridylyl-transferase  28.97 
 
 		 912 aa  221  3.9999999999999997e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1692  metal dependent phosphohydrolase  30.41 
 
 		 930 aa  221  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.427674  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3543  PII uridylyl-transferase  28.99 
 
 		 935 aa  220  7e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.654766 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3127  PII uridylyl-transferase  27.46 
 
 		 953 aa  220  7e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2164  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  29.55 
 
 		 930 aa  220  8.999999999999998e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.191815  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0911  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  23.37 
 
 		 869 aa  217  7e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0590942  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0335  PII uridylyl-transferase  28.19 
 
 		 928 aa  215  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2787  PII uridylyl-transferase  29.96 
 
 		 935 aa  215  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.565994  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0382  PII uridylyl-transferase  28.19 
 
 		 928 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.267202 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1043  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  29.93 
 
 		 862 aa  213  9e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0924  protein-P-II uridylyltransferase  29.93 
 
 		 862 aa  213  9e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1411  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  25.27 
 
 		 924 aa  213  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0414  PII uridylyl-transferase  27.99 
 
 		 928 aa  213  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.394312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4084  PII uridylyl-transferase  26.66 
 
 		 900 aa  208  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.822232 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0424  PII uridylyl-transferase  29.72 
 
 		 941 aa  207  8e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0133  PII uridylyl-transferase  27.94 
 
 		 925 aa  204  7e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.633689  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0783  PII uridylyl-transferase  32.51 
 
 		 850 aa  203  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.483078 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4033  PII uridylyl-transferase  26.26 
 
 		 912 aa  203  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.23625  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2942  PII uridylyl-transferase  26.47 
 
 		 868 aa  203  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2457  PII uridylyl-transferase  28.1 
 
 		 859 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100241  hitchhiker  0.00205013 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2602  PII uridylyl-transferase  25.39 
 
 		 900 aa  201  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1557  PII uridylyl-transferase  27.27 
 
 		 858 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1918  PII uridylyl-transferase  26.81 
 
 		 884 aa  199  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151624 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2585  PII uridylyl-transferase  27.27 
 
 		 858 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2496  PII uridylyl-transferase  27.27 
 
 		 858 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0815155  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1340  PII uridylyl-transferase  27.33 
 
 		 859 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.490148  normal  0.451762 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1331  PII uridylyl-transferase  27.27 
 
 		 858 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.118754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2059  PII uridylyl-transferase  27.27 
 
 		 858 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.222746  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3252  PII uridylyl-transferase  27.27 
 
 		 858 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.131607  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2439  PII uridylyl-transferase  27.27 
 
 		 858 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1157  (Protein-PII) uridylyltransferase  26.95 
 
 		 899 aa  199  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4853  PII uridylyl-transferase  26.68 
 
 		 895 aa  199  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.826646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2269  (Protein-PII) uridylyltransferase  28.02 
 
 		 818 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1739  PII uridylyl-transferase  25.91 
 
 		 852 aa  196  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>