More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0095 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0095  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  100 
 
 
369 aa  716    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.605031 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7209  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  74.25 
 
 
386 aa  508  1e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0442513  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2748  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  66.67 
 
 
350 aa  436  1e-121  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.253238  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1636  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  62.19 
 
 
366 aa  432  1e-120  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6858  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  62.81 
 
 
357 aa  431  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.384013  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4388  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  59.56 
 
 
354 aa  411  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8993  Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  61.92 
 
 
341 aa  407  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.877119  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37870  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  61.71 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.410485 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6141  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  57.85 
 
 
359 aa  406  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5048  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  60.71 
 
 
360 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3344  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  61.92 
 
 
341 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal  0.675292 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5111  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  61.64 
 
 
384 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.182331  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4921  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.78 
 
 
357 aa  397  1e-109  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4625  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.78 
 
 
357 aa  397  1e-109  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0164  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  56.44 
 
 
381 aa  394  1e-109  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0781323  hitchhiker  0.000173938 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4538  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  59.78 
 
 
357 aa  397  1e-109  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0299  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  63.08 
 
 
347 aa  394  1e-109  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0155  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  56.44 
 
 
384 aa  393  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0297  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  60.34 
 
 
361 aa  392  1e-108  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10824  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  58.68 
 
 
364 aa  393  1e-108  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.251757 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0949  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  60.06 
 
 
369 aa  392  1e-108  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3575  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  57.85 
 
 
358 aa  388  1e-106  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0501989  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34080  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  58.4 
 
 
367 aa  382  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.324173 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4315  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  57.97 
 
 
362 aa  381  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2071  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  61.58 
 
 
350 aa  379  1e-104  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3475  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  56.61 
 
 
385 aa  373  1e-102  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3515  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  55.87 
 
 
370 aa  373  1e-102  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.315655 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3088  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  59.04 
 
 
369 aa  369  1e-101  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3736  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  56.57 
 
 
381 aa  369  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06060  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  60.92 
 
 
375 aa  363  3e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2351  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  55.08 
 
 
369 aa  362  4e-99  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.304441  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4757  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  62.22 
 
 
351 aa  362  4e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18610  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  54.55 
 
 
385 aa  362  7.0000000000000005e-99  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.531337  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2907  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  58.26 
 
 
373 aa  361  9e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0979418  normal  0.978058 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08970  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  56.06 
 
 
382 aa  353  2e-96  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4040  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  56.56 
 
 
368 aa  327  1.0000000000000001e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.594606  normal  0.151358 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2183  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  45.77 
 
 
340 aa  323  2e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0261  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  45.17 
 
 
346 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1631  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  50.15 
 
 
347 aa  318  1e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0732  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  46.38 
 
 
346 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.773105 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2046  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  52.2 
 
 
350 aa  314  1.9999999999999998e-84  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.200017 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2253  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  49.43 
 
 
356 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1819  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  48.28 
 
 
346 aa  312  4.999999999999999e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1129  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.98 
 
 
345 aa  312  5.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1234  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  48.84 
 
 
347 aa  310  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.701579  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2992  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.7 
 
 
345 aa  309  5.9999999999999995e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.84534  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2364  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  46.92 
 
 
350 aa  308  6.999999999999999e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3187  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.69 
 
 
345 aa  308  6.999999999999999e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0310  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  49.71 
 
 
346 aa  308  6.999999999999999e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3120  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  48.55 
 
 
347 aa  308  9e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0644  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  43.9 
 
 
340 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00119245  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1351  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  48.55 
 
 
347 aa  307  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2106  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  44.41 
 
 
349 aa  305  6e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000519432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2988  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.41 
 
 
345 aa  304  1.0000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.263587 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1064  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.13 
 
 
345 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0553  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  47.34 
 
 
352 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3524  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  47.7 
 
 
359 aa  304  2.0000000000000002e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00772577  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1293  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  43.87 
 
 
350 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.14528e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002781  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  46.84 
 
 
346 aa  303  5.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1772  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  46.4 
 
 
350 aa  302  5.000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000204477  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2402  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  43.64 
 
 
348 aa  302  8.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.507579  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2390  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  46.55 
 
 
346 aa  301  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1817  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  43.06 
 
 
348 aa  301  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00980836 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2512  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  50.43 
 
 
344 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000477896 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02391  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.99 
 
 
345 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0803604  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02353  hypothetical protein  47.99 
 
 
345 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0952896  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2634  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.99 
 
 
345 aa  300  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.302094  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1137  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.9 
 
 
346 aa  300  2e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2647  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.99 
 
 
345 aa  300  2e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1844  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  45.38 
 
 
348 aa  301  2e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0176696  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1177  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.99 
 
 
345 aa  300  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0570522 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1248  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  48.1 
 
 
340 aa  300  2e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00288462  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1551  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  46.05 
 
 
345 aa  300  2e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2873  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.99 
 
 
345 aa  300  2e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.636308  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3469  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  43.86 
 
 
341 aa  300  2e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1170  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  47.99 
 
 
345 aa  300  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03200  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  46.84 
 
 
346 aa  299  4e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2782  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.7 
 
 
345 aa  300  4e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.171997  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3722  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.7 
 
 
345 aa  298  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.108743  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2153  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  42.33 
 
 
348 aa  298  1e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000138623  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1758  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  45.8 
 
 
348 aa  297  2e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.27324  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1730  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.41 
 
 
345 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000522816  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0946  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  46.48 
 
 
354 aa  297  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0205  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  46.33 
 
 
346 aa  296  3e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.201771 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2744  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.13 
 
 
345 aa  296  4e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000181532  hitchhiker  0.000473524 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2094  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  46.84 
 
 
345 aa  296  5e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000188129  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2808  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  47.21 
 
 
352 aa  296  6e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.247614  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02148  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  46.55 
 
 
346 aa  296  6e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0523  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  41.94 
 
 
336 aa  295  8e-79  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1513  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  46.55 
 
 
345 aa  295  8e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000222973  normal  0.483677 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1452  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.7 
 
 
345 aa  295  9e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00640096  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1069  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  48.28 
 
 
348 aa  295  1e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.750987  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1182  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  46.33 
 
 
358 aa  295  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.66248  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1777  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  44.57 
 
 
345 aa  293  2e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000154728  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2316  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  47.8 
 
 
353 aa  294  2e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1476  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  49.42 
 
 
339 aa  293  3e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2489  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  46.92 
 
 
345 aa  293  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.742519  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0293  phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase  42.69 
 
 
346 aa  292  5e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2647  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.7 
 
 
350 aa  292  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.42877  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2695  phosphoribosylaminoimidazole synthetase  47.7 
 
 
350 aa  292  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>