41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_01035 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_2607  curli assembly protein CsgF  100 
 
 
138 aa  280  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01042  hypothetical protein  100 
 
 
138 aa  280  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.821026  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1417  curli assembly protein CsgF  100 
 
 
138 aa  280  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0483844 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2095  curli assembly protein CsgF  100 
 
 
138 aa  280  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.771182 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2561  curli assembly protein CsgF  100 
 
 
138 aa  280  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.368345 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1157  curli assembly protein CsgF  100 
 
 
138 aa  280  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01035  predicted transport protein  100 
 
 
138 aa  280  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.868652  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2291  curli assembly protein CsgF  99.28 
 
 
138 aa  278  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1156  curli assembly protein CsgF  99.28 
 
 
138 aa  278  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.572292  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1251  curli assembly protein CsgF  89.86 
 
 
138 aa  231  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.583171 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1236  curli assembly protein CsgF  89.86 
 
 
138 aa  231  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.788328  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1206  curli assembly protein CsgF  89.86 
 
 
138 aa  231  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.388292  normal  0.563866 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2050  curli assembly protein CsgF  89.86 
 
 
138 aa  231  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.360052  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2233  curli assembly protein CsgF  89.86 
 
 
138 aa  231  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.697441 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1554  curli assembly protein CsgF  86.96 
 
 
138 aa  227  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.381005  normal  0.199683 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2473  curli production assembly/transport component CsgF precursor  41.04 
 
 
137 aa  103  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal  0.308509 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1992  curli fiber protein CsgF, putative  46.02 
 
 
143 aa  102  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0290148  normal  0.0475001 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2464  curli production assembly/transport component CsgF precursor  40.91 
 
 
137 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2298  hypothetical protein  44.74 
 
 
137 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3473  curli fiber protein CsgF, putative  44.74 
 
 
137 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.910163  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2856  assembly/transport component in curli production, CsgF precursor  39.52 
 
 
133 aa  96.7  8e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.618254  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1819  curli production assembly/transport component CsgF precursor  34.33 
 
 
135 aa  83.6  9e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0321037  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1728  curli production assembly/transport component CsgF precursor  35.11 
 
 
139 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.6125  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2587  hypothetical protein  42.11 
 
 
145 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1519  curli production assembly/transport component CsgF precursor  31.45 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.817654  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2985  curli production assembly/transport component CsgF, putative  31.78 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1037  curli production assembly/transport component CsgF, putative  31.78 
 
 
131 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.730845 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1025  curli production assembly/transport component CsgF, putative  31.78 
 
 
131 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3335  curli production assembly/transport component CsgF, putative  31.78 
 
 
131 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1004  curli production assembly/transport component CsgF, putative  31.78 
 
 
131 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0869  curli production assembly/transport component CsgF, putative  29.75 
 
 
131 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3254  curli production assembly/transport component CsgF, putative  29.75 
 
 
131 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3153  curli production assembly/transport component CsgF, putative  29.75 
 
 
131 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3686  curli production assembly/transport component CsgF, putative  30.53 
 
 
131 aa  61.6  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6062  Curli production assembly/transport component CsgF  32.28 
 
 
140 aa  62  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2858  curli production assembly/transport component CsgF, putative  29.82 
 
 
129 aa  59.7  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0642  curli production assembly/transport component CsgF, putative  26.15 
 
 
130 aa  58.2  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00175392  unclonable  0.0000000139477 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2350  hypothetical protein  28.57 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0970  curli production assembly/transport component CsgF, putative  28.69 
 
 
135 aa  47.8  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4729  Curli production assembly/transport component CsgF  28.79 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01505  putative curli production assembly/transport component  26.4 
 
 
151 aa  43.5  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>