87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_01161 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1344  sodium/proton antiporter  100 
 
 
513 aa  1030    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000388765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1770  sodium/proton antiporter  66.6 
 
 
533 aa  656    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000537297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2000  sodium/proton antiporter  75.63 
 
 
524 aa  736    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0154375  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02930  sodium/proton antiporter  70.04 
 
 
528 aa  673    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1289  sodium/proton antiporter  100 
 
 
513 aa  1030    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000535584  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1331  sodium/proton antiporter  100 
 
 
513 aa  1030    Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000004617  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2513  sodium/proton antiporter  66.47 
 
 
527 aa  672    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000214926  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2749  sodium/proton antiporter  76.16 
 
 
526 aa  795    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000080955  hitchhiker  0.000221787 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2439  sodium/proton antiporter  66.07 
 
 
528 aa  691    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000572819  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1814  sodium/proton antiporter  66.6 
 
 
533 aa  656    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000040103  normal  0.486429 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2364  sodium/proton antiporter  75.44 
 
 
522 aa  748    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00206489  normal  0.523756 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2110  sodium/proton antiporter  75.83 
 
 
524 aa  740    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2439  sodium/proton antiporter  100 
 
 
513 aa  1030    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000874928  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1963  sodium/proton antiporter  99.03 
 
 
513 aa  1021    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000140006  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2690  sodium/proton antiporter  67.39 
 
 
528 aa  673    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00015622  normal  0.358514 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2462  Na+/H+ antiporter NhaB  100 
 
 
513 aa  1030    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000354877  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1944  sodium/proton antiporter  91.62 
 
 
514 aa  949    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0398014  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2004  sodium/proton antiporter  92.01 
 
 
514 aa  951    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.223216  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1948  sodium/proton antiporter  92.01 
 
 
514 aa  952    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.696953  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01147  sodium/proton antiporter  63.56 
 
 
520 aa  642    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1327  sodium/proton antiporter  92.01 
 
 
514 aa  951    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000807715  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1512  sodium/proton antiporter  91.81 
 
 
514 aa  950    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210901  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2148  sodium/proton antiporter  68.74 
 
 
531 aa  695    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1673  sodium/proton antiporter  100 
 
 
513 aa  1030    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000094034  normal  0.63338 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2508  sodium/proton antiporter  66.6 
 
 
533 aa  656    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0022758  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1984  sodium/proton antiporter  72.92 
 
 
524 aa  745    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.106188  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01171  hypothetical protein  100 
 
 
513 aa  1030    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000261318  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1947  sodium/proton antiporter  73.03 
 
 
526 aa  755    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00267858  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2243  sodium/proton antiporter  73.28 
 
 
526 aa  756    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00099242  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002978  Na+/H+ antiporter  70.18 
 
 
528 aa  714    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2886  sodium/proton antiporter  67.58 
 
 
533 aa  696    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2795  sodium/proton antiporter  63.06 
 
 
526 aa  648    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0542405  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1567  sodium/proton antiporter  67.25 
 
 
533 aa  687    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581979  normal  0.983866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1642  sodium/proton antiporter  67.25 
 
 
533 aa  687    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00536315  hitchhiker  0.00651417 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1742  sodium/proton antiporter  67.14 
 
 
528 aa  672    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1634  sodium/proton antiporter  68.46 
 
 
528 aa  689    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000378867  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1634  sodium/proton antiporter  66.6 
 
 
533 aa  691    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000708329  normal  0.136826 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1925  sodium/proton antiporter  66.4 
 
 
528 aa  690    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000922485  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1777  sodium/proton antiporter  66.6 
 
 
533 aa  656    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171288  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2175  sodium/proton antiporter  66.99 
 
 
531 aa  686    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136342  normal  0.0115207 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01161  sodium/proton antiporter  100 
 
 
513 aa  1030    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000392786  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2366  sodium/proton antiporter  81.8 
 
 
512 aa  834    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000849629  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1491  sodium/proton antiporter  68.54 
 
 
530 aa  707    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.796113  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1682  sodium/proton antiporter  66.67 
 
 
528 aa  669    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000237317  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1706  sodium/proton antiporter  59.8 
 
 
500 aa  612  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.873135  normal  0.138705 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3871  sodium/proton antiporter  64.07 
 
 
504 aa  588  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.994006  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2589  sodium/proton antiporter  61.2 
 
 
500 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2020  sodium/proton antiporter  62.42 
 
 
499 aa  545  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.974157  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1807  sodium/proton antiporter  60.6 
 
 
500 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933013  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4031  sodium/proton antiporter  60.45 
 
 
500 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.806507  normal  0.318672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3630  sodium/proton antiporter  59.4 
 
 
500 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.384067  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3477  sodium/proton antiporter  61.79 
 
 
500 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.275836  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41000  sodium/proton antiporter  61.59 
 
 
500 aa  478  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0152  Citrate transporter  24.63 
 
 
419 aa  57.4  0.0000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0904912  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12700  arsenic-transport integral membrane protein arsB1  22.64 
 
 
428 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3393  citrate transporter  28.95 
 
 
428 aa  53.5  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1545  citrate transporter  26.39 
 
 
429 aa  53.1  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000185011  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1243  Citrate transporter  27.94 
 
 
415 aa  51.2  0.00004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000320263  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4163  Citrate transporter  26.87 
 
 
428 aa  51.2  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0015  citrate transporter  34.18 
 
 
431 aa  50.8  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2132  citrate transporter  24.76 
 
 
426 aa  49.7  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12699  arsenic-transport integral membrane protein arsA  30.77 
 
 
429 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3654  anion transporter  31.25 
 
 
422 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3716  anion transporter  31.61 
 
 
422 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.672339 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3548  anion transporter  31.25 
 
 
422 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6918  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1546  citrate transporter  28.04 
 
 
429 aa  48.5  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0084311  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2622  Citrate transporter  25.23 
 
 
417 aa  48.5  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0599  citrate transporter  22.22 
 
 
437 aa  48.1  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404538  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0587  citrate transporter  22.22 
 
 
437 aa  48.1  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  35.06 
 
 
421 aa  47.8  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0719  Citrate transporter  23.51 
 
 
451 aa  47.4  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3619  anion transporter  31.61 
 
 
422 aa  47  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.254252  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1846  citrate transporter  34.15 
 
 
425 aa  47  0.0008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3119  Citrate transporter  25.14 
 
 
431 aa  47  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0395864  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3003  Citrate transporter  23.56 
 
 
424 aa  47  0.0009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.467827 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0610  Citrate transporter  30.23 
 
 
429 aa  47  0.0009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0577  citrate transporter  23.24 
 
 
437 aa  46.6  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2006  anion transporter  24.53 
 
 
520 aa  46.2  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.740344  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1972  anion transporter  24.53 
 
 
520 aa  46.2  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0736  Citrate transporter  41.43 
 
 
402 aa  46.6  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000586642  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0352  citrate transporter  23.13 
 
 
408 aa  46.6  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000181874  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1808  citrate transporter  41.67 
 
 
425 aa  45.8  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2433  Citrate transporter  26.19 
 
 
440 aa  45.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0484148 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1846  citrate transporter  22.62 
 
 
424 aa  45.1  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3547  anion transporter  33.95 
 
 
422 aa  45.4  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1699  citrate transporter  27.35 
 
 
421 aa  44.7  0.004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.346911  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3669  Citrate transporter  23.78 
 
 
431 aa  43.5  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.955706  normal  0.0571681 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>