More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4160 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009959  Dshi_4160  protochlorophyllide oxidoreductase  100 
 
 
328 aa  672    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.297736  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2503  protochlorophyllide oxidoreductase  66.04 
 
 
321 aa  432  1e-120  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0476532  hitchhiker  0.00139691 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0109  protochlorophyllide oxidoreductase  57.14 
 
 
323 aa  388  1e-107  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0740  protochlorophyllide oxidoreductase  62.82 
 
 
316 aa  376  1e-103  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1623  protochlorophyllide oxidoreductase  59.62 
 
 
318 aa  368  1e-101  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.783305  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4969  protochlorophyllide oxidoreductase  55.08 
 
 
325 aa  365  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0294  protochlorophyllide oxidoreductase  53.8 
 
 
329 aa  361  9e-99  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.920312 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05961  protochlorophyllide oxidoreductase  54.43 
 
 
337 aa  359  3e-98  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.641306 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0190  light-dependent protochlorophyllide reductase  54.97 
 
 
321 aa  358  7e-98  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.71364  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1871  protochlorophyllide oxidoreductase  54.43 
 
 
337 aa  358  9e-98  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1998  protochlorophyllide oxidoreductase  53.58 
 
 
320 aa  343  2e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05441  protochlorophyllide oxidoreductase  53.8 
 
 
338 aa  342  5.999999999999999e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07921  protochlorophyllide oxidoreductase  52.94 
 
 
334 aa  337  9.999999999999999e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3774  protochlorophyllide oxidoreductase  52.48 
 
 
320 aa  326  3e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0260841  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3722  protochlorophyllide oxidoreductase  52.48 
 
 
320 aa  326  4.0000000000000003e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05981  protochlorophyllide oxidoreductase  49.85 
 
 
334 aa  317  2e-85  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05681  protochlorophyllide oxidoreductase  50 
 
 
334 aa  315  8e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0542  protochlorophyllide oxidoreductase  48.01 
 
 
334 aa  307  1.0000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06061  protochlorophyllide oxidoreductase  47.4 
 
 
334 aa  306  2.0000000000000002e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.901695  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_56608  predicted protein  41.39 
 
 
433 aa  261  8.999999999999999e-69  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56588  predicted protein  39.23 
 
 
545 aa  241  2e-62  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_4180  predicted protein  42.73 
 
 
328 aa  227  2e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0280434  decreased coverage  0.000647505 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_4520  predicted protein  35.05 
 
 
330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.645511  normal  0.871752 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0074  putative light-dependent protochlorophyllide oxido-reductase  28.17 
 
 
340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.120468  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06971  putative light-dependent protochlorophyllide oxido-reductase  28.62 
 
 
340 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.938537  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13231  putative light-dependent protochlorophyllide oxido-reductase  29.38 
 
 
348 aa  123  4e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.379961 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1268  chlorophyll synthase / NADPH-protochlorophyllide oxidoreductase  32.62 
 
 
328 aa  119  6e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_43164  predicted protein  39.49 
 
 
298 aa  118  9.999999999999999e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
298 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1216  light-dependent protochlorophyllide oxido-reductase  33.23 
 
 
322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.29 
 
 
312 aa  116  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  31.45 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.56 
 
 
297 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.66 
 
 
298 aa  107  4e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10309  dehydrogenase/reductase  29.6 
 
 
302 aa  106  7e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0691061  normal  0.130665 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  31.75 
 
 
299 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  34 
 
 
316 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
301 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.02 
 
 
303 aa  102  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  30.06 
 
 
300 aa  101  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
298 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  33.04 
 
 
309 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  28.01 
 
 
317 aa  99.8  5e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  31.08 
 
 
300 aa  99  9e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  39.04 
 
 
308 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  38.62 
 
 
300 aa  98.2  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.19 
 
 
298 aa  97.4  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 
300 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 
300 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  28.12 
 
 
303 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
305 aa  95.5  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.89 
 
 
328 aa  95.1  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  32.81 
 
 
306 aa  94.7  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.45 
 
 
329 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  29.45 
 
 
329 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  30.22 
 
 
309 aa  95.1  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07001  putative light-dependent protochlorophyllide oxido-reductase  25 
 
 
333 aa  94.7  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.825166  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  29.45 
 
 
333 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_88990  predicted protein  30.86 
 
 
363 aa  94  3e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0137755 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  30.22 
 
 
309 aa  94  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
287 aa  94  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_89854  predicted protein  30.86 
 
 
363 aa  94  3e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.264825  hitchhiker  0.0060203 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.93 
 
 
319 aa  93.2  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
304 aa  93.2  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  32.48 
 
 
303 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  29.33 
 
 
309 aa  92.8  7e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.22 
 
 
307 aa  92.8  8e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  31.08 
 
 
302 aa  92.4  1e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
303 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.55 
 
 
306 aa  92  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  30.16 
 
 
305 aa  92  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  28.34 
 
 
302 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.89 
 
 
327 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.1 
 
 
316 aa  90.9  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
322 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26328  normal  0.398139 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
326 aa  89.7  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
328 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.392114 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
320 aa  89.7  6e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07421  putative light-dependent protochlorophyllide oxido-reductase  27.11 
 
 
335 aa  89.7  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.784304  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  29.85 
 
 
301 aa  89.7  7e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.67 
 
 
309 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  29.47 
 
 
292 aa  89  9e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 
301 aa  88.6  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.99 
 
 
324 aa  89  1e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  29.48 
 
 
306 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  28.53 
 
 
305 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3626  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
306 aa  86.7  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.474498  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.99 
 
 
312 aa  86.3  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
306 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.0957503 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_5484  predicted protein  32.31 
 
 
206 aa  86.3  7e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0315179  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.31 
 
 
294 aa  86.3  7e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3427  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 
301 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.779859  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 
301 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.981527  normal  0.0865499 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 
301 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.89804  unclonable  0.0000194239 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3314  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.51 
 
 
320 aa  85.9  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167098 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 
304 aa  85.9  9e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1138  putative dehydrogenase  32.43 
 
 
329 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.530654  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.67 
 
 
288 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 
309 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37207  hitchhiker  0.00818757 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66520  putative short chain dehydrogenase  32.46 
 
 
309 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.973643  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>