More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2545 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02303  predicted diguanylate cyclase  98.9 
 
 
729 aa  1483    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0130246  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.04 
 
 
729 aa  1485    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00543714  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02264  hypothetical protein  98.9 
 
 
729 aa  1483    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0109943  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2545  diguanylate cyclase  100 
 
 
729 aa  1499    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00846864  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2928  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.55 
 
 
731 aa  827    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0860795  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2532  diguanylate cyclase  98.9 
 
 
729 aa  1482    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000224298  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2644  diguanylate cyclase  68.23 
 
 
729 aa  1035    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2602  diguanylate cyclase  68.23 
 
 
729 aa  1035    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.116026  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2774  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  67.76 
 
 
729 aa  1035    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3625  diguanylate cyclase  99.04 
 
 
729 aa  1489    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0101197  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.04 
 
 
729 aa  1485    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.176543  hitchhiker  0.0066798 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2684  diguanylate cyclase  99.04 
 
 
729 aa  1485    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000254725  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2553  diguanylate cyclase  68.09 
 
 
729 aa  1034    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000552391  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2668  diguanylate cyclase  68.09 
 
 
729 aa  1034    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2786  diguanylate cyclase  97.84 
 
 
186 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0254496  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3543  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.07 
 
 
750 aa  335  2e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2741  inner membrane protein YfgF  28.97 
 
 
737 aa  320  5e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.306785 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2699  inner membrane protein YfgF  28.69 
 
 
737 aa  320  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.995527 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2763  hypothetical protein  28.69 
 
 
737 aa  319  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2651  inner membrane protein YfgF  28.69 
 
 
737 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2872  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  28.55 
 
 
737 aa  314  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2651  putative cytochrome C-type biogenesis protein  29.75 
 
 
747 aa  310  5e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02395  predicted inner membrane protein  29.25 
 
 
747 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02357  hypothetical protein  29.25 
 
 
747 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1166  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
747 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.72806  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2786  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.11 
 
 
747 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.491655  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
747 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0079949 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3726  putative cytochrome C-type biogenesis protein  29.75 
 
 
747 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.467622  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2992  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.52 
 
 
746 aa  297  4e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.741297  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04978  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.04 
 
 
734 aa  171  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3405  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.77 
 
 
859 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.05 
 
 
859 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000425385 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3919  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.83 
 
 
859 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4041  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.83 
 
 
859 aa  167  9e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0292  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.38 
 
 
870 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0441  sensory box protein  28.97 
 
 
870 aa  165  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00529365 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0437  sensory box protein  28.8 
 
 
856 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00528  hypothetical protein  32.88 
 
 
1049 aa  164  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0440  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.2 
 
 
856 aa  163  9e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.2 
 
 
856 aa  163  9e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.9 
 
 
856 aa  163  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00193  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  27.59 
 
 
945 aa  161  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001950  sensory box/GGDEF family protein  33.15 
 
 
1041 aa  161  5e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0388  putative diguanylate phosphodiesterase  29.2 
 
 
837 aa  160  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.28 
 
 
808 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
389 aa  157  7e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.31 
 
 
693 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.8 
 
 
693 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.92 
 
 
694 aa  154  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3960  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.32 
 
 
965 aa  154  8e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.283366  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.67 
 
 
683 aa  153  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.33 
 
 
693 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.12 
 
 
857 aa  151  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3416  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.86 
 
 
857 aa  151  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.575595  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2442  sensory box/GGDEF family protein  36.48 
 
 
768 aa  150  9e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.87 
 
 
710 aa  149  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  28.27 
 
 
701 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.51 
 
 
799 aa  149  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.816618  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.77 
 
 
709 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.57 
 
 
833 aa  147  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.84 
 
 
815 aa  144  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1226  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.51 
 
 
807 aa  144  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0558955 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.65 
 
 
1248 aa  144  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.52 
 
 
673 aa  144  7e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  28.24 
 
 
685 aa  143  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 
692 aa  142  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.51 
 
 
686 aa  141  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  34.26 
 
 
687 aa  140  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  33.46 
 
 
326 aa  141  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4292  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.69 
 
 
772 aa  140  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.832066  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.52 
 
 
817 aa  140  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  25.35 
 
 
1129 aa  140  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  28.24 
 
 
685 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6793  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.29 
 
 
935 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400617  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.71 
 
 
632 aa  140  8.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.407657  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  34.54 
 
 
678 aa  139  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2653  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.24 
 
 
770 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.953805  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  27.74 
 
 
568 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  26.86 
 
 
734 aa  139  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.32 
 
 
642 aa  139  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.376143  normal  0.346331 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  27.96 
 
 
571 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  25.87 
 
 
1105 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.86 
 
 
685 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  26.33 
 
 
1120 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1737  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  25.81 
 
 
818 aa  138  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3655  PAS:GGDEF  27.78 
 
 
820 aa  138  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.979803  normal  0.755172 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  27.57 
 
 
596 aa  138  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.59 
 
 
848 aa  138  4e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2078  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.55 
 
 
823 aa  137  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.74 
 
 
958 aa  137  9e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.31 
 
 
792 aa  137  9e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.39 
 
 
960 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.433871 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  29.67 
 
 
1047 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.27 
 
 
723 aa  136  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  26.61 
 
 
1245 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4011  diguanylate cyclase  28.54 
 
 
817 aa  136  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237804  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  29.67 
 
 
1047 aa  136  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  27.46 
 
 
1245 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  34.77 
 
 
689 aa  135  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2379  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.91 
 
 
573 aa  135  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>