14 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0012 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010488  EcSMS35_A0012  conjugal transfer surface exclusion protein TraT  100 
 
 
243 aa  492  9.999999999999999e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0002  TraT complement resistance protein  81.67 
 
 
245 aa  390  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4306  TraT complement resistance family protein  78.19 
 
 
243 aa  377  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0180291 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1313  complement resistance protein  88.83 
 
 
179 aa  310  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0013  hypothetical protein  45.57 
 
 
248 aa  174  8e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.491025  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0647  TraT complement resistance  45 
 
 
252 aa  175  8e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0017  hypothetical protein  42.62 
 
 
248 aa  164  9e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0792  TraT complement resistance family protein  40 
 
 
245 aa  159  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0017  TraT complement resistance  33.2 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0956  TraT complement resistance  30.4 
 
 
248 aa  116  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000913357  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0965  TraT complement resistance protein  32.05 
 
 
260 aa  93.6  2e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000396353  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0798  TraT complement resistance family protein  33.04 
 
 
256 aa  84.7  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000491779  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0297  hypothetical protein  30.23 
 
 
259 aa  81.3  0.00000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.415979  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1329  TraT  90.48 
 
 
42 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>