289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_3369 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02161  ribonucleotide-diphosphate reductase beta subunit  99.73 
 
 
376 aa  783    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2386  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  99.49 
 
 
393 aa  809    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1102  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.16 
 
 
376 aa  715    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1424  Ribonucleoside-diphosphate reductase  100 
 
 
393 aa  811    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1036  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  89.89 
 
 
376 aa  719    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2505  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  98.4 
 
 
376 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123344  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2849  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  88.3 
 
 
376 aa  705    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2802  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  94.41 
 
 
376 aa  749    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.686373 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1314  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  88.3 
 
 
376 aa  705    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.994022  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2414  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  98.4 
 
 
376 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1416  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  100 
 
 
389 aa  812    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.068349 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1770  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  78.25 
 
 
377 aa  635    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2532  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  99.73 
 
 
376 aa  783    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2518  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  98.4 
 
 
376 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.510101 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2375  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  100 
 
 
376 aa  784    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2770  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  88.3 
 
 
376 aa  705    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2463  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  98.4 
 
 
376 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.886211  normal  0.107137 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02120  hypothetical protein  99.73 
 
 
376 aa  783    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3214  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.69 
 
 
376 aa  718    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3022  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.96 
 
 
376 aa  724    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0385  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  82.98 
 
 
376 aa  665    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3369  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  100 
 
 
389 aa  812    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3272  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  89.63 
 
 
376 aa  713    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0961  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  84.57 
 
 
376 aa  672    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0318244  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2622  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  98.4 
 
 
376 aa  775    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143362 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2615  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  100 
 
 
376 aa  784    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02734  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  79.84 
 
 
377 aa  634  1e-180  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003108  ribonucleotide reductase of class Ia (aerobic) beta subunit  79.05 
 
 
377 aa  631  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0551405  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1224  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  78.25 
 
 
377 aa  630  1e-179  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.540286  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0874  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  81.17 
 
 
389 aa  623  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0530209  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1727  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.66 
 
 
391 aa  621  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.524183  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1953  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.39 
 
 
376 aa  618  1e-176  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0325692  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1915  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.27 
 
 
376 aa  617  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.560465  hitchhiker  0.0000000902277 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2063  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.27 
 
 
376 aa  617  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.194979  unclonable  0.00003574 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1968  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.8 
 
 
391 aa  619  1e-176  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000381531 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2302  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75 
 
 
376 aa  617  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.782519  normal  0.0538345 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2291  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  74.23 
 
 
386 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000847344  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2408  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  74.23 
 
 
386 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0099136  unclonable  0.000013878 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1945  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.8 
 
 
376 aa  615  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.400272  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2416  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  74.73 
 
 
376 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2058  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.27 
 
 
376 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.228657  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2054  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.27 
 
 
376 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0719185  unclonable  0.00000000000165538 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2134  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.33 
 
 
376 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2063  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  73.67 
 
 
376 aa  610  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2074  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  74.2 
 
 
376 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185017  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1578  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.13 
 
 
377 aa  595  1e-169  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0185288 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1268  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.31 
 
 
377 aa  597  1e-169  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0144334  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1117  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.21 
 
 
377 aa  592  1e-168  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00990173  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2474  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  72.87 
 
 
376 aa  589  1e-167  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2997  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  73.7 
 
 
377 aa  577  1.0000000000000001e-163  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1109  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  71.65 
 
 
381 aa  574  1.0000000000000001e-163  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02126  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  72.7 
 
 
359 aa  567  1e-161  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.184341  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1763  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  68.8 
 
 
377 aa  554  1e-157  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2307  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.02 
 
 
376 aa  543  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.666403  hitchhiker  0.00000853936 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2327  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  67.96 
 
 
376 aa  527  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253052  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0054  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  61.26 
 
 
380 aa  464  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.64103e-82  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0049  Ribonucleoside-diphosphate reductase  27.3 
 
 
340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0297  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  27.42 
 
 
340 aa  130  3e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.382781  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2093  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  27.47 
 
 
340 aa  129  6e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0256  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.04 
 
 
340 aa  127  3e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0282  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.44 
 
 
340 aa  126  6e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1511  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.67 
 
 
340 aa  125  1e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0029  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.46 
 
 
340 aa  125  1e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000949111  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0229  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.76 
 
 
340 aa  125  2e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0013  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.51 
 
 
340 aa  124  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0195  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.45 
 
 
340 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2670  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.07 
 
 
344 aa  117  5e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2355  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.07 
 
 
344 aa  116  5e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4305  Ribonucleoside-diphosphate reductase  24.93 
 
 
344 aa  116  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4366  Ribonucleoside-diphosphate reductase  24.93 
 
 
355 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.575303  normal  0.0550239 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3222  ribonucleoside-diphosphate reductase  23.94 
 
 
342 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1696  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.5 
 
 
352 aa  110  6e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.371216  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5334  Ribonucleoside-diphosphate reductase  25.55 
 
 
355 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3348  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  27.74 
 
 
400 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.443517  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0955  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  27.4 
 
 
391 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2705  ribonucleotide reductase  24.12 
 
 
357 aa  103  4e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.240578  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1500  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.71 
 
 
363 aa  103  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.656036  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3213  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  27.3 
 
 
403 aa  102  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126363  normal  0.0105971 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0383  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  27.4 
 
 
402 aa  102  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0181778 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0205  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  27.95 
 
 
394 aa  102  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000182543  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2804  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.37 
 
 
400 aa  101  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.276973  normal  0.329365 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2636  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.37 
 
 
402 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2940  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.37 
 
 
394 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100724  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3680  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.94 
 
 
403 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2788  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.28 
 
 
396 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.432936  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0113  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.94 
 
 
382 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.967769  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0596  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.94 
 
 
382 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636491  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3046  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.37 
 
 
402 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0863  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.71 
 
 
387 aa  102  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.661297  normal  0.0191751 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0523  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.94 
 
 
403 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2509  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.28 
 
 
350 aa  101  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311533  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0565  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.94 
 
 
403 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.218324  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3511  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.28 
 
 
403 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3274  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.28 
 
 
403 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3510  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.28 
 
 
376 aa  101  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1289  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.28 
 
 
403 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3087  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.37 
 
 
395 aa  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3473  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.28 
 
 
403 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.281363  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0498  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.94 
 
 
403 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0430  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  26.28 
 
 
403 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.897908  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>