225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0073 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0073  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.222054  normal  0.378802 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0047  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0003  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0035  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.81932  normal  0.306729 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0046  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000479411  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0048  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000458542  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0024  tRNA-Val  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0026  tRNA-Val  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.289153  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0024  tRNA-Val  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0013  tRNA-Val  89.61 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0017  tRNA-Val  89.55 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.598097  normal  0.464383 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0065  tRNA-Val  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0020  tRNA-Val  88.57 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0496105  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0040  tRNA-Val  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0011  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0027  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31278  normal  0.51175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0017  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476615  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  87.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0061  tRNA-Val  91.84 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0053  tRNA-Val  91.84 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.694322  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0022  tRNA-Val  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0121384  normal  0.0431401 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0021  tRNA-Val  85.07 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.824854  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-1  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00200335  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  84.29 
 
 		 378 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt21  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  84.29 
 
 		 367 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt21  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0044  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000266715 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0042  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279186  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0077  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.035914  normal  0.156814 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0078  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0323517  normal  0.156199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0079  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101536  normal  0.15355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0080  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273364  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0081  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.277615  normal  0.0524601 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0082  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.278662  normal  0.0519347 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0083  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.380534  normal  0.052943 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0045  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0252567  normal  0.0396614 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0038  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0040  tRNA-Val  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000943403  normal  0.0843805 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0004  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000770056 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0052  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000137415  normal  0.324257 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0036  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.012717  normal  0.28653 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0089  tRNA-Val  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.946417 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3219  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.232653  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3220  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0584974  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0022  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.448408  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0101  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000312411  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0102  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000271468  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0081  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000114332  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0080  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000267941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>