299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_t00065 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_t00003  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.073161  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00004  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00065  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.528725  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0072  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.919613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0073  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0109  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0024  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.43324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4644  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00029583  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5009  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.730006  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0200  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0218  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.112301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0086  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.104937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0099  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0102048 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0025  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0290094  normal  0.12012 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4643  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00729353  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0228  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5197  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0882882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4708  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.806032  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5085  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.453014  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5008  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0329155  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0085  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.142476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0126  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0559205  normal  0.0859752 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0230  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0179094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0220  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4129  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.303886 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4324  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.647358  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4227  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.297945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4178  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0295  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0406525  normal  0.534854 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4121  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0277  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0290  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0426135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0303  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0292  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.865934  normal  0.882483 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0284  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.83496 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4106  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0298  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0279  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.703656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0309  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00580589  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4286  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.706333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0201  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.931071  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0040  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.725939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0091  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0062  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.352281  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4197  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000364203  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0033  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1924  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0278323  normal  0.559384 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0288  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.977337 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0063  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0470836  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0093  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4219  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000946813  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0032  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.688205  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAsp02  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 80 bp  137  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0039  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0100  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0485231  normal  0.35934 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0473  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000478831  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0040  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.824145  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0013  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717559  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2713  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000225937  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0046  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000000184395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0054  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0628867  normal  0.0552316 
 
 
-
 
NC_003295  RS02887  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0030  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372782  normal  0.435881 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0049  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0048  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.042005  normal  0.0861498 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2324  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0049  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.203768  normal  0.0133799 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asp-3  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0247  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asp-4  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000234173  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0052  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.11215  normal  0.0559478 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0050  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.041206  normal  0.0538679 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2621  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000284605  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2623  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000119328  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0056  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176781  normal  0.237793 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2806  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.132763  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1987  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000448735  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1989  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700104  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2128  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.295642  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2536  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0232654  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1221  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1372  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173514  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2538  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00838842  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2351  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.538678  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0030  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000504867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0056  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000172836  normal  0.350992 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2099  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000679661  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0032  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000015276  normal  0.216966 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0037  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.749982  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2482  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381628  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0052  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050358  normal  0.257464 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0056  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338252  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2455  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0247  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.232166  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0017  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000152694  normal  0.0119772 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0047  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.12456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0050  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000744732  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2484  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000127815  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0054  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000254404  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0019  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0460916  hitchhiker  0.000581212 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0016  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000350456  normal  0.339821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>