More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_5003 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_5003  hypothetical protein  100 
 
 
305 aa  612  9.999999999999999e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  hitchhiker  0.00420621 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1447  alpha/beta hydrolase fold protein  23.49 
 
 
271 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0837  putative esterase  43.52 
 
 
258 aa  90.5  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0737  alpha/beta hydrolase fold protein  35.66 
 
 
273 aa  90.5  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.755425  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  37.82 
 
 
265 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1736  alpha/beta hydrolase fold  42.98 
 
 
290 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2510  alpha/beta hydrolase fold protein  30.61 
 
 
267 aa  85.5  9e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00182924  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2628  non-heme peroxidase, putative  36.65 
 
 
273 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6136  alpha/beta hydrolase fold protein  41.88 
 
 
294 aa  83.2  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.015637 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0310  alpha/beta hydrolase fold  36.8 
 
 
324 aa  83.2  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal  0.178465 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1760  alpha/beta hydrolase fold  39.1 
 
 
302 aa  81.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.176394  normal  0.0428772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  43.1 
 
 
368 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  43.1 
 
 
368 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  43.1 
 
 
368 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2179  alpha/beta hydrolase fold protein  40.91 
 
 
271 aa  79.7  0.00000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4334  alpha/beta hydrolase fold protein  27.68 
 
 
278 aa  79.3  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0684332 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  43.1 
 
 
370 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1401  3-oxoadipate enol-lactonase  40.82 
 
 
256 aa  79  0.00000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.926851 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0031  Alpha/beta hydrolase fold  33.13 
 
 
274 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1759  Alpha/beta hydrolase fold hydrolase or acyltransferase  27.64 
 
 
265 aa  78.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11889  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2417  Alpha/beta hydrolase fold  37.78 
 
 
302 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0271863 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0843  Alpha/beta hydrolase fold  38.28 
 
 
272 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3602  alpha/beta hydrolase fold  28.04 
 
 
264 aa  79  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1367  3-oxoadipate enol-lactonase  40.82 
 
 
256 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3834  alpha/beta hydrolase fold  35.71 
 
 
270 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441877 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  42.24 
 
 
370 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1385  3-oxoadipate enol-lactonase  40.82 
 
 
256 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.279159  normal  0.947236 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0362  alpha/beta hydrolase fold protein  29.68 
 
 
323 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.737133 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1465  alpha/beta hydrolase fold  39.83 
 
 
296 aa  78.2  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4047  alpha/beta hydrolase fold  25.44 
 
 
270 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0595  putative lactone hydrolase  33.52 
 
 
265 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1683  hydrolase  42.59 
 
 
257 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000746451  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2696  alpha/beta hydrolase fold  24.63 
 
 
291 aa  77.8  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.498963  decreased coverage  0.00208278 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4769  alpha/beta hydrolase fold  35.9 
 
 
282 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4540  alpha/beta fold family hydrolase  34.82 
 
 
270 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1579  alpha/beta fold family hydrolase  38.18 
 
 
265 aa  77.4  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0693  alpha/beta hydrolase fold  36.13 
 
 
258 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4425  esterase V  34.81 
 
 
278 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2443  alpha/beta hydrolase fold  38.36 
 
 
275 aa  77.4  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.752916  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1350  alpha/beta hydrolase fold  34.82 
 
 
270 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_004310  BR1264  alpha/beta fold family hydrolase  42.06 
 
 
256 aa  77  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.669274  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0162  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase family protein  37.7 
 
 
274 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1587  alpha/beta hydrolase fold protein  30.07 
 
 
301 aa  77  0.0000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0369  alpha/beta hydrolase fold protein  33.56 
 
 
262 aa  76.6  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.598497 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3581  alpha/beta hydrolase fold  38.64 
 
 
302 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0259  alpha/beta hydrolase fold protein  40.52 
 
 
308 aa  76.6  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.951313  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4165  3-oxoadipate enol-lactonase  45 
 
 
256 aa  76.3  0.0000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0146  alpha/beta hydrolase fold  39.83 
 
 
306 aa  76.3  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.618163 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2846  alpha/beta hydrolase  26.01 
 
 
263 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1226  alpha/beta fold family hydrolase  41.12 
 
 
256 aa  76.3  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4089  hydrolase, alpha/beta fold family  32.28 
 
 
262 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.05653  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6666  alpha/beta hydrolase fold  41.74 
 
 
294 aa  76.3  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.203299  normal  0.734858 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0490  alpha/beta hydrolase fold  42.73 
 
 
283 aa  75.9  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  47.06 
 
 
374 aa  75.9  0.0000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0571139 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5868  alpha/beta hydrolase fold protein  33.33 
 
 
281 aa  75.5  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.139447 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1823  alpha/beta hydrolase fold protein  39.47 
 
 
322 aa  75.5  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0646  3-oxoadipate enol-lactonase (pcaD)  34.53 
 
 
263 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.063322 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3261  alpha/beta hydrolase fold protein  28.01 
 
 
272 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  normal  0.718789 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  42.74 
 
 
371 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2410  alpha/beta hydrolase fold protein  39.83 
 
 
265 aa  75.5  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.991498  normal  0.124354 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2456  alpha/beta hydrolase fold  38.6 
 
 
278 aa  75.5  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0153839  normal  0.505758 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5140  alpha/beta hydrolase fold  41.75 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.773664  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004122  putative esterase/lipase ybfF  37.96 
 
 
255 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000112375  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  41.88 
 
 
371 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3235  alpha/beta hydrolase fold  28.78 
 
 
316 aa  74.3  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.423188  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4013  alpha/beta hydrolase fold protein  38.68 
 
 
266 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0115  alpha/beta hydrolase fold protein  35 
 
 
267 aa  74.3  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  41.88 
 
 
371 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5984  alpha/beta hydrolase fold  37.5 
 
 
300 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0152397 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  41.88 
 
 
371 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3257  alpha/beta hydrolase fold protein  37.88 
 
 
302 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1589  alpha/beta hydrolase fold  37.5 
 
 
297 aa  75.1  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000678244  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  29.2 
 
 
314 aa  74.7  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0881  alpha/beta hydrolase fold protein  37.5 
 
 
307 aa  75.1  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.415782 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4111  alpha/beta hydrolase fold protein  41.74 
 
 
288 aa  73.9  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0346007  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2473  hypothetical protein  36.94 
 
 
286 aa  73.9  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2992  Haloacetate dehalogenase H-1  38.02 
 
 
295 aa  73.9  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.779666  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2849  alpha/beta hydrolase fold  42.86 
 
 
254 aa  73.9  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0147  alpha/beta hydrolase  40.35 
 
 
282 aa  74.3  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  41.38 
 
 
370 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4523  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  39.18 
 
 
271 aa  73.9  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104364  normal  0.231171 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04395  hydrolase, alpha/beta fold family protein  30.26 
 
 
263 aa  73.9  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.681804  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29750  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  29.57 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3110  alpha/beta hydrolase fold protein  33.78 
 
 
304 aa  73.9  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2762  alpha/beta hydrolase fold protein  36.89 
 
 
280 aa  73.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01343  hypothetical protein  36.17 
 
 
255 aa  73.6  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3250  Alpha/beta hydrolase fold  33.59 
 
 
273 aa  73.2  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000180136  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7407  Alpha/beta hydrolase  40.15 
 
 
274 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.945303 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0935  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  41.38 
 
 
370 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1011  alpha/beta hydrolase fold  25.99 
 
 
322 aa  73.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.99925 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36070  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  40.35 
 
 
313 aa  73.6  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.338915  normal  0.660761 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5788  alpha/beta hydrolase fold protein  35.54 
 
 
321 aa  73.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3939  Alpha/beta hydrolase fold  32.52 
 
 
270 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1083  alpha/beta hydrolase fold  37.5 
 
 
291 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4676  3-oxoadipate enol-lactonase  36.67 
 
 
259 aa  73.2  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.256206  normal  0.172762 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1083  alpha/beta hydrolase fold  37.5 
 
 
291 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5449  alpha/beta hydrolase fold  41.12 
 
 
272 aa  72.8  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.343862 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0511  alpha/beta hydrolase fold protein  40.18 
 
 
265 aa  72.8  0.000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327319  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13040  3-oxoadipate enol-lactonase  41 
 
 
261 aa  72.8  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3893  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase family protein  27.59 
 
 
328 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.28749  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>