More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0317 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001303  ANIA_04462  pyruvate carboxylase (Eurofung)  46.83 
 
 
1196 aa  986    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.736357  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1816  pyruvate carboxylase  59.95 
 
 
1129 aa  1283    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4198  pyruvate carboxylase  58.88 
 
 
1148 aa  1264    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.721945 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4375  pyruvate carboxylase  47.11 
 
 
1153 aa  1004    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2428  pyruvate carboxylase  47.44 
 
 
1148 aa  1036    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0297637  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2549  pyruvate carboxylase  46.31 
 
 
1149 aa  1021    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.011252  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0704  pyruvate carboxylase  45.23 
 
 
1147 aa  1055    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3994  pyruvate carboxylase  46.33 
 
 
1148 aa  1049    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.882525  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0765  pyruvate carboxylase  46.74 
 
 
1154 aa  1000    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.531635  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3139  pyruvate carboxylase  46.55 
 
 
1184 aa  1023    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1781  pyruvate carboxylase  47.24 
 
 
1158 aa  1040    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2669  pyruvate carboxylase  49.26 
 
 
1164 aa  1054    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4050  pyruvate carboxylase  46.22 
 
 
1148 aa  1045    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.898796  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3859  pyruvate carboxylase  46.15 
 
 
1148 aa  1043    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2457  pyruvate carboxylase  61.39 
 
 
1127 aa  1306    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000300234 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3690  pyruvate carboxylase  46.33 
 
 
1148 aa  1050    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5521  pyruvate carboxylase  48.81 
 
 
1173 aa  1021    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3707  pyruvate carboxylase  46.33 
 
 
1148 aa  1049    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.863258  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49339  precursor of carboxylase pyruvate carboxylase  45.89 
 
 
1264 aa  949    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1190  pyruvate carboxylase  46.24 
 
 
1148 aa  1047    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0258  pyruvate carboxylase  47.57 
 
 
1148 aa  1026    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000175777 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18300  pyruvate carboxylase  59.95 
 
 
1134 aa  1230    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.154517 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00650  pyruvate carboxylase, putative  46.53 
 
 
1103 aa  876    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.242761  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09250  pyruvate carboxylase  60.49 
 
 
1127 aa  1301    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.582484 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0402  pyruvate carboxylase  47.94 
 
 
1147 aa  1026    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_30519  precursor of carboxylase pyruvate carboxylase  46.69 
 
 
1252 aa  969    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4717  pyruvate carboxylase  48.25 
 
 
1169 aa  974    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.513127  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4597  pyruvate carboxylase  46.31 
 
 
1157 aa  1008    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1298  pyruvate carboxylase  58.78 
 
 
1132 aa  1235    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.936184 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3839  pyruvate carboxylase  47.1 
 
 
1154 aa  1014    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1360  pyruvate carboxylase  48.31 
 
 
1147 aa  1049    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0615601 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2090  pyruvate carboxylase  46.74 
 
 
1154 aa  1001    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1957  pyruvate carboxylase  46.14 
 
 
1148 aa  1011    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4454  pyruvate carboxylase  46.49 
 
 
1149 aa  995    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7328  pyruvate carboxylase  48.34 
 
 
1172 aa  1017    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.402433 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1152  pyruvate carboxylase  59.86 
 
 
1126 aa  1274    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6118  pyruvate carboxylase  47.03 
 
 
1165 aa  1016    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.410789 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1877  pyruvate carboxylase  60.96 
 
 
1138 aa  1212    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0010898  normal  0.0198778 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0972  pyruvate carboxylase  48.51 
 
 
1165 aa  1035    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0428493 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0816  pyruvate carboxylase  46.57 
 
 
1148 aa  1024    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000167673  hitchhiker  0.00000000644662 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0980  pyruvate carboxylase  47.01 
 
 
1147 aa  1059    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.125957  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4157  pyruvate carboxylase  46.15 
 
 
1148 aa  1043    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.820084  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1923  pyruvate carboxylase  60.4 
 
 
1128 aa  1279    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4167  pyruvate carboxylase  46.93 
 
 
1154 aa  1013    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1547  pyruvate carboxylase  60.74 
 
 
1132 aa  1274    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.108639 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1121  pyruvate carboxylase  48.44 
 
 
1153 aa  1023    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2317  pyruvate carboxylase  48.74 
 
 
1146 aa  997    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1174  pyruvate carboxylase  44.75 
 
 
1150 aa  1048    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.810456  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1119  pyruvate carboxylase  47.71 
 
 
1169 aa  1045    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3015  pyruvate carboxylase  48.7 
 
 
1148 aa  1048    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.240304  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0317  pyruvate carboxylase  100 
 
 
1136 aa  2244    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.557231  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0937  pyruvate carboxylase  60.69 
 
 
1128 aa  1261    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.218136  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3513  pyruvate carboxylase  61.32 
 
 
1128 aa  1267    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0273  pyruvate carboxylase  47.3 
 
 
1148 aa  1026    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.322255  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32964  predicted protein  45.34 
 
 
1132 aa  922    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0171502  normal  0.395627 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2781  pyruvate carboxylase  46.63 
 
 
1146 aa  1014    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.34557 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12982  pyruvate carboxylase  60.04 
 
 
1127 aa  1216    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2165  pyruvate carboxylase  58.27 
 
 
1145 aa  1244    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0677  pyruvate carboxylase  47.25 
 
 
1154 aa  1018    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00418471 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1852  pyruvate carboxylase  47.79 
 
 
1147 aa  1058    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3114  pyruvate carboxylase  48.78 
 
 
1148 aa  1043    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.558705  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1638  pyruvate carboxylase  47.66 
 
 
1167 aa  967    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2485  pyruvate carboxylase  47.04 
 
 
1145 aa  1016    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90975  Pyruvate carboxylase  46.19 
 
 
1179 aa  973    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.301663  normal  0.518395 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2028  pyruvate carboxylase  47.28 
 
 
1146 aa  1000    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1716  pyruvate carboxylase  47.24 
 
 
1158 aa  1040    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1943  pyruvate carboxylase  60.07 
 
 
1131 aa  1269    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.845538  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3962  pyruvate carboxylase  46.33 
 
 
1148 aa  1049    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1196  pyruvate carboxylase  44.75 
 
 
1150 aa  1048    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2041  pyruvate carboxylase  64.2 
 
 
1128 aa  1311    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2995  pyruvate carboxylase  49.22 
 
 
1149 aa  1051    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3329  pyruvate carboxylase  47.98 
 
 
1158 aa  1019    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1751  pyruvate carboxylase  63.2 
 
 
1124 aa  1314    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1989  pyruvate carboxylase  60.07 
 
 
1131 aa  1269    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10083  pyruvate carboxylase  44.5 
 
 
1150 aa  1028    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.667166  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0519  pyruvate carboxylase  44.19 
 
 
1144 aa  999    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4065  pyruvate carboxylase  46.26 
 
 
1148 aa  1049    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164116  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1142  pyruvate carboxylase  48.52 
 
 
1146 aa  1056    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0248368  normal  0.044238 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2649  pyruvate carboxylase  45.84 
 
 
1148 aa  1038    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00733169  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5754  pyruvate carboxylase  48.68 
 
 
1169 aa  1024    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.345143  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3773  pyruvate carboxylase  45.89 
 
 
1148 aa  1038    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.333  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6501  pyruvate carboxylase  83.38 
 
 
1127 aa  1698    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.697042 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5973  pyruvate carboxylase  61.95 
 
 
1125 aa  1315    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0696  pyruvate carboxylase  45.79 
 
 
1137 aa  1023    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3215  pyruvate carboxylase  48.7 
 
 
1148 aa  1041    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1546  pyruvate carboxylase  60.14 
 
 
1131 aa  1265    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.623048  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2907  pyruvate carboxylase  46.05 
 
 
1148 aa  993    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4144  pyruvate carboxylase  47.52 
 
 
1144 aa  1019    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1336  pyruvate carboxylase  46.66 
 
 
1148 aa  1000    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.441133  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13810  pyruvate carboxylase  60.47 
 
 
1172 aa  1256    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1043  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  47.2 
 
 
476 aa  439  1e-121  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0138  pyruvate carboxylase subunit A  47.76 
 
 
500 aa  432  1e-119  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.732252  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1555  pyruvate carboxylase subunit A  51.33 
 
 
472 aa  427  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0832777 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4207  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  51.02 
 
 
588 aa  427  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1342  pyruvate carboxylase subunit A  45.76 
 
 
494 aa  425  1e-117  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.492096  normal  0.0929613 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0676  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  46.03 
 
 
477 aa  426  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.068223 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1333  pyruvate carboxylase subunit A  45.54 
 
 
497 aa  426  1e-117  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0516  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  48.42 
 
 
447 aa  421  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0701369  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0873  pyruvate carboxylase  29.88 
 
 
1230 aa  420  1e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0611  pyruvate carboxylase subunit A  45.76 
 
 
497 aa  420  1e-116  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.937558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>