17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0022 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009801  EcE24377A_1610    97.82 
 
 
492 bp  739    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3631  transposase family protein  98.55 
 
 
528 bp  765    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000970076  normal  0.460332 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2228    97.65 
 
 
426 bp  757    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.646307 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0022    100 
 
 
431 bp  854    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2168    97.22 
 
 
672 bp  753    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2023  IS605 family transposase  97.58 
 
 
948 bp  731    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292395  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01389    97.67 
 
 
507 bp  763    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3891    98.37 
 
 
522 bp  787    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1515    97.67 
 
 
507 bp  763    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2215    97.2 
 
 
507 bp  747    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.896472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2032  IS605 family transposase  95.12 
 
 
501 bp  581  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4239    97.06 
 
 
171 bp  289  2.9999999999999996e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1063  hypothetical protein  98.04 
 
 
153 bp  280  3e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000559213  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2551  hypothetical protein  96.82 
 
 
156 bp  264  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000283531  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1279  transposase IS200-family protein  86.79 
 
 
417 bp  50.1  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.319746  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1391  transposase  91.67 
 
 
417 bp  48.1  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.01496  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0666  transposase  91.67 
 
 
441 bp  48.1  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00248601  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>