More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0085 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0085  putative signal transduction histidine kinase  100 
 
 
587 aa  1160    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7224  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.51 
 
 
594 aa  637    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3718  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
586 aa  234  3e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.118329  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4245  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 
595 aa  215  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3491  putative signal transduction histidine kinase  34.79 
 
 
624 aa  200  7e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6699  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.59 
 
 
621 aa  189  1e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3934  histidine kinase  48.4 
 
 
442 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0949  histidine kinase  46.51 
 
 
416 aa  164  4.0000000000000004e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0319  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.4 
 
 
382 aa  161  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.499307  normal  0.099987 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2540  putative signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 
570 aa  160  8e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1255  histidine kinase  45.97 
 
 
463 aa  159  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6138  Signal transduction histidine kinase-like protein  46.38 
 
 
403 aa  157  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.278868  normal  0.229544 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2091  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  48.1 
 
 
466 aa  155  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2433  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.19 
 
 
461 aa  155  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.189775  normal  0.142881 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4244  hypothetical protein  31.49 
 
 
454 aa  154  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0199  histidine kinase  43.54 
 
 
452 aa  152  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3200  Signal transduction histidine kinase-like protein  41.78 
 
 
395 aa  152  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4606  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.27 
 
 
417 aa  148  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0890367  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2301  Histidine kinase  44.2 
 
 
412 aa  147  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1961  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.92 
 
 
444 aa  147  6e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000000367534  hitchhiker  0.000000631341 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0386  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.02 
 
 
418 aa  147  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.482475 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2503  hypothetical protein  28.83 
 
 
639 aa  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116558  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0531  histidine kinase  44.86 
 
 
429 aa  145  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.005431  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5647  histidine kinase  45.27 
 
 
433 aa  145  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.559873  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4660  histidine kinase  44.98 
 
 
402 aa  144  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0329  signal transduction histidine kinase  46.6 
 
 
435 aa  144  4e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.982298  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2507  Signal transduction histidine kinase-like protein  42.31 
 
 
405 aa  144  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.401085  normal  0.727575 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2340  histidine kinase  44.78 
 
 
388 aa  144  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2700  histidine kinase  39.91 
 
 
429 aa  144  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000394923  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07210  histidine kinase  45.15 
 
 
237 aa  142  9.999999999999999e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2927  histidine kinase  43.32 
 
 
383 aa  141  3e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000936268  hitchhiker  0.0000101948 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3908  putative signal transduction histidine kinase  40.54 
 
 
435 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3982  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.54 
 
 
435 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.335335  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3923  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.54 
 
 
435 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.534106  normal  0.212662 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0308  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.28 
 
 
405 aa  141  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.130128 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3763  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.71 
 
 
375 aa  141  3.9999999999999997e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.200679  normal  0.834979 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4456  histidine kinase  42.72 
 
 
410 aa  140  7.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1652  Histidine kinase  45.27 
 
 
439 aa  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.527879  normal  0.680022 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0635  histidine kinase  39.91 
 
 
430 aa  138  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4385  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 
445 aa  138  4e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3049  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.01 
 
 
565 aa  137  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0199075  normal  0.598323 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1360  histidine kinase  41.67 
 
 
476 aa  137  5e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.388977 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 
445 aa  137  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.67096  normal  0.255683 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2298  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  47.37 
 
 
432 aa  137  7.000000000000001e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.317439  normal  0.783172 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3867  histidine kinase  46.23 
 
 
434 aa  137  8e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.265271  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0811  histidine kinase  31.52 
 
 
580 aa  136  9e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0211  histidine kinase  43.69 
 
 
463 aa  136  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2249  histidine kinase  40.34 
 
 
420 aa  136  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.795375  normal  0.159293 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12660  signal transduction histidine kinase  45.12 
 
 
444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224023  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2525  histidine kinase  43.06 
 
 
434 aa  134  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0362104  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0424  histidine kinase  41.67 
 
 
438 aa  133  6.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.680525  hitchhiker  0.00719111 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3907  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.81 
 
 
428 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4415  Signal transduction histidine kinase-like protein  40.1 
 
 
386 aa  133  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0384972 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0354  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.08 
 
 
438 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0971  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.1 
 
 
417 aa  130  7.000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4728  histidine kinase  40.8 
 
 
429 aa  130  7.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17590  signal transduction histidine kinase  38.32 
 
 
326 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0109488  normal  0.353356 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6198  Signal transduction histidine kinase-like protein  39.91 
 
 
415 aa  129  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.129005  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3546  histidine kinase  40.09 
 
 
489 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.871685 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.02 
 
 
725 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249392  normal  0.37167 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2757  histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  36.32 
 
 
433 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.128423  normal  0.0502627 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09220  signal transduction histidine kinase  41.86 
 
 
492 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.253701 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35880  signal transduction histidine kinase  43.57 
 
 
454 aa  126  9e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.263807 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5907  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.5 
 
 
408 aa  126  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.155683  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2132  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.75 
 
 
433 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.569038  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0609  histidine kinase  36.25 
 
 
442 aa  123  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.54142 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4050  Histidine kinase  43.56 
 
 
374 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.313821  hitchhiker  0.00550271 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4333  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.48 
 
 
343 aa  122  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0375931  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3516  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.16 
 
 
388 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.370817  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1502  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.06 
 
 
535 aa  120  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2388  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 
618 aa  120  9e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.227088  decreased coverage  0.00155525 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5166  putative signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
537 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.153671  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0967  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.35 
 
 
408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.849709 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3330  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.73 
 
 
398 aa  118  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0149067  normal  0.138525 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4726  histidine kinase  35.61 
 
 
405 aa  118  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3104  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.93 
 
 
459 aa  117  6e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.8316  hitchhiker  0.000380562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9331  Signal transduction histidine kinase-like protein  38.68 
 
 
508 aa  115  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.542521 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1916  histidine kinase  40.28 
 
 
410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8723  Histidine kinase  42.45 
 
 
365 aa  114  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11900  signal transduction histidine kinase  42.93 
 
 
447 aa  113  9e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2642  histidine kinase  38.18 
 
 
426 aa  112  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.992033  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1055  putative signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 
401 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.64157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1071  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 
401 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0809665 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1082  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 
401 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0248  putative signal transduction histidine kinase  38.24 
 
 
470 aa  111  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3916  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.4 
 
 
431 aa  110  5e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.257994  normal  0.0672811 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5015  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 
399 aa  109  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal  0.324397 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1357  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 
403 aa  108  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.246673  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7687  Signal transduction histidine kinase-like protein  41.26 
 
 
587 aa  108  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0204  histidine kinase  39.53 
 
 
446 aa  106  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4021  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.87 
 
 
411 aa  106  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0185539  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1744  putative signal transduction histidine kinase  36.41 
 
 
723 aa  104  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0103404 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4688  histidine kinase  38.92 
 
 
419 aa  102  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2758  histidine kinase  38.86 
 
 
389 aa  102  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00845914  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1701  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 
521 aa  102  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.279897 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1464  putative signal transduction histidine kinase  36.53 
 
 
486 aa  100  6e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6491  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.31 
 
 
576 aa  99.8  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194722  normal  0.40327 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1461  hypothetical protein  33.33 
 
 
592 aa  100  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.523283  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
359 aa  98.2  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2641  histidine kinase  35.42 
 
 
453 aa  97.8  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0175588  hitchhiker  0.00721729 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>