75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6029 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6029  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.065223  normal  0.116693 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0016  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.598458 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0031  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.390279  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0069  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.299902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4319  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.663542  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0105  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0044  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000110049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0015  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0087  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0256242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0091  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA61  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t25  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.532363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000281433  hitchhiker  0.00000200758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0037  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0007  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0011  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0020  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156043  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0063  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0009  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1865  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0008  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.297445  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0005  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2514  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0272965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2521  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000668115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2524  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000475976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2532  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2620  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0852955  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2627  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2629  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2218  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  96.3 
 
 		 141 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000293219  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0956  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0049  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.099885  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2225  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000670564  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2315  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2313  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2306  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000790544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2236  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000133551  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2228  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000002233  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0005  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.119757  normal  0.77119 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0007  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.476164 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>