18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcHS_A4771 on replicon NC_009800
Organism: Escherichia coli HS



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_R0015  6S RNA  100 
 
 
184 bp  363  1e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000980362  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4204  6S / SsrS RNA  100 
 
 
184 bp  363  1e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000104434  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4771  6S / SsrS RNA  100 
 
 
183 bp  363  1e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000609037  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0017  6S ribosomal RNA  100 
 
 
184 bp  363  1e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000754579  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3297  6S / SsrS RNA  98.91 
 
 
184 bp  347  6e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000721942  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3399  6S / SsrS RNA  98.36 
 
 
184 bp  339  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000417353  normal  0.539614 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3220  6S / SsrS RNA  98.36 
 
 
184 bp  339  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000181471  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3294  6S / SsrS RNA  98.36 
 
 
184 bp  339  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000161257  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3232  6S / SsrS RNA  98.36 
 
 
184 bp  339  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00281758  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3332  putative ligase  100 
 
 
747 bp  244  7e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000964755  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0015  6S RNA  91.85 
 
 
185 bp  238  4e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0016  6S RNA  91.26 
 
 
184 bp  236  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0081  6S RNA  89.07 
 
 
183 bp  196  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.477987  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3330    93.5 
 
 
141 bp  180  9e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000766097  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4241  6S / SsrS RNA  87.29 
 
 
182 bp  168  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000128814  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4304  6S / SsrS RNA  87.29 
 
 
182 bp  168  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000154886  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0074  6S RNA  85.25 
 
 
184 bp  149  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3922  5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase  97.56 
 
 
681 bp  73.8  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203046  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>