70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3826 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_0191  ribonuclease  99.11 
 
 
337 aa  681    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.365161  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03323  hypothetical protein  99.11 
 
 
337 aa  681    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.1002  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4885  putative ribonuclease  100 
 
 
337 aa  688    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03370  conserved inner membrane protein  99.11 
 
 
337 aa  681    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3927  putative ribonuclease  100 
 
 
337 aa  688    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3826  putative ribonuclease  100 
 
 
337 aa  691    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.135959 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0195  ribonuclease  99.11 
 
 
337 aa  681    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119003  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4010  putative ribonuclease  100 
 
 
337 aa  688    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3725  putative ribonuclease  99.11 
 
 
337 aa  681    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3919  putative ribonuclease  84.16 
 
 
341 aa  601  1.0000000000000001e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.431008  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3815  putative ribonuclease  85.09 
 
 
342 aa  581  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3880  putative ribonuclease  85.09 
 
 
342 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3983  putative ribonuclease  85.09 
 
 
342 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.344715 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3802  putative ribonuclease  84.8 
 
 
342 aa  579  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3924  putative ribonuclease  85.09 
 
 
342 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4744  putative ribonuclease  69.7 
 
 
339 aa  471  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0087  ribonuclease  68.45 
 
 
338 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0106  ribonuclease  69.71 
 
 
366 aa  445  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4056  ribonuclease BN-like family protein  70.03 
 
 
361 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0083  ribonuclease  72.82 
 
 
338 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4075  hypothetical protein  68.83 
 
 
357 aa  436  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.90745  normal  0.0226711 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3886  ribonuclease  63.25 
 
 
332 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4073  ribonuclease  65.26 
 
 
328 aa  397  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1295  ribonuclease  40.14 
 
 
361 aa  209  6e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6469  ribonuclease  36.69 
 
 
339 aa  189  4e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4870  putative ribonuclease  37.18 
 
 
346 aa  189  7e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0433032  normal  0.0967189 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05300  ribonuclease, putative  39.15 
 
 
366 aa  189  7e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1213  hypothetical protein  36.71 
 
 
339 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.158916  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1230  putative ribonuclease  36.71 
 
 
339 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1561  putative ribonuclease  36.82 
 
 
347 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.285533 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1240  putative ribonuclease  37.1 
 
 
343 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.35918 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0950  ribonuclease  34.49 
 
 
332 aa  169  7e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1769  ribonuclease BN  34.63 
 
 
377 aa  166  4e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13368  integral membrane protein  34.34 
 
 
289 aa  144  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4202  ribonuclease BN  30.79 
 
 
341 aa  139  6e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3957  ribonuclease BN  32.16 
 
 
374 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.707734  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0663  ribonuclease BN  33.22 
 
 
411 aa  126  6e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.362248  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5966  ribonuclease BN  32.56 
 
 
390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.172061 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1264  membrane protein-like protein  29.54 
 
 
311 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0898  ribonuclease BN  28.1 
 
 
307 aa  82.8  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0551761 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4405  ribonuclease BN  27.53 
 
 
343 aa  73.9  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1198  ribonuclease BN  25.87 
 
 
324 aa  73.6  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000216425 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0671  ribonuclease BN  26.94 
 
 
315 aa  72.4  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.157242 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0743  ribonuclease BN  24.73 
 
 
307 aa  69.3  0.00000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.183226  hitchhiker  0.000468275 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0799  ribonuclease BN  23.27 
 
 
367 aa  63.9  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14240  predicted membrane protein  23.67 
 
 
352 aa  60.1  0.00000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00629012  normal  0.0181744 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1124  ribonuclease BN  24.14 
 
 
329 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2530  ribonuclease BN  23.47 
 
 
337 aa  57  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0653  ribonuclease BN  24.25 
 
 
294 aa  55.8  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3967  ribonuclease BN  23.53 
 
 
357 aa  55.5  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.565971 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0143  hypothetical protein  23.21 
 
 
266 aa  53.5  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.23892  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4548  ribonuclease BN  22.47 
 
 
349 aa  53.5  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.79228  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3921  putative ribonuclease BN  20.65 
 
 
360 aa  52  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00855127  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5809  ribonuclease BN, putative  25.48 
 
 
321 aa  51.6  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1997  ribonuclease BN  21.94 
 
 
350 aa  51.6  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5550  membrane protein-like protein  23.9 
 
 
302 aa  50.8  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.989573  normal  0.0897553 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0297  ribonuclease BN  23.38 
 
 
291 aa  50.4  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.421979 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0425  putative ribonuclease BN  23.14 
 
 
300 aa  50.1  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.250516  normal  0.726297 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2955  ribonuclease BN  23.42 
 
 
389 aa  50.1  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00451533  decreased coverage  0.000148448 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1012  ribonuclease BN  24.1 
 
 
344 aa  48.1  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4029  ribonuclease BN  24.09 
 
 
316 aa  48.1  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3408  ribonuclease BN  22.22 
 
 
299 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0329161  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1654  ribonuclease BN  25.72 
 
 
345 aa  47  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00658785  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25840  predicted membrane protein  24.19 
 
 
375 aa  46.2  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.200788  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4776  ribonuclease BN  26.92 
 
 
367 aa  43.9  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0858939  normal  0.337427 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0548  tRNA-processing RNAse BN  25 
 
 
525 aa  43.9  0.004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0536  ribonuclease BN, putative  25 
 
 
525 aa  43.5  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.031655 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6636  ribonuclease BN  22.68 
 
 
322 aa  43.5  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1876  ribonuclease BN  21.85 
 
 
306 aa  43.1  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5335  ribonuclease BN  25.59 
 
 
329 aa  42.4  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>