More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0024 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0024  histone deacetylase superfamily  100 
 
 
439 aa  913    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0263374 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2337  histone deacetylase family protein  80.41 
 
 
439 aa  766    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.724338  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1093  histone deacetylase superfamily protein  81.78 
 
 
439 aa  761    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.718834  normal  0.264484 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0778  histone deacetylase superfamily  61.75 
 
 
435 aa  583  1.0000000000000001e-165  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0223  Histone deacetylase  62.47 
 
 
446 aa  572  1.0000000000000001e-162  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.195671 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4058  histone deacetylase superfamily protein  61.29 
 
 
438 aa  561  1.0000000000000001e-159  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3163  histone deacetylase superfamily protein  60.14 
 
 
438 aa  554  1e-157  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.114353  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0126  histone deacetylase superfamily  63.08 
 
 
473 aa  541  1e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0989  histone deacetylase superfamily protein  61.3 
 
 
437 aa  533  1e-150  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.595114 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1031  histone deacetylase superfamily  56.06 
 
 
438 aa  528  1e-148  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22480  histone deacetylase superfamily  56.95 
 
 
480 aa  515  1.0000000000000001e-145  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00877873  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2932  histone deacetylase  55.17 
 
 
528 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00716511 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1405  histone deacetylase superfamily protein  54.46 
 
 
478 aa  500  1e-140  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.859929  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1009  Histone deacetylase  54.69 
 
 
450 aa  491  9.999999999999999e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.287637  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0976  hypothetical protein  53.76 
 
 
448 aa  479  1e-134  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1885  histone deacetylase superfamily protein  51.6 
 
 
451 aa  478  1e-134  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2127  Histone deacetylase  52.44 
 
 
447 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.003009  normal  0.054608 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2733  histone deacetylase superfamily  48.62 
 
 
441 aa  415  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0929  histone deacetylase superfamily protein  39.32 
 
 
364 aa  242  1e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00399276  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0262  histone deacetylase superfamily protein  34.98 
 
 
331 aa  174  2.9999999999999996e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3190  histone deacetylase superfamily protein  42.46 
 
 
344 aa  173  6.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0721  histone deacetylase superfamily protein  31.06 
 
 
322 aa  158  2e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.459937  normal  0.0813837 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  35.02 
 
 
344 aa  158  2e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0732  histone deacetylase superfamily protein  39.29 
 
 
308 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0989  histone deacetylase superfamily protein  35.31 
 
 
326 aa  156  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  37.38 
 
 
334 aa  155  1e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.39401 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0388  histone deacetylase superfamily protein  35.49 
 
 
309 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.621071 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2918  histone deacetylase superfamily protein  41.2 
 
 
345 aa  154  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4349  histone deacetylase superfamily protein  31.58 
 
 
373 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.360906 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3589  histone deacetylase superfamily  42.48 
 
 
352 aa  152  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000112978 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1875  histone deacetylase superfamily  34.75 
 
 
309 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.184151  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2206  Histone deacetylase  41.63 
 
 
344 aa  151  3e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0154  histone deacetylase superfamily protein  35.66 
 
 
345 aa  150  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000391208  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0611  histone deacetylase superfamily  38.26 
 
 
311 aa  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0936  histone deacetylase superfamily protein  34.03 
 
 
316 aa  150  4e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2249  histone deacetylase superfamily  45.45 
 
 
336 aa  150  5e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.775284  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1947  histone deacetylase superfamily  39.71 
 
 
343 aa  150  6e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5232  histone deacetylase superfamily protein  36.58 
 
 
369 aa  149  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.428227 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34647  predicted protein  34.56 
 
 
399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0496  histone deacetylase superfamily protein  38.98 
 
 
309 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36543  predicted protein  34.56 
 
 
399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1348  histone deacetylase superfamily protein  36.92 
 
 
336 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.104059 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0570  histone deacetylase superfamily  37.61 
 
 
311 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22937  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0417  Histone deacetylase  38.96 
 
 
340 aa  146  8.000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2753  histone deacetylase superfamily protein  34.02 
 
 
309 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.277237  normal  0.113351 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3297  histone deacetylase family protein  35.56 
 
 
313 aa  145  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0091  histone deacetylase superfamily protein  41.18 
 
 
307 aa  145  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.827237 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3345  histone deacetylase superfamily protein  35.27 
 
 
407 aa  145  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1746  histone deacetylase superfamily protein  35.77 
 
 
336 aa  144  3e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.115562 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1276  histone deacetylase superfamily protein  40.36 
 
 
370 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6148  histone deacetylase superfamily protein  36.19 
 
 
369 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.7122  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1931  histone deacetylase superfamily protein  36.19 
 
 
369 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2048  histone deacetylase superfamily protein  37.37 
 
 
365 aa  144  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.309662  normal  0.408539 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2481  putative deacetylase  32.3 
 
 
309 aa  143  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4303  histone deacetylase superfamily protein  33.69 
 
 
309 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  0.261711 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0780  histone deacetylase superfamily protein  33.77 
 
 
309 aa  143  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0430  histone deacetylase family protein  37.61 
 
 
337 aa  143  7e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1341  histone deacetylase superfamily protein  35.48 
 
 
373 aa  143  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0145717 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1155  histone deacetylase superfamily protein  33.33 
 
 
323 aa  143  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.60064  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1954  histone deacetylase superfamily protein  35.8 
 
 
369 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00466177  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0563  histone deacetylase superfamily  36.49 
 
 
335 aa  142  9e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.349825  normal  0.347907 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3248  histone deacetylase superfamily protein  30.3 
 
 
369 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000895974 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4458  histone deacetylase superfamily protein  32.98 
 
 
309 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0695577  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0999  deacetylase  39.01 
 
 
311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1024  histone deacetylase superfamily  33.33 
 
 
309 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.448612  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1919  histone deacetylase superfamily protein  35.41 
 
 
369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1860  Histone deacetylase  30.03 
 
 
341 aa  141  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0555119  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1558  histone deacetylase superfamily protein  33.68 
 
 
314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.643913  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0541  histone deacetylase superfamily protein  38.17 
 
 
316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0381  histone deacetylase superfamily protein  38.49 
 
 
336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0601969 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3860  Histone deacetylase  33.75 
 
 
372 aa  139  7e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.175047  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0437  histone deacetylase family protein  37.17 
 
 
316 aa  139  7e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1949  histone deacetylase superfamily protein  34.39 
 
 
346 aa  139  8.999999999999999e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1341  putative acetylpolyamine aminohydrolase  33.46 
 
 
380 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24430  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  27.6 
 
 
406 aa  138  2e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.653116  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1126  histone deacetylase superfamily protein  41.3 
 
 
336 aa  138  2e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.546018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3179  histone deacetylase superfamily  31.19 
 
 
325 aa  138  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18020  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  34.46 
 
 
417 aa  138  2e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.738077  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1239  histone deacetylase superfamily protein  32.89 
 
 
435 aa  137  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.127152  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0616  histone deacetylase superfamily protein  31.29 
 
 
370 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15260  putative acetylpolyamine aminohydrolase  32.72 
 
 
380 aa  137  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0390858  hitchhiker  0.0000000000262427 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0246  histone deacetylase superfamily protein  46.58 
 
 
392 aa  137  5e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0467298  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0483  histone deacetylase superfamily protein  30.91 
 
 
394 aa  137  5e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.275495  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1151  histone deacetylase superfamily protein  31.56 
 
 
309 aa  136  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2616  histone deacetylase superfamily protein  34.28 
 
 
309 aa  136  9e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0991  Histone deacetylase  39.61 
 
 
327 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.964877  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2798  histone deacetylase superfamily protein  34.91 
 
 
324 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0555  histone deacetylase superfamily protein  35.74 
 
 
379 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3218  histone deacetylase superfamily  31.19 
 
 
309 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22285  normal  0.410643 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2111  histone deacetylase family protein  34.87 
 
 
340 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0478  histone deacetylase superfamily protein  43.96 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.262897  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3143  histone deacetylase superfamily  32.56 
 
 
403 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.170732 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0635  histone deacetylase superfamily protein  31.03 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.745651  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1176  histone deacetylase superfamily protein  36.4 
 
 
342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3503  histone deacetylase superfamily protein  32.47 
 
 
426 aa  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.678052  normal  0.280253 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1468  histone deacetylase superfamily  33.46 
 
 
397 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0799038  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0789  histone deacetylase superfamily protein  36.02 
 
 
325 aa  134  3.9999999999999996e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0834  histone deacetylase superfamily  38.27 
 
 
378 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2993  histone deacetylase superfamily protein  30.51 
 
 
328 aa  133  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  31.49 
 
 
306 aa  133  6e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>