More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_3351 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_4001  recA protein  100 
 
 
373 aa  750    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.627229  normal  0.688491 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3351  recA protein  100 
 
 
373 aa  750    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0355  recA protein  92.33 
 
 
367 aa  610  1e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3948  recA protein  92.24 
 
 
384 aa  608  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  81.3 
 
 
384 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4640  recA protein  93.6 
 
 
354 aa  600  1e-170  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5195  recA protein  93.31 
 
 
375 aa  600  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0874  recA protein  91.93 
 
 
367 aa  600  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.532648 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0497  recombinase A  86.63 
 
 
353 aa  590  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00187604 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4685  recA protein  83.57 
 
 
377 aa  581  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.0000000254393  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0814  recombinase A  79.61 
 
 
356 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.538126  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0272  recombinase A  79.61 
 
 
356 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0810  recombinase A  79.61 
 
 
356 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0971  recombinase A  79.61 
 
 
356 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2404  recombinase A  79.61 
 
 
356 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0643  recombinase A  79.05 
 
 
356 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.940587  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2672  recombinase A  79.61 
 
 
356 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.996925  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0017  recombinase A  79.61 
 
 
356 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0075  recombinase A  87.25 
 
 
357 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2681  recombinase A  78.49 
 
 
356 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288266  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2041  recombinase A  78.49 
 
 
356 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.461458  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0650  recombinase A  80.64 
 
 
357 aa  568  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590321  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2652  recombinase A  78.49 
 
 
356 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  77.37 
 
 
358 aa  566  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0440  recombinase A  79.94 
 
 
358 aa  567  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5979  recombinase A  81.49 
 
 
348 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0714479 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2573  recombinase A  78.8 
 
 
359 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.803783  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2699  recombinase A  78.8 
 
 
359 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0466  recombinase A  82.35 
 
 
353 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  80 
 
 
358 aa  560  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0527  recombinase A  80.76 
 
 
353 aa  556  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000554316  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0711  recombinase A  81.46 
 
 
345 aa  551  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  79.64 
 
 
362 aa  548  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  79.03 
 
 
363 aa  546  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0551  recombinase A  79.66 
 
 
352 aa  533  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0471  recombinase A  79.08 
 
 
352 aa  530  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0455  recombinase A  79.08 
 
 
352 aa  530  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  74.85 
 
 
362 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  72.51 
 
 
347 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  74.54 
 
 
364 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0570  recombinase A  77.58 
 
 
344 aa  510  1e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.244041 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2578  recA protein  77.24 
 
 
365 aa  509  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_004310  BR1202  recombinase A  72.09 
 
 
361 aa  506  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  70.4 
 
 
348 aa  506  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  74.38 
 
 
345 aa  504  9.999999999999999e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  74.01 
 
 
342 aa  505  9.999999999999999e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  74.38 
 
 
345 aa  504  9.999999999999999e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1986  recombinase A  72.26 
 
 
357 aa  507  9.999999999999999e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.285484  normal  0.795588 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2558  recombinase A  72.09 
 
 
362 aa  507  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352201  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1986  recombinase A  72.09 
 
 
361 aa  505  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1522  recombinase A  72.7 
 
 
361 aa  507  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0597  recombinase A  72.87 
 
 
356 aa  504  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.408398  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1165  recombinase A  72.09 
 
 
424 aa  507  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1765  recombinase A  73.37 
 
 
348 aa  504  1e-141  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1765  recombinase A  73.37 
 
 
348 aa  503  1e-141  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1280  recombinase A  67.63 
 
 
362 aa  502  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.118352  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0019  recombinase A  75.15 
 
 
339 aa  502  1e-141  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  71.17 
 
 
366 aa  501  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1616  recombinase A  68.79 
 
 
362 aa  503  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3524  recA protein  72.7 
 
 
355 aa  503  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00288101 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0881  recombinase A  74.61 
 
 
343 aa  501  1e-140  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.115374  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1287  recombinase A  77.23 
 
 
343 aa  499  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.569427  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4376  recombinase A  68.12 
 
 
363 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2197  recombinase A  80 
 
 
364 aa  499  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000188561  hitchhiker  0.00000561972 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1230  recombinase A  71.34 
 
 
357 aa  499  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.460816  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1263  recombinase A  71.78 
 
 
360 aa  501  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.778933  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2228  recA protein  72.01 
 
 
363 aa  498  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522428  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0988  recombinase A  74.61 
 
 
343 aa  501  1e-140  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3732  recA protein  72.34 
 
 
358 aa  495  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000212043 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1629  recombinase A  72.78 
 
 
355 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.849206  normal  0.20246 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0727  recombinase A  71.78 
 
 
347 aa  496  1e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.794192  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0387  recA protein  72.35 
 
 
347 aa  496  1e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4088  recombinase A  72.78 
 
 
355 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4152  recombinase A  77.68 
 
 
343 aa  496  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1231  recombinase A  72.78 
 
 
355 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000000176903 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  72.7 
 
 
343 aa  498  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1730  recombinase A  67.83 
 
 
363 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00591118  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4030  recombinase A  72.78 
 
 
355 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104307  unclonable  0.0000000000000597568 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1006  recA protein  71.95 
 
 
359 aa  496  1e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5453  recombinase A  68.82 
 
 
362 aa  497  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1610  recA protein  68.39 
 
 
390 aa  495  1e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5503  recA protein  73.25 
 
 
363 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468538  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3741  recombinase A  67.25 
 
 
364 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.709907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2824  recA protein  70.52 
 
 
366 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217843  normal  0.126726 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  67.54 
 
 
363 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0634  recombinase A  68.68 
 
 
347 aa  491  9.999999999999999e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.139362  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2629  recA protein  72.73 
 
 
366 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0291  recA protein  72.95 
 
 
363 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0355806  hitchhiker  0.00687417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2601  recA protein  70.52 
 
 
366 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.2342 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03079  recombinase A  71.56 
 
 
348 aa  489  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.353429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38560  recombinase A  72.17 
 
 
349 aa  489  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3015  recombinase A  70.66 
 
 
347 aa  489  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.514179  hitchhiker  0.000000000000973321 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3161  recombinase A  70.59 
 
 
336 aa  488  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0623  recA protein  71.04 
 
 
352 aa  488  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17530  recombinase A  71.87 
 
 
346 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1523  recombinase A  71.87 
 
 
346 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1981  recombinase A  72.53 
 
 
349 aa  491  1e-137  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00686398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4080  recombinase A  69.63 
 
 
361 aa  486  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2105  recombinase A  72.65 
 
 
357 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.577481 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2082  recombinase A  72.76 
 
 
347 aa  485  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>