More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0270 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0270  DNA polymerase III subunits gamma and tau  100 
 
 
812 aa  1578    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6564  DNA polymerase III subunits gamma and tau  88.08 
 
 
855 aa  689    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2016  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  53.33 
 
 
637 aa  560  1e-158  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.780836  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0213  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  53.52 
 
 
808 aa  538  1e-151  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4926  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  67.27 
 
 
715 aa  527  1e-148  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9029  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  66.15 
 
 
863 aa  525  1e-147  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0649  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  63.31 
 
 
743 aa  524  1e-147  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3534  DNA polymerase III subunits gamma and tau  67.71 
 
 
729 aa  525  1e-147  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.698933 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4819  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  65.64 
 
 
732 aa  521  1e-146  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14657  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9315  DNA-directed DNA polymerase  65.89 
 
 
727 aa  515  1e-144  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13753  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.96 
 
 
578 aa  508  9.999999999999999e-143  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0427  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  62.15 
 
 
774 aa  504  1e-141  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36570  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  50.17 
 
 
690 aa  503  1e-141  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.429514  normal  0.480255 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0051  DNA polymerase III subunits gamma and tau  64.95 
 
 
692 aa  500  1e-140  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6146  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61.7 
 
 
690 aa  499  1e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1281  DNA polymerase III subunits gamma and tau  63.82 
 
 
652 aa  492  1e-137  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0548  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  66.94 
 
 
841 aa  492  1e-137  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25950  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  63.8 
 
 
796 aa  488  1e-136  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0694  DNA polymerase III subunits gamma and tau  60.2 
 
 
1202 aa  484  1e-135  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0475  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  66.5 
 
 
765 aa  484  1e-135  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00148919  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4016  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  62.83 
 
 
737 aa  481  1e-134  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0555  DNA polymerase III subunits gamma and tau  60.2 
 
 
1078 aa  479  1e-134  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.533437  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0201  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  63.28 
 
 
713 aa  477  1e-133  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5534  DNA polymerase III subunits gamma and tau  65.18 
 
 
643 aa  477  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  65.45 
 
 
616 aa  473  1e-132  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.332565  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4998  DNA polymerase III subunits gamma and tau  65.45 
 
 
616 aa  473  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5277  DNA polymerase III subunits gamma and tau  65.45 
 
 
618 aa  472  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.028048  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  64.69 
 
 
926 aa  468  9.999999999999999e-131  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04710  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  62.44 
 
 
872 aa  466  9.999999999999999e-131  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.641113 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0317  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  62.79 
 
 
678 aa  467  9.999999999999999e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3125  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  63.8 
 
 
878 aa  465  1e-129  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0603821  decreased coverage  0.0000225707 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28470  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  62.47 
 
 
1122 aa  459  9.999999999999999e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02650  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  61.07 
 
 
1159 aa  457  1e-127  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0414  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  59.02 
 
 
872 aa  443  1e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.69984 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0466  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  63.64 
 
 
712 aa  437  1e-121  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.957153  normal  0.287442 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0126  DNA polymerase III, subunit gamma and tau  52.2 
 
 
801 aa  416  9.999999999999999e-116  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1289  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.37 
 
 
960 aa  395  1e-108  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  40.13 
 
 
582 aa  311  4e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0094  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  40.6 
 
 
579 aa  308  3e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.43 
 
 
589 aa  306  1.0000000000000001e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.46 
 
 
582 aa  303  1e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.22 
 
 
579 aa  301  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.46 
 
 
562 aa  295  3e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.65 
 
 
562 aa  295  3e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.65 
 
 
562 aa  295  3e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.97 
 
 
562 aa  292  2e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.97 
 
 
562 aa  292  2e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.91 
 
 
562 aa  291  2e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.27 
 
 
562 aa  291  3e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.27 
 
 
562 aa  291  4e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32 
 
 
562 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.97 
 
 
562 aa  290  6e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0365  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.62 
 
 
551 aa  287  4e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00200762  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.27 
 
 
562 aa  288  4e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.4 
 
 
427 aa  287  7e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.36 
 
 
567 aa  286  8e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.1 
 
 
561 aa  281  3e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0212  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.27 
 
 
582 aa  281  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.783119  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.55 
 
 
518 aa  280  9e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6870  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.08 
 
 
649 aa  280  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.351092 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0195  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.27 
 
 
579 aa  278  3e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.92139e-31 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.06 
 
 
559 aa  277  4e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0301  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.52 
 
 
569 aa  277  6e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0288678  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3778  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.78 
 
 
601 aa  273  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.131326  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3695  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.78 
 
 
601 aa  272  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2608  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.63 
 
 
610 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2789  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.73 
 
 
602 aa  270  5.9999999999999995e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.226663  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3637  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.04 
 
 
606 aa  270  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0803944  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  43.3 
 
 
614 aa  269  1e-70  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1386  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.39 
 
 
550 aa  269  2e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.36 
 
 
755 aa  268  4e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.25 
 
 
599 aa  267  5.999999999999999e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4353  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.45 
 
 
663 aa  266  8.999999999999999e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.695185  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.11 
 
 
518 aa  266  1e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  42.74 
 
 
625 aa  266  2e-69  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2215  AAA ATPase, central region  38.27 
 
 
650 aa  264  4e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.110333  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1138  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.28 
 
 
550 aa  264  4e-69  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0632409  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.11 
 
 
588 aa  263  6.999999999999999e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2269  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.32 
 
 
688 aa  263  1e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3762  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.1 
 
 
606 aa  263  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.440006  normal  0.772906 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0603  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.22 
 
 
735 aa  262  2e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.705665 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0912  DNA polymerase III, tau subunit  39.26 
 
 
652 aa  261  5.0000000000000005e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.850857 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1975  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.75 
 
 
632 aa  260  6e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.868951 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00641  DNA polymerase, gamma and tau subunits  32.89 
 
 
604 aa  260  7e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2586  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.71 
 
 
612 aa  258  4e-67  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0700925  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0832  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.59 
 
 
695 aa  258  4e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.41 
 
 
398 aa  257  6e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.561354 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0052  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.3 
 
 
547 aa  257  7e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0055  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.3 
 
 
547 aa  257  8e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  32.74 
 
 
900 aa  256  9e-67  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2144  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.63 
 
 
547 aa  256  1.0000000000000001e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00119695  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1322  DNA-directed DNA polymerase  36.96 
 
 
396 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.403308  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.61 
 
 
591 aa  255  2.0000000000000002e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.775776  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0542  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.88 
 
 
570 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000531282  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0092  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.54 
 
 
527 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000833689 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1510  DNA polymerase III, tau subunit / DNA polymerase III, gamma subunit  40.11 
 
 
648 aa  256  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0569414  normal  0.564841 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.24 
 
 
520 aa  253  9.000000000000001e-66  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  35.79 
 
 
568 aa  253  1e-65  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02330  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  40.36 
 
 
807 aa  253  1e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.15041  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1423  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.81 
 
 
529 aa  253  1e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>