More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2540 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2540  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 340 aa  681    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.093156 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1562  Radical SAM domain protein  50.14 
 
 		 401 aa  308  9e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2238  Radical SAM domain protein  44.18 
 
 		 354 aa  265  8.999999999999999e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0515  Elongator protein 3/MiaB/NifB  42.17 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.84475  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0182  Radical SAM domain protein  41.19 
 
 		 401 aa  236  4e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.534223  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2966  Radical SAM domain protein  43.15 
 
 		 344 aa  228  1e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0294152  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  41.3 
 
 		 341 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1719  radical SAM domain-containing protein  32.34 
 
 		 354 aa  194  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.219309  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1944  Radical SAM domain protein  40.07 
 
 		 374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0450295  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1777  radical SAM domain-containing protein  41.98 
 
 		 352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.112435  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2227  radical SAM domain-containing protein  40.45 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.775407  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2316  radical SAM family protein  41.51 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1713  radical SAM domain-containing protein  36.23 
 
 		 317 aa  179  7e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0688  Radical SAM domain protein  34.83 
 
 		 336 aa  178  9e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1640  radical SAM domain-containing protein  32.72 
 
 		 317 aa  178  2e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1160  Radical SAM domain protein  33.09 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.276403  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0774  ELP3 component of the RNA polymerase II complex  36.27 
 
 		 362 aa  176  7e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000160735  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1971  radical SAM domain-containing protein  29.9 
 
 		 357 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.144867  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1689  radical SAM domain-containing protein  29.55 
 
 		 357 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0776794  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0930  radical SAM family protein  30.74 
 
 		 338 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000118017  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1061  Radical SAM domain protein  37.97 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.8315700000000001e-19 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0660  Radical SAM domain protein  28.82 
 
 		 359 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3151  radical SAM domain-containing protein  36.42 
 
 		 351 aa  170  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0207208  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3202  Radical SAM domain protein  37.97 
 
 		 342 aa  169  6e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00235958  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1404  radical SAM protein, putative histone acetyltransferase  37.91 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000266579  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0875  radical SAM domain-containing protein  38.04 
 
 		 359 aa  157  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1179  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0787  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0088  radical SAM domain-containing protein  32.46 
 
 		 477 aa  104  2e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0202426 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1832  ELP3 family histone acetyltransferase  25.55 
 
 		 541 aa  104  2e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1167  radical SAM domain-containing protein  32 
 
 		 469 aa  102  7e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.413437  normal  0.627812 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1460  histone acetyltransferase, ELP3 family  28.03 
 
 		 473 aa  100  2e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1318  ELP3 family histone acetyltransferase  28.46 
 
 		 510 aa  101  2e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.340377 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1956  ELP3 family histone acetyltransferase  29.73 
 
 		 526 aa  101  2e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.724461 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1093  ELP3 family histone acetyltransferase  26.79 
 
 		 541 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.108771  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0824  ELP3 family histone acetyltransferase  24.84 
 
 		 541 aa  100  4e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.318054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0579  ELP3 family histone acetyltransferase  26.8 
 
 		 527 aa  100  4e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1133  ELP3 family histone acetyltransferase  32.2 
 
 		 522 aa  100  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0279  ELP3 family histone acetyltransferase  24.73 
 
 		 563 aa  98.6  1e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0122  radical SAM domain-containing protein  30.22 
 
 		 483 aa  97.8  2e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1085  histone acetyltransferase, ELP3 family  28.12 
 
 		 514 aa  94.7  2e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.707697  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0612  ELP3 family histone acetyltransferase  29.07 
 
 		 459 aa  94.4  3e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.125099  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0889  ELP3 family histone acetyltransferase  26.72 
 
 		 541 aa  94  3e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_551  radical SAM superfamily  28.57 
 
 		 459 aa  91.3  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0398241  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0898  ELP3 family histone acetyltransferase  30.32 
 
 		 512 aa  90.9  3e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.589047  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1480  histone acetyltransferase, ELP3 family  28.77 
 
 		 585 aa  89.7  6e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.761791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0586  ELP3 family histone acetyltransferase  28.29 
 
 		 459 aa  89.7  6e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000912711  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0952  histone acetyltransferase, ELP3 family  29.12 
 
 		 526 aa  89  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0872  histone acetyltransferase, ELP3 family  27.05 
 
 		 556 aa  87.4  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00950  Pol II transcription elongation factor, putative  27.7 
 
 		 557 aa  85.5  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2046  ELP3 family histone acetyltransferase  31.05 
 
 		 530 aa  84.7  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11040  histone acetyltransferase  34.07 
 
 		 666 aa  84.3  0.000000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.142131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2930  histone acetyltransferase, ELP3 family  33.09 
 
 		 554 aa  81.6  0.00000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.281817  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2706  histone acetyltransferase, ELP3 family  25.12 
 
 		 553 aa  81.3  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0906  Histone acetyltransferase  29.17 
 
 		 617 aa  80.1  0.00000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.301086  normal  0.526584 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1989  ELP3 family histone acetyltransferase  25.5 
 
 		 548 aa  80.1  0.00000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4306  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  30.35 
 
 		 375 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0329595  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2192  histone acetyltransferase, ELP3 family  27.68 
 
 		 576 aa  79.3  0.00000000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3320  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.54 
 
 		 357 aa  78.6  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00918826  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1755  ELP3 family histone acetyltransferase  28.19 
 
 		 547 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.668163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3477  putative radical SAM protein  26.87 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.143192  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02294  histone acetyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G06140)  25.87 
 
 		 574 aa  76.6  0.0000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1326  hypothetical protein  27.8 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0488  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.49 
 
 		 374 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27329  predicted protein  28.82 
 
 		 555 aa  74.7  0.000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.072078  hitchhiker  0.00552121 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1304  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.41 
 
 		 381 aa  74.7  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1304  hypothetical protein  30.11 
 
 		 520 aa  74.7  0.000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0475  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  27.15 
 
 		 376 aa  74.3  0.000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42410  predicted protein  25.18 
 
 		 558 aa  74.3  0.000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_50848  predicted protein  24.71 
 
 		 544 aa  73.6  0.000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.104715  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1010  coproporphyrinogen III oxidase  27.72 
 
 		 379 aa  73.2  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08040  histone acetyltransferase  26.67 
 
 		 598 aa  72.8  0.000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.584733  hitchhiker  0.0000000843356 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0739  radical SAM family protein  24.89 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.974352  normal  0.805342 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1179  putative radical SAM protein  28.19 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07700  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  28.09 
 
 		 368 aa  72.4  0.000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.7688 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1177  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  24.43 
 
 		 372 aa  72  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0261  Radical SAM domain protein  28.04 
 
 		 564 aa  72  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1223  putative radical SAM protein  28.19 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.784754  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2063  coproporphyrinogen III oxidase  28.44 
 
 		 384 aa  72  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0038  conserved hypothetical radical SAM protein  32.14 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2375  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29.04 
 
 		 374 aa  71.2  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.950801  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0944  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.49 
 
 		 375 aa  70.5  0.00000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1137  putative radical SAM protein  27.75 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00496914  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3134  hypothetical protein  27.75 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000932261  normal  0.614838 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0315  coproporphyrinogen III oxidase  26.94 
 
 		 438 aa  70.1  0.00000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0471  coproporphyrinogen III oxidase  26.96 
 
 		 404 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.804831 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2952  putative radical SAM protein  27.8 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.432245  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1583  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.37 
 
 		 374 aa  69.7  0.00000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1256  putative radical SAM protein  27.75 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0785555  normal  0.353815 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3661  putative radical SAM protein  26.32 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0582  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  29.56 
 
 		 388 aa  69.3  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2870  putative radical SAM protein  27.75 
 
 		 309 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00453128  normal  0.0632795 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4343  putative radical SAM protein  29.11 
 
 		 312 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.122173 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3048  putative radical SAM protein  27.63 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0315161  normal  0.32107 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2374  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  30.54 
 
 		 448 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0536  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.18 
 
 		 578 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.448786  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0569  coproporphyrinogen III oxidase  25.88 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2357  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  29.74 
 
 		 466 aa  67.4  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0972265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3351  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  31.4 
 
 		 384 aa  67.4  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1170  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.94 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>