More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1742 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1742  30S ribosomal protein S13  100 
 
 
122 aa  244  3e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0498579  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0102  30S ribosomal protein S13  91.8 
 
 
122 aa  231  3e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.158693 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2234  30S ribosomal protein S13  89.34 
 
 
122 aa  224  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0232268  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0683  30S ribosomal protein S13  87.7 
 
 
122 aa  223  7e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2752  30S ribosomal protein S13  81.97 
 
 
123 aa  211  2.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2042  30S ribosomal protein S13  77.87 
 
 
123 aa  196  1.0000000000000001e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00070968  hitchhiker  0.000175358 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2686  30S ribosomal protein S13  73.77 
 
 
122 aa  180  5.0000000000000004e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000961805  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1579  30S ribosomal protein S13  68.03 
 
 
124 aa  177  5.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743687  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1158  ribosomal protein S13  71.31 
 
 
125 aa  176  1e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000034359  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1005  30S ribosomal protein S13  68.03 
 
 
124 aa  173  8e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000343576  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1370  ribosomal protein S13  68.03 
 
 
122 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0625987  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0650  30S ribosomal protein S13  69.67 
 
 
122 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.221495  hitchhiker  0.00000484055 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0311  ribosomal protein S13  70.59 
 
 
123 aa  171  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.860174  normal  0.358609 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3982  30S ribosomal protein S13  71.07 
 
 
127 aa  171  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0746926  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3304  30S ribosomal protein S13  68.85 
 
 
122 aa  171  3.9999999999999995e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0001925 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2434  30S ribosomal protein S13  73.77 
 
 
123 aa  171  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0957  30S ribosomal protein S13  68.85 
 
 
122 aa  171  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.787526  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0703  30S ribosomal protein S13  69.67 
 
 
122 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000885174  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2042  30S ribosomal protein S13  69.17 
 
 
128 aa  170  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.643752  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2834  30S ribosomal protein S13  68.85 
 
 
122 aa  169  9e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.161157  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1089  30S ribosomal protein S13  68.85 
 
 
122 aa  169  9e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0717686  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1935  30S ribosomal protein S13  70.83 
 
 
127 aa  169  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.610956 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1922  30S ribosomal protein S13  69.49 
 
 
128 aa  169  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1957  30S ribosomal protein S13  69.49 
 
 
128 aa  169  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0892  30S ribosomal protein S13  69.67 
 
 
122 aa  169  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000337976  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2666  30S ribosomal protein S13  68.03 
 
 
122 aa  167  5e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0240  30S ribosomal protein S13  68.03 
 
 
123 aa  167  6e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.696841  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1499  30S ribosomal protein S13  70.49 
 
 
123 aa  167  6e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0423  ribosomal protein S13  68.85 
 
 
125 aa  166  8e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2594  30S ribosomal protein S13  66.39 
 
 
126 aa  166  9e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0246557  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2807  ribosomal protein S13  66.39 
 
 
122 aa  166  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000334253  hitchhiker  0.00000000478637 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0220  SSU ribosomal protein S13P  69.67 
 
 
121 aa  166  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.953183 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0447  30S ribosomal protein S13  70.49 
 
 
123 aa  166  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.219651  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1737  30S ribosomal protein S13  68.85 
 
 
122 aa  165  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0784  30S ribosomal protein S13  70.49 
 
 
122 aa  165  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0056634  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1843  30S ribosomal protein S13  68.85 
 
 
126 aa  165  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.911295 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0208  30S ribosomal protein S13  66.39 
 
 
127 aa  165  2e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.681731  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0383  30S ribosomal protein S13  68.85 
 
 
122 aa  165  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.087289  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2512  30S ribosomal protein S13  68.85 
 
 
122 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4973  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 
124 aa  164  4e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0615  30S ribosomal protein S13  65.57 
 
 
122 aa  163  5.9999999999999996e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1251  30S ribosomal protein S13  66.39 
 
 
127 aa  163  5.9999999999999996e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00631403  normal  0.17118 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1433  30S ribosomal protein S13  65.57 
 
 
124 aa  163  8e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.702882  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1139  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 
124 aa  163  9e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.732173  normal  0.382275 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1110  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 
124 aa  163  9e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1127  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 
124 aa  163  9e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121764  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2882  30S ribosomal protein S13  65.57 
 
 
126 aa  162  1.0000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.617187  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2307  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
122 aa  162  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00023627  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0277  30S ribosomal protein S13  65.57 
 
 
122 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.630615 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2131  30S ribosomal protein S13  66.39 
 
 
122 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0523363  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1008  30S ribosomal protein S13  65.57 
 
 
122 aa  160  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.836667  normal  0.0493097 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0869  30S ribosomal protein S13  65.57 
 
 
122 aa  160  4.0000000000000004e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000182214  hitchhiker  0.00600411 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0782  30S ribosomal protein S13  67.21 
 
 
122 aa  160  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.630132  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2529  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 
122 aa  160  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.186837  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0730  30S ribosomal protein S13  65.22 
 
 
127 aa  160  6e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000175069  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01420  ribosomal protein S13  68.07 
 
 
122 aa  160  7e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000243035  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0725  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
122 aa  160  7e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.848573  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4289  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 
126 aa  160  7e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.532691  hitchhiker  0.0012872 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3898  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 
126 aa  160  8.000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0567  30S ribosomal protein S13  66.39 
 
 
122 aa  159  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.625639 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3878  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 
124 aa  159  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0307  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
147 aa  159  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.322221 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2758  ribosomal protein S13  64.75 
 
 
122 aa  159  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.221978 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1720  30S ribosomal protein S13  70.59 
 
 
124 aa  159  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124945  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0266  30S ribosomal protein S13  66.96 
 
 
116 aa  159  2e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3672  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
122 aa  159  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2929  30S ribosomal protein S13  67.23 
 
 
123 aa  159  2e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141788  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0250  ribosomal protein S13  66.39 
 
 
123 aa  158  3e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000527618  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1452  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  158  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0642708  normal  0.430095 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01420  SSU ribosomal protein S13P  62.3 
 
 
122 aa  157  3e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.15354  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4937  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
127 aa  157  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000115792  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1354  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  157  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0146999  normal  0.399807 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0590  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 
126 aa  157  5e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.635023  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1211  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  157  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0611  ribosomal protein S13  63.11 
 
 
124 aa  157  5e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1174  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  157  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.119406  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0092  30S ribosomal protein S13  61.98 
 
 
121 aa  157  6e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0157087  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1865  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  157  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0740  ribosomal protein S13  65.57 
 
 
124 aa  157  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0290  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
126 aa  156  7e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000353572  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1567  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  156  9e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0795251  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1764  30S ribosomal protein S13  61.16 
 
 
121 aa  155  1e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1579  30S ribosomal protein S13  61.16 
 
 
121 aa  156  1e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4776  ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  155  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000216682 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1945  30S ribosomal protein S13  61.16 
 
 
121 aa  155  1e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.260742  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3642  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  156  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195969  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0132  30S ribosomal protein S13  68.85 
 
 
121 aa  156  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16920  SSU ribosomal protein S13P  62.3 
 
 
122 aa  155  2e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1328  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
122 aa  155  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.74324 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29480  SSU ribosomal protein S13P  62.3 
 
 
124 aa  155  2e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0570342  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1011  30S ribosomal protein S13  63.87 
 
 
122 aa  155  2e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.452762  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1978  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  155  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.234  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1754  30S ribosomal protein S13  63.87 
 
 
122 aa  155  2e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0137496  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0961  ribosomal protein S13  59.84 
 
 
126 aa  155  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0720  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
122 aa  155  2e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.401773  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3139  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
125 aa  155  2e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.111016  normal  0.558725 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1136  ribosomal protein S13  61.48 
 
 
122 aa  155  2e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000957458  normal  0.0444923 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19740  SSU ribosomal protein S13P  62.81 
 
 
123 aa  154  3e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00164832  normal  0.957321 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6025  30S ribosomal protein S13  66.38 
 
 
126 aa  154  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0915595 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1773  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  155  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.540759  normal  0.275864 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>