More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0253 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0253  ROK  100 
 
 		 466 aa  893    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0718  ROK family protein  65.4 
 
 		 429 aa  450  1e-125  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0541025 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3774  ROK family protein  49.34 
 
 		 416 aa  330  4e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.334489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23140  transcriptional regulator/sugar kinase  41.71 
 
 		 396 aa  252  8.000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.367865  normal  0.116398 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0218  ROK family protein  34.4 
 
 		 432 aa  143  6e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.42624  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0087  ROK family protein  31.82 
 
 		 440 aa  139  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0656  ROK domain-containing protein  31.99 
 
 		 436 aa  137  4e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0669  ROK family protein  31.99 
 
 		 436 aa  137  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0649  ROK family protein  31.99 
 
 		 436 aa  137  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.310204 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  30.79 
 
 		 397 aa  123  8e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  31.81 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  23.93 
 
 		 400 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1896  ROK family protein  26.1 
 
 		 405 aa  120  7.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0803  ROK family protein  32.55 
 
 		 374 aa  119  9e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10493  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 438 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.141908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  30 
 
 		 404 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  22.54 
 
 		 408 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  29.52 
 
 		 405 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0826  ROK family protein  30.42 
 
 		 437 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  27.32 
 
 		 386 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  24.01 
 
 		 383 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4513  ROK family protein  30.55 
 
 		 396 aa  112  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  28.72 
 
 		 408 aa  110  5e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  30.84 
 
 		 403 aa  109  9.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2133  ROK family protein  25.81 
 
 		 405 aa  109  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4635  ROK family protein  33.44 
 
 		 401 aa  107  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  32.22 
 
 		 448 aa  108  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1658  transcriptional regulator Mic  26.6 
 
 		 406 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1590  transcriptional regulator Mic  26.6 
 
 		 406 aa  107  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0384401 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1599  transcriptional regulator Mic  26.6 
 
 		 406 aa  107  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.510024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2133  ROK family protein  28.39 
 
 		 417 aa  107  7e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000789832 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  28.02 
 
 		 418 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  20.83 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  26.33 
 
 		 435 aa  105  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  27.1 
 
 		 409 aa  104  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  28.49 
 
 		 390 aa  104  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1869  Mlc protein  26.25 
 
 		 405 aa  104  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472832  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  29.93 
 
 		 414 aa  104  4e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1851  transcriptional regulator Mic  26.34 
 
 		 406 aa  104  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1981  ROK family protein  26.25 
 
 		 405 aa  104  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1919  ROK family protein  26.48 
 
 		 407 aa  103  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1684  transcriptional regulator Mic  26.34 
 
 		 406 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.886112  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  28.94 
 
 		 405 aa  103  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3539  transcriptional repressor of the xylose operon  29.67 
 
 		 395 aa  103  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  27.67 
 
 		 410 aa  103  6e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2283  ROK family protein  27.08 
 
 		 405 aa  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.060664 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  31.6 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  25.88 
 
 		 406 aa  102  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32910  transcriptional regulator/sugar kinase  30.36 
 
 		 400 aa  101  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.235985  normal  0.423272 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  24.12 
 
 		 405 aa  102  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  24 
 
 		 405 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  22.19 
 
 		 396 aa  100  6e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  27.27 
 
 		 386 aa  100  8e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  23.38 
 
 		 434 aa  99.8  9e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  21.95 
 
 		 364 aa  99.4  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  24.71 
 
 		 405 aa  99.4  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2304  transcriptional regulator Mic  26.1 
 
 		 406 aa  99  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0485397 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1801  transcriptional regulator Mic  26.1 
 
 		 406 aa  99  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  26.72 
 
 		 503 aa  99.4  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01563  DNA-binding transcriptional repressor  26.39 
 
 		 406 aa  99  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2049  ROK familiy protein  26.39 
 
 		 406 aa  99  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.688141  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1780  transcriptional regulator Mic  26.39 
 
 		 406 aa  99  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.905565  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01553  hypothetical protein  26.39 
 
 		 406 aa  99  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2036  ROK family protein  26.39 
 
 		 406 aa  99  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  25.32 
 
 		 391 aa  98.6  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1668  transcriptional regulator Mic  26.39 
 
 		 406 aa  99  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1606  transcriptional regulator Mic  26.39 
 
 		 406 aa  99  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2815  ROK family protein  33.22 
 
 		 389 aa  98.6  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.231049  normal  0.37172 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  26.32 
 
 		 406 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  26.32 
 
 		 406 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  26.32 
 
 		 406 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0316  ROK family protein  23.35 
 
 		 388 aa  98.2  3e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  26.32 
 
 		 406 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  26.32 
 
 		 406 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  30.03 
 
 		 398 aa  97.4  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0579  ROK family protein  22.5 
 
 		 388 aa  97.8  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.255348  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  25.15 
 
 		 406 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  25.15 
 
 		 406 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  25.15 
 
 		 406 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  25.15 
 
 		 406 aa  97.4  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  25.15 
 
 		 406 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  25.15 
 
 		 406 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  25.15 
 
 		 406 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  25.15 
 
 		 406 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  25.15 
 
 		 406 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 405 aa  96.7  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  30.38 
 
 		 390 aa  96.7  8e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.141771 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  28.3 
 
 		 397 aa  96.7  9e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  27.89 
 
 		 407 aa  95.9  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3472  ROK family protein  29.6 
 
 		 393 aa  95.9  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17010  transcriptional regulator/sugar kinase  33.02 
 
 		 386 aa  96.3  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00455461  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  25.95 
 
 		 404 aa  95.1  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  20.43 
 
 		 408 aa  95.5  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0043  ROK family protein  29.86 
 
 		 421 aa  95.5  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  22.63 
 
 		 416 aa  95.1  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2379  ROK family protein  27.8 
 
 		 417 aa  94.4  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.257768  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0705  ROK family protein  32.95 
 
 		 374 aa  94.4  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  26.24 
 
 		 404 aa  94.4  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  25.63 
 
 		 399 aa  94.4  4e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  23.84 
 
 		 400 aa  93.6  7e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>