More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1708 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1708  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
229 aa  467  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.82 
 
 
235 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.39 
 
 
226 aa  96.7  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
230 aa  96.7  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  32.69 
 
 
224 aa  95.5  6e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
230 aa  94.4  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.05 
 
 
219 aa  93.6  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.91 
 
 
226 aa  94  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  30.41 
 
 
225 aa  92.4  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.33 
 
 
229 aa  92  7e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.56 
 
 
226 aa  90.5  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
243 aa  90.5  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.16 
 
 
225 aa  89.7  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.32 
 
 
225 aa  90.1  3e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.51 
 
 
226 aa  90.1  3e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29 
 
 
228 aa  89.4  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.59 
 
 
231 aa  89  6e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.38 
 
 
225 aa  88.6  8e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1802  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.84 
 
 
238 aa  88.6  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 
239 aa  88.2  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2928  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.54 
 
 
232 aa  88.2  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.39759 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.28 
 
 
220 aa  87  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2448  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 
238 aa  87  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.61 
 
 
228 aa  86.7  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.93 
 
 
225 aa  86.7  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
225 aa  86.3  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.02 
 
 
225 aa  85.9  4e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.17 
 
 
251 aa  85.5  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
235 aa  85.1  8e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.03 
 
 
242 aa  85.1  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0629  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.89 
 
 
230 aa  85.1  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
222 aa  85.1  8e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.08 
 
 
223 aa  85.1  9e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.62 
 
 
226 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  25.99 
 
 
225 aa  84.3  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
238 aa  84.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.84 
 
 
228 aa  84  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  28.65 
 
 
214 aa  83.2  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.76 
 
 
222 aa  83.2  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000192919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.65 
 
 
224 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.46 
 
 
224 aa  82.8  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.11 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.91 
 
 
224 aa  82  0.000000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.36 
 
 
228 aa  81.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 
226 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.71 
 
 
235 aa  80.5  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.1 
 
 
240 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.27 
 
 
229 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
231 aa  80.1  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.91 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  28 
 
 
236 aa  79.7  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.45 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  26.01 
 
 
267 aa  79.7  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 
224 aa  79.3  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.5 
 
 
220 aa  79.3  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3158  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.89 
 
 
223 aa  79  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.56 
 
 
236 aa  79  0.00000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
217 aa  78.6  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
236 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.92 
 
 
224 aa  78.6  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
237 aa  78.2  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.1 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
246 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
223 aa  77  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
227 aa  77  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.65 
 
 
227 aa  77  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.81 
 
 
227 aa  77  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
226 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  27.23 
 
 
239 aa  76.3  0.0000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  25.79 
 
 
236 aa  76.3  0.0000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  27.41 
 
 
224 aa  75.9  0.0000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.04 
 
 
232 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.11 
 
 
226 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.47 
 
 
226 aa  74.3  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8112  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
229 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.17 
 
 
229 aa  74.3  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
233 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
224 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
224 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3198  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.18 
 
 
221 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.90573 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  25.51 
 
 
217 aa  73.6  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
224 aa  73.2  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.6 
 
 
223 aa  72.8  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.62 
 
 
222 aa  72.8  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  26.9 
 
 
226 aa  72.4  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.1 
 
 
219 aa  72.4  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.33 
 
 
227 aa  72  0.000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
231 aa  72  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  25.48 
 
 
352 aa  72  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.32 
 
 
234 aa  72  0.000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.05 
 
 
232 aa  72  0.000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  22.73 
 
 
212 aa  71.6  0.000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1063  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.18 
 
 
238 aa  71.6  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
224 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  24.49 
 
 
214 aa  70.9  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
224 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>