56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_3507 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3507  CopG domain protein DNA-binding domain protein  100 
 
 
154 aa  307  2.9999999999999997e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.709312  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2700  CopG/DNA-binding domain-containing protein  96.75 
 
 
154 aa  297  4e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0802362  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2003  CopG/DNA-binding domain-containing protein  93.51 
 
 
158 aa  289  9e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1281  CopG/DNA-binding domain-containing protein  92.86 
 
 
154 aa  286  6e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2912  CopG/DNA-binding domain-containing protein  93.51 
 
 
148 aa  285  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1340  CopG-like DNA-binding  91.56 
 
 
154 aa  285  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126057  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1549  CopG-like DNA-binding  91.56 
 
 
154 aa  285  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0162848  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0725  CopG/DNA-binding domain-containing protein  91.56 
 
 
158 aa  284  4e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.946674  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3707  CopG/DNA-binding domain-containing protein  92.16 
 
 
154 aa  283  4e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2644  CopG domain protein DNA-binding domain protein  92.81 
 
 
154 aa  284  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2349  CopG/DNA-binding domain-containing protein  91.56 
 
 
158 aa  282  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.61469 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0439  CopG/DNA-binding domain-containing protein  93.51 
 
 
154 aa  277  4e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30950  hypothetical protein  92.96 
 
 
154 aa  271  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000217049  unclonable  2.16388e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35730  hypothetical protein  92.25 
 
 
154 aa  271  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1894  CopG domain protein DNA-binding domain protein  92.25 
 
 
154 aa  269  1e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2585  hypothetical protein  90.51 
 
 
158 aa  248  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4194  CopG/DNA-binding domain-containing protein  81.94 
 
 
150 aa  246  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0811  helix-turn-helix protein, CopG  48.15 
 
 
156 aa  142  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0514  helix-turn-helix protein, CopG  48.84 
 
 
140 aa  139  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3189  hypothetical protein  50.38 
 
 
173 aa  134  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1494  CopG family protein  46.51 
 
 
144 aa  121  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00276069  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3902  hypothetical protein  46.83 
 
 
146 aa  120  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3357  hypothetical protein  42.86 
 
 
145 aa  118  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.800437  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7439  hypothetical protein  46.83 
 
 
145 aa  117  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2326  CopG-like DNA-binding  40.3 
 
 
145 aa  116  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.17892  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3005  CopG/DNA-binding domain-containing protein  40.15 
 
 
145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.78909  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3690  hypothetical protein  44.53 
 
 
139 aa  114  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3547  CopG-like DNA-binding  41.35 
 
 
154 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.715677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7740  hypothetical protein  43.7 
 
 
144 aa  111  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0700  hypothetical protein  46.15 
 
 
145 aa  110  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3826  hypothetical protein  46.04 
 
 
144 aa  108  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2026  CopG/DNA-binding domain-containing protein  49.58 
 
 
136 aa  108  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0590  hypothetical protein  46.15 
 
 
142 aa  107  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1732  hypothetical protein  45.19 
 
 
141 aa  107  7.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1195  hypothetical protein  40.91 
 
 
149 aa  107  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.423858  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3540  hypothetical protein  40.91 
 
 
149 aa  107  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3194  hypothetical protein  44.27 
 
 
149 aa  106  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.14235  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0750  hypothetical protein  45.04 
 
 
144 aa  106  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.751711  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3850  helix-turn-helix protein, CopG  38.46 
 
 
142 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00136711  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2877  hypothetical protein  48.33 
 
 
143 aa  105  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2819  hypothetical protein  47.69 
 
 
143 aa  104  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0967  hypothetical protein  49.62 
 
 
143 aa  104  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1680  helix-turn-helix protein, CopG  46.4 
 
 
149 aa  102  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.522229  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0143  hypothetical protein  43.08 
 
 
136 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.802001  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3085  hypothetical protein  43.08 
 
 
150 aa  100  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.835522  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1022  hypothetical protein  45.69 
 
 
144 aa  98.6  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1505  hypothetical protein  40.65 
 
 
142 aa  95.9  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.738458 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1834  CopG/DNA-binding domain-containing protein  44.54 
 
 
139 aa  95.1  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4006  hypothetical protein  46.15 
 
 
144 aa  94.4  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2617  hypothetical protein  40.17 
 
 
150 aa  87.8  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2257  hypothetical protein  41.22 
 
 
138 aa  86.3  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.338715  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0319  hypothetical protein  37.82 
 
 
127 aa  77.8  0.00000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0127184  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1066  putative regulator protein  32.82 
 
 
144 aa  73.9  0.0000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638052  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0687  hypothetical protein  25.56 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1496  hypothetical protein  34.95 
 
 
461 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.000950555  normal  0.877787 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2345  hypothetical protein  25 
 
 
157 aa  51.2  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>