More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0797 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02744  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
410 aa  840    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0212189  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0780  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding protein  100 
 
 
410 aa  840    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00110272  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3300  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  96.1 
 
 
410 aa  798    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00408233  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02707  hypothetical protein  100 
 
 
410 aa  840    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0218  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3332  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  92.44 
 
 
410 aa  775    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00556149  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3402  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  95.85 
 
 
410 aa  795    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0414051  normal  0.720662 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3071  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
410 aa  840    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000531719  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0856  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  83.78 
 
 
413 aa  720    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000804987  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3923  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  82.48 
 
 
412 aa  702    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000241214  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3333  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  99.76 
 
 
410 aa  837    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000027874  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3240  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
410 aa  840    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000277233  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0797  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
410 aa  840    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0331169  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3876  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  83.25 
 
 
410 aa  720    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4208  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
410 aa  840    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.017757  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3046  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
410 aa  840    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000364512  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0520  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  82.52 
 
 
410 aa  705    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3297  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  96.1 
 
 
410 aa  798    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0132178  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3823  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  83.78 
 
 
413 aa  720    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000202674  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0561  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  82.28 
 
 
410 aa  701    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3235  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  96.1 
 
 
410 aa  798    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3682  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  83.5 
 
 
410 aa  724    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3223  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  96.1 
 
 
410 aa  798    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000924942  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0859  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  83.78 
 
 
413 aa  720    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.359176  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002479  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  73.79 
 
 
410 aa  624  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100361  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2057  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  73.72 
 
 
409 aa  620  1e-176  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0912735  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2544  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  72.99 
 
 
409 aa  617  1e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.115299  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03556  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  72.26 
 
 
409 aa  610  1e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03208  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.83 
 
 
415 aa  603  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0180116  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3097  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.34 
 
 
409 aa  595  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0873  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.83 
 
 
409 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0861  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.83 
 
 
409 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0838  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  70.07 
 
 
409 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3139  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.59 
 
 
409 aa  591  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.86 
 
 
409 aa  592  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.587256 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3502  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.59 
 
 
409 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0862  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.1 
 
 
409 aa  590  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3889  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  67.88 
 
 
409 aa  589  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.169009  hitchhiker  0.00000210972 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0718  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.34 
 
 
409 aa  588  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0566439  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0122  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.46 
 
 
410 aa  585  1e-166  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3304  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.86 
 
 
409 aa  585  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0558  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  69.1 
 
 
409 aa  586  1e-166  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3416  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.61 
 
 
409 aa  585  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0631  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.37 
 
 
409 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3947  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  67.64 
 
 
411 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.186942  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2949  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.13 
 
 
409 aa  580  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0661505 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  68.78 
 
 
409 aa  569  1e-161  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48330  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.94 
 
 
409 aa  568  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5294  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  66.26 
 
 
409 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  66.26 
 
 
409 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0310  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.78 
 
 
409 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.110897 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2819  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.96 
 
 
409 aa  558  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.548635  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5208  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.29 
 
 
409 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3388  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.39 
 
 
411 aa  555  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.640963 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0600  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  67.56 
 
 
409 aa  556  1e-157  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5155  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.81 
 
 
409 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.888046 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4232  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.48 
 
 
409 aa  551  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5062  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.81 
 
 
409 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5387  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  64.23 
 
 
409 aa  549  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0243206 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0627  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  65.45 
 
 
409 aa  548  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000190439  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0347  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  64.72 
 
 
409 aa  550  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0409  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.99 
 
 
409 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04110  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.99 
 
 
409 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0724  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  62.84 
 
 
410 aa  535  1e-151  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0863  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.26 
 
 
434 aa  534  1e-151  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.562282 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0792  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  63.26 
 
 
409 aa  536  1e-151  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.287356  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.26 
 
 
409 aa  531  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.421716  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1544  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  66.26 
 
 
417 aa  526  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4310  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  63.75 
 
 
409 aa  527  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.08213  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1854  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  62.77 
 
 
409 aa  526  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.579618 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4133  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  62.68 
 
 
410 aa  521  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1307  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  63.02 
 
 
409 aa  523  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.132645 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.86 
 
 
413 aa  518  1e-146  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.159876  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1787  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.12 
 
 
413 aa  518  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.293102 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1407  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.61 
 
 
413 aa  517  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.405742  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0096  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.8 
 
 
416 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.39 
 
 
413 aa  508  1e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000040618  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1867  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  61.67 
 
 
413 aa  510  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06075  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.39 
 
 
413 aa  508  1e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000151229  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0569  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.56 
 
 
408 aa  501  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00612965 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0369  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.07 
 
 
408 aa  497  1e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0410  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.82 
 
 
408 aa  494  1e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2456  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.05 
 
 
411 aa  489  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5216  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.59 
 
 
412 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.892827  normal  0.102185 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3104  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.72 
 
 
412 aa  482  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.410415  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3767  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  58.15 
 
 
415 aa  481  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102603  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2449  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  58.44 
 
 
416 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.991081 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3822  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.82 
 
 
429 aa  480  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.598101  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0453  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  55.01 
 
 
412 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0098  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  55.83 
 
 
421 aa  465  9.999999999999999e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.128423  normal  0.131371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2863  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  56.45 
 
 
414 aa  464  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2073  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  56.13 
 
 
415 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4608  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding protein  55.72 
 
 
410 aa  460  9.999999999999999e-129  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.819989 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4690  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.79 
 
 
635 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.35607  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1074  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding protein  51.35 
 
 
634 aa  432  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.195492  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3752  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  48.89 
 
 
412 aa  423  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000504236 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4747  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  54.91 
 
 
425 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.466174  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0213  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  53.33 
 
 
416 aa  419  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.485049  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0157  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  53.33 
 
 
416 aa  419  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.112864 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0996  phosphoserine phosphatase and phosphoglycerate dehydrogenase (D-3-phosphoglycerate dehydrogenase) fusion  50.74 
 
 
633 aa  419  1e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.148729 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2979  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  53.83 
 
 
416 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>