More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4216 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009959  Dshi_4216  hypothetical protein  100 
 
 
440 aa  868    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4322  hypothetical protein  59.68 
 
 
466 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245057  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4216  hypothetical protein  59.68 
 
 
469 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.332762  normal  0.739533 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3301  hypothetical protein  56.82 
 
 
464 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.844071 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3305  putative ubiquinol-cytochrome-c reductase assembly protein  57.27 
 
 
451 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4038  hypothetical protein  57.27 
 
 
451 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0837  hypothetical protein  53.97 
 
 
432 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3948  ABC-1 domain protein  54.02 
 
 
454 aa  455  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.234521  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1130  hypothetical protein  51.61 
 
 
446 aa  451  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3125  hypothetical protein  55.42 
 
 
441 aa  439  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0113862  normal  0.167707 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3369  hypothetical protein  50.92 
 
 
457 aa  399  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.413428  normal  0.668724 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0889  hypothetical protein  43.76 
 
 
440 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04036  ABC-1 protein  44.5 
 
 
455 aa  395  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000564  putative ABC transporter  46.39 
 
 
440 aa  393  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00203644  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05324  hypothetical protein  46.39 
 
 
440 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1170  hypothetical protein  45.62 
 
 
457 aa  352  5.9999999999999994e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80246  mitochondrial chaperone  37.64 
 
 
560 aa  279  7e-74  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.763396  normal 
 
 
-
 
NC_006687  CNE00990  ubiquinone biosynthesis-related protein, putative  35.48 
 
 
629 aa  259  7e-68  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0509253  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06572  molecular chaperone (ABC1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G04380)  36.43 
 
 
767 aa  258  1e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.103291  normal  0.0776112 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9634  predicted protein  33.11 
 
 
480 aa  223  8e-57  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1060  ABC transporter  30.69 
 
 
495 aa  192  1e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1420  hypothetical protein  33 
 
 
486 aa  192  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2406  hypothetical protein  31.01 
 
 
468 aa  192  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1402  hypothetical protein  30.69 
 
 
495 aa  191  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2816  hypothetical protein  30.43 
 
 
434 aa  179  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0940  hypothetical protein  28.73 
 
 
433 aa  169  7e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1153  hypothetical protein  36.28 
 
 
470 aa  168  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0883  hypothetical protein  33.73 
 
 
455 aa  167  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.294077 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2053  hypothetical protein  30.29 
 
 
461 aa  166  9e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000184896 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1477  hypothetical protein  28.51 
 
 
433 aa  165  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.533702  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0767  hypothetical protein  27.25 
 
 
432 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0275646  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2880  ABC-1 domain protein  33.24 
 
 
456 aa  162  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00208044  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3146  hypothetical protein  34.12 
 
 
455 aa  160  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0310282 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2961  ABC transporter-like protein  33.24 
 
 
437 aa  160  4e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.231531  normal  0.501384 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2802  hypothetical protein  31.69 
 
 
453 aa  160  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.193583  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1076  hypothetical protein  32.14 
 
 
453 aa  159  9e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.329046  normal  0.448714 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2984  ABC-1 domain protein  32.75 
 
 
456 aa  159  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2757  hypothetical protein  32.75 
 
 
456 aa  158  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4382  ABC-1 domain-containing protein  31.12 
 
 
448 aa  157  3e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3042  ABC-1 domain protein  30.45 
 
 
438 aa  157  5.0000000000000005e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.166576  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4228  ABC-1 domain protein  33.81 
 
 
440 aa  156  7e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3754  ABC-1 domain protein  33.1 
 
 
447 aa  155  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0938  hypothetical protein  35.6 
 
 
543 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0169298  normal  0.687676 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1051  ABC-1 domain protein  33.33 
 
 
462 aa  151  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.193182  normal  0.0308859 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0211  ABC-1 domain protein  32.74 
 
 
453 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399636  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07600  predicted unusual protein kinase  30.47 
 
 
448 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.364742  normal  0.439478 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3825  ABC-1 domain protein  35.48 
 
 
481 aa  149  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.197309  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3788  hypothetical protein  33.07 
 
 
574 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.75918  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3738  ABC-1 domain protein  33.12 
 
 
455 aa  145  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0582734  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1592  ABC-1 domain protein  30.45 
 
 
443 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.74344  normal  0.15774 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8354  ABC1 family protein  32.66 
 
 
445 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.114223  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0934  ABC-1 domain protein  34.63 
 
 
436 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.365672  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1481  hypothetical protein  29.84 
 
 
452 aa  143  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.853586  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0457  ABC-1 domain protein  29.41 
 
 
475 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5542  hypothetical protein  31.44 
 
 
476 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0149427 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2193  Abc1 protein  32.47 
 
 
452 aa  141  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.116003  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3736  hypothetical protein  29.18 
 
 
448 aa  140  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0607529  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1769  hypothetical protein  32.71 
 
 
451 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.967615 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4117  hypothetical protein  28.95 
 
 
499 aa  138  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.278989  normal  0.434139 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6206  ABC-1 domain protein  30.47 
 
 
454 aa  138  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0987  protein kinase  25.86 
 
 
438 aa  138  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.290468  normal  0.0246487 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1810  hypothetical protein  28.8 
 
 
445 aa  138  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.539827  normal  0.0402185 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0438  ABC-1 domain protein  29.68 
 
 
473 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5541  hypothetical protein  33.65 
 
 
473 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0141158 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0964  hypothetical protein  33.24 
 
 
445 aa  137  4e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0852448  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3492  ABC-1 domain protein  28.64 
 
 
438 aa  134  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.174728  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1411  hypothetical protein  28.14 
 
 
445 aa  133  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.644627  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1429  hypothetical protein  28.14 
 
 
445 aa  133  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1924  ABC-1 domain protein  26.09 
 
 
441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1465  hypothetical protein  27.91 
 
 
445 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3445  ABC-1 domain protein  34.2 
 
 
450 aa  130  7.000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2048  ABC-1 domain protein  30.18 
 
 
470 aa  129  9.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1656  hypothetical protein  30.41 
 
 
485 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4658  hypothetical protein  27.59 
 
 
445 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.571674  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0328  ABC-1 domain protein  32.84 
 
 
454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.170682 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1519  hypothetical protein  32.9 
 
 
483 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3257  ABC-1 domain protein  30.18 
 
 
456 aa  126  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.883492 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1325  hypothetical protein  33.21 
 
 
619 aa  125  2e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.128955  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13218  ATP-binding protein ABC transporter  30.82 
 
 
447 aa  124  4e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.514714 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3311  ABC-1 domain protein  24.15 
 
 
433 aa  124  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21981  hypothetical protein  32.86 
 
 
619 aa  123  6e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.544475  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1693  ABC-1 domain protein  37.08 
 
 
565 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.12515  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5305  ABC-1 domain protein  37.08 
 
 
565 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3896  ABC-1 domain protein  32.49 
 
 
477 aa  123  7e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2106  hypothetical protein  34.65 
 
 
559 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766182 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3886  unusual protein kinase-like  27.72 
 
 
480 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1648  2-octaprenylphenol hydroxylase  31.25 
 
 
559 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_2246  predicted protein  34.44 
 
 
299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0990218  normal  0.121296 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6435  ABC-1 domain protein  29.41 
 
 
473 aa  120  6e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0062  hypothetical protein  23.98 
 
 
434 aa  120  7e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1733  hypothetical protein  32.73 
 
 
557 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00187554  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1228  unusual protein kinase  32.51 
 
 
606 aa  117  3e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.99408  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1965  ABC-1 domain protein  31.54 
 
 
564 aa  118  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.564803  normal  0.247852 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07540  hypothetical protein  24.43 
 
 
440 aa  117  3.9999999999999997e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3756  ABC-1 domain protein  32.71 
 
 
563 aa  117  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1464  2-polyprenylphenol 6-hydroxylase  27.72 
 
 
555 aa  117  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00546242  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1606  ABC-1 domain protein  31.55 
 
 
566 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1337  2-octaprenylphenol hydroxylase  33.76 
 
 
549 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1207  ABC transporter  28 
 
 
556 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.694462  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02271  putative kinase  26.82 
 
 
555 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>