56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0972 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A3449  PTS family galactitol-specific enzyme IIC  85.91 
 
 
457 aa  785    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1146  PTS system, galactitol-specific IIC component  99.33 
 
 
451 aa  889    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0972  PTS system, galactitol-specific IIC component  100 
 
 
451 aa  893    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.487394 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3615  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIC  85.68 
 
 
457 aa  783    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.772252  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3071  PTS system, galactitol-specific IIC component  99.78 
 
 
451 aa  891    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000414376 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1555  PTS system, galactitol-specific IIC subunit  99.56 
 
 
451 aa  890    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2380  PTS system, galactitol-specific IIC component  99.56 
 
 
451 aa  890    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2228  PTS system, galactitol-specific IIC component  99.78 
 
 
451 aa  891    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.921668  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3518  PTS family galactitol-specific enzyme IIC  85.91 
 
 
457 aa  785    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01984  hypothetical protein  99.78 
 
 
451 aa  891    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02018  galactitol-specific enzyme IIC component of PTS  99.78 
 
 
451 aa  891    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3447  PTS family galactitol-specific enzyme IIC  85.91 
 
 
457 aa  785    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1142  PTS system, galactitol-specific IIC component  77.16 
 
 
452 aa  693    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3555  PTS family galactitol-specific enzyme IIC  85.91 
 
 
457 aa  785    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1566  PTS system, galactitol-specific IIC subunit  99.78 
 
 
451 aa  891    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00428994  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3385  PTS system, galactitol-specific IIC subunit  63.27 
 
 
463 aa  565  1e-160  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0012361  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0232  PTS system, galactitol-specific IIC subunit  44.36 
 
 
419 aa  367  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0238  PTS system, galactitol-specific IIC subunit  44.36 
 
 
419 aa  367  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0235  galacitol PTS, EIIC  40.22 
 
 
445 aa  355  1e-96  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4825  PEP-dependent sugar transporting PTS family, IIC component  40.55 
 
 
452 aa  336  5.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3769  PEP-dependent sugar transporting PTS family, IIC component  40.55 
 
 
452 aa  336  5.999999999999999e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3157  PTS system Galactitol-specific IIC component  39.64 
 
 
448 aa  332  6e-90  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3720  PTS system Galactitol-specific IIC component  40.78 
 
 
415 aa  331  2e-89  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.260527  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0036  PTS system Galactitol-specific IIC component  41.46 
 
 
453 aa  329  5.0000000000000004e-89  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3992  PTS system, galactitol-specific IIC component  40.42 
 
 
452 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6918  normal  0.82636 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4063  PTS system galactitol-specific transporter subunit IIC  40.42 
 
 
452 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.298801  normal  0.771643 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4008  PTS system, galactitol-specific IIC component  40.42 
 
 
452 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4113  PTS system galactitol-specific IIC component  40.42 
 
 
452 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04131  hypothetical protein  45.57 
 
 
437 aa  316  5e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04169  predicted phosphotransferase enzyme IIC component  45.57 
 
 
437 aa  316  5e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3696  PTS system, galactitol-specific IIC subunit  45.57 
 
 
437 aa  316  6e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4119  PTS system galactitol-specific IIC component  41.88 
 
 
469 aa  315  9e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1728  PTS system transporter subunit IIC  45.12 
 
 
437 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.118537  normal  0.433855 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0034  PTS system Galactitol-specific IIC component  37.08 
 
 
454 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1547  PTS system, IIc component  45.12 
 
 
437 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1792  PTS system IIc component  44.85 
 
 
437 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.246257  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1731  PTS system, IIc component  45.12 
 
 
437 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1728  PTS system transporter subunit IIC  45.12 
 
 
437 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.259528  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2223  PTS system galactitol-specific IIC component  41.03 
 
 
469 aa  293  6e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.756682 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3750  PTS system, galactitol-specific IIC subunit  36.64 
 
 
440 aa  281  2e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0216  PTS system Galactitol-specific IIC component  35.8 
 
 
421 aa  275  9e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0152  PTS system Galactitol-specific IIC component  37.34 
 
 
474 aa  262  8.999999999999999e-69  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0975812  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1642  PTS system galactitol-specific IIC component  31.88 
 
 
456 aa  253  6e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536368 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3260  galacitol pts, eiic  31.57 
 
 
456 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0579049  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1734  PTS system Galactitol-specific IIC component  35.82 
 
 
453 aa  245  9.999999999999999e-64  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1647  PTS system galactitol-specific IIC component  33.59 
 
 
417 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000444163 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3255  PTS system galactitol-specific IIC component  33.33 
 
 
417 aa  223  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0413472  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0123  PTS system galactitol-specific IIC component  32.55 
 
 
459 aa  173  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0161618  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1400  PTS system Galactitol-specific IIC component  27.07 
 
 
440 aa  166  5.9999999999999996e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3552  PTS system Galactitol-specific IIC component  25.51 
 
 
469 aa  149  7e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1805  PTS system, IIC component, putative  27.03 
 
 
483 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1836  galacitol PTS, EIIC  25.49 
 
 
484 aa  145  1e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000025524  normal  0.329345 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1933  PTS system, IIC component, putative  25.55 
 
 
482 aa  131  3e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.527241  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0497  galactitol PTS, EIIC  24.49 
 
 
472 aa  120  7e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000187938  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1671  PTS system galactitol-specific IIC component  25.29 
 
 
470 aa  114  3e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000013892  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1835  galacitol PTS, EIIC  22.19 
 
 
438 aa  95.5  2e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.372507 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>