More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4187 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009959  Dshi_4187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
251 aa  476  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.616361 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254441  normal  0.608264 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230241  normal  0.644528 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
277 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
264 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.45 
 
 
261 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 
280 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.615395  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
273 aa  106  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.236833  normal  0.156772 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.91 
 
 
246 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.22 
 
 
264 aa  103  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  33.48 
 
 
263 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.17 
 
 
264 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
263 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  34.17 
 
 
264 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 
253 aa  103  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.605397 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.45 
 
 
270 aa  102  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
317 aa  102  6e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0255815  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0213  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
252 aa  102  7e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.73 
 
 
291 aa  102  8e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.466071  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.83 
 
 
273 aa  102  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
273 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
285 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.269465 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
283 aa  100  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.894639  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  28.32 
 
 
282 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
264 aa  99.8  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.91 
 
 
281 aa  99.4  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695693  normal  0.331928 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.34 
 
 
287 aa  99  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0773955  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.17 
 
 
263 aa  98.6  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
270 aa  98.6  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
270 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0183453  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
245 aa  98.2  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
248 aa  97.8  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325809  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.51 
 
 
279 aa  97.4  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.208956  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19570  ABC transporter permease  33.64 
 
 
262 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
270 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0890555  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
281 aa  96.7  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.265456 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
270 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
270 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
263 aa  96.3  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4705  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.91 
 
 
270 aa  95.9  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
250 aa  96.3  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.312611  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7650  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  31.74 
 
 
247 aa  95.9  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621765  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.76 
 
 
250 aa  95.5  7e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.09 
 
 
281 aa  95.5  8e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1684  ABC transporter permease  34.33 
 
 
262 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0784  putative ABC transporter, permease protein  30.47 
 
 
250 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.605831  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
256 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4332  ABC transporter permease  32.14 
 
 
298 aa  94.7  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1369  ABC transporter membrane protein  31.36 
 
 
272 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  32.33 
 
 
286 aa  94.4  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7502  ABC transporter permease  33.47 
 
 
256 aa  94.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2712  sulfonate ABC transporter permease  33.67 
 
 
282 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2920  sulfonate ABC transporter permease protein  33.67 
 
 
282 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
267 aa  94  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
247 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0797  ABC transporter, permease protein, putative  30.17 
 
 
250 aa  93.2  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0637  ABC transporter, permease  29.74 
 
 
250 aa  93.2  4e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00537874  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0637  ABC transporter, permease  29.74 
 
 
250 aa  92.8  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3877  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
282 aa  93.2  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.901388  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
273 aa  92.8  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.5369  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0804  putative ABC transporter, permease protein  29.66 
 
 
250 aa  92.8  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22036e-46 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0881  putative ABC transporter, permease protein  29.74 
 
 
251 aa  92.8  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00328051  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0693  ABC transporter permease  29.74 
 
 
250 aa  92.4  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0727  ABC transporter permease  29.74 
 
 
250 aa  92.4  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363276  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
270 aa  92.4  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
283 aa  92.4  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189471  normal  0.0804385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
315 aa  91.7  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
271 aa  91.7  9e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
239 aa  91.7  9e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.284515 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
276 aa  92  9e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.429644  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4547  putative ABC transporter, permease protein  29.61 
 
 
251 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.113137  normal  0.441246 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 
253 aa  91.3  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.283078  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0467  taurine ABC transporter, permease protein, putative  30.99 
 
 
272 aa  90.5  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
292 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1238  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  31.88 
 
 
273 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.466833  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1990  aliphatic sulfonates ABC transporter, permease protein  31.88 
 
 
273 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.088895  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.8 
 
 
260 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2492  ABC aliphatic sulfonates transporter, innermembrane subunit  34.88 
 
 
280 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.773133 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0406  putative taurine ABC transporter, permease protein  30.99 
 
 
272 aa  90.5  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.74 
 
 
259 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00657833 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.2 
 
 
254 aa  90.5  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.157809 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.51 
 
 
254 aa  90.5  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00112586  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1724  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  31.88 
 
 
273 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0381  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  31.88 
 
 
273 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.410212  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0780  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  31.88 
 
 
273 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175921  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
299 aa  90.1  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
280 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.69 
 
 
251 aa  90.1  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1837  aliphatic sulfonates ABC transporter, permease protein  32.14 
 
 
269 aa  90.1  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.669476  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1834  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.76 
 
 
268 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.101401  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17280  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  31.71 
 
 
325 aa  89.7  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.158115  normal  0.544115 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.3 
 
 
453 aa  89.7  4e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
282 aa  89.4  5e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0113678 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  30.59 
 
 
272 aa  89.4  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1822  aliphatic sulfonates ABC transporter, permease protein  32.75 
 
 
269 aa  89.4  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
265 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2132  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  25.32 
 
 
262 aa  89.4  6e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.38 
 
 
200 aa  89  6e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.711795  normal  0.191402 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.13 
 
 
297 aa  89.4  6e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.283538  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.08 
 
 
294 aa  89  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136656  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>