More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2085 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_2085  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 70 aa  144  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000118561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2078  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 66 aa  136  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.551993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1329  hypothetical protein  77.14 
 
 		 70 aa  116  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.635001 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00991  stress protein, member of the CspA-family  77.14 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2654  cold-shock DNA-binding domain protein  77.14 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00171648  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2608  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.14 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.397475  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1098  cold shock DNA-binding protein  77.14 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00998  hypothetical protein  77.14 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2327  cold shock DNA-binding protein  77.14 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  5.69498e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1104  cold shock DNA-binding protein  77.14 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1224  cold shock DNA-binding protein  77.14 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000222108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2137  cold-shock DNA-binding domain-containing protein CspH  77.14 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.75 
 
 		 70 aa  72.8  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0444  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 		 70 aa  71.6  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2061  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 		 70 aa  71.6  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1220  cold shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 		 70 aa  71.6  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 		 70 aa  70.9  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1221  cold shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 		 70 aa  70.5  0.000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0374  cold shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 		 70 aa  70.5  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0443  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 		 70 aa  70.5  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0375  cold shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 		 70 aa  70.5  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0376  cold shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 		 70 aa  70.5  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.75 
 
 		 70 aa  70.5  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 		 70 aa  69.7  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0442  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 		 70 aa  68.6  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1070  cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  67.4  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00138821  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3545  cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  67.4  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000314537  hitchhiker  0.00788202 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1124  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 		 70 aa  67.4  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000192661  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 		 70 aa  67  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2092  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2085  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1642  cold shock DNA-binding protein  47.76 
 
 		 71 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000478552  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  46.27 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  46.27 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  46.27 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  46.27 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  46.27 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  46.27 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  46.27 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  46.27 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 		 70 aa  63.5  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2086  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 71 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000534295  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2079  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 71 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.301245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  46.27 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  44.78 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 		 69 aa  60.5  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  41.43 
 
 		 71 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.1  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.1  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.1  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 		 70 aa  59.7  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  46.88 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  46.88 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  46.88 
 
 		 69 aa  58.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  46.88 
 
 		 69 aa  58.5  0.00000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  46.88 
 
 		 69 aa  57.8  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2497  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.58 
 
 		 72 aa  57.8  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0180366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 		 66 aa  57  0.00000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 65 aa  54.3  0.0000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  45.16 
 
 		 67 aa  53.5  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  43.75 
 
 		 69 aa  53.9  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  43.75 
 
 		 69 aa  53.9  0.0000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 		 66 aa  53.9  0.0000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  43.75 
 
 		 69 aa  53.9  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  43.75 
 
 		 69 aa  53.5  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  43.75 
 
 		 69 aa  53.5  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  43.75 
 
 		 69 aa  53.5  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>