More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3681 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03871  thiamine biosynthesis protein ThiC  67.81 
 
 
631 aa  838    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4000  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.3 
 
 
631 aa  843    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0670  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.36 
 
 
643 aa  838    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0360653  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0482  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.36 
 
 
643 aa  838    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.292381  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4922  thiamine biosynthesis protein ThiC  70.18 
 
 
626 aa  850    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2110  thiamine biosynthesis protein ThiC  62.56 
 
 
587 aa  743    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.675546 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2710  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.22 
 
 
624 aa  828    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0113  thiamine biosynthesis protein ThiC  63.43 
 
 
631 aa  772    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.285617 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5341  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.54 
 
 
586 aa  837    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0250  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.1 
 
 
658 aa  841    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1268  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.07 
 
 
536 aa  653    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.438746  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2445  thiamine biosynthesis protein ThiC  63.75 
 
 
721 aa  797    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4976  thiamin biosynthesis protein ThiC  68.21 
 
 
629 aa  833    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5076  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.37 
 
 
586 aa  837    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4908  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.54 
 
 
586 aa  838    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4920  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.54 
 
 
586 aa  838    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3090  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.36 
 
 
643 aa  838    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0544  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.38 
 
 
629 aa  835    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0086  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.64 
 
 
691 aa  823    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3921  thiamine biosynthesis protein ThiC  70.38 
 
 
638 aa  848    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1401  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.36 
 
 
643 aa  837    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0205  thiamine biosynthesis protein ThiC  65.34 
 
 
626 aa  790    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0278  thiamine biosynthesis protein ThiC  63.19 
 
 
565 aa  739    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3661  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.15 
 
 
614 aa  841    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2694  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.67 
 
 
652 aa  838    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.742953  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2468  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.57 
 
 
646 aa  880    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3201  thiamine biosynthesis protein ThiC  74.84 
 
 
619 aa  932    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.814938 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1528  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.36 
 
 
643 aa  837    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2828  thiamine biosynthesis protein ThiC  70.22 
 
 
624 aa  857    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.177049  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0492  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.37 
 
 
629 aa  840    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0943388  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0337  thiamine biosynthesis protein ThiC  62.87 
 
 
596 aa  731    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1197  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.36 
 
 
643 aa  838    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0705849  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4331  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.7 
 
 
643 aa  829    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0917809  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1463  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.88 
 
 
565 aa  672    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1922  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.61 
 
 
712 aa  799    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0609  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.71 
 
 
627 aa  837    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1610  thiamine biosynthesis protein ThiC  67.42 
 
 
628 aa  836    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.403186  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0148  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.22 
 
 
630 aa  888    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5463  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.37 
 
 
586 aa  837    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0529454  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0207  thiamine biosynthesis protein ThiC  67.92 
 
 
630 aa  841    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2096  thiamine biosynthesis protein ThiC  64.06 
 
 
683 aa  817    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0965  thiamine biosynthesis protein ThiC  73.12 
 
 
606 aa  889    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.831801  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2285  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.17 
 
 
635 aa  848    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2008  thiamine biosynthesis protein ThiC  65.85 
 
 
621 aa  805    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.578808  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0896  thiamine biosynthesis protein ThiC  62.44 
 
 
647 aa  783    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.116715  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2844  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.23 
 
 
648 aa  839    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2452  thiamine biosynthesis protein ThiC  65.41 
 
 
645 aa  798    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0383  thiamine biosynthesis protein ThiC  63.8 
 
 
652 aa  741    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1954  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.84 
 
 
646 aa  892    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1824  thiamine biosynthesis protein ThiC  72.98 
 
 
626 aa  919    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.484584  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0798  thiamine biosynthesis protein ThiC  64.17 
 
 
554 aa  744    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1708  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.18 
 
 
624 aa  850    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.998594  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0369  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.83 
 
 
638 aa  866    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2162  thiamine biosynthesis protein ThiC  62.86 
 
 
709 aa  870    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2530  thiamine biosynthesis protein ThiC  72.74 
 
 
628 aa  866    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0037  thiamine biosynthesis protein ThiC  64.91 
 
 
638 aa  818    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1449  thiamine biosynthesis protein ThiC  67.79 
 
 
643 aa  832    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.158146 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1770  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.52 
 
 
686 aa  818    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0446  thiamine biosynthesis protein ThiC  71.29 
 
 
611 aa  904    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3432  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.07 
 
 
641 aa  891    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0959  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.62 
 
 
633 aa  855    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2896  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.22 
 
 
643 aa  897    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.60996  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0093  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.17 
 
 
628 aa  815    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.447286  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0162  thiamine biosynthesis protein ThiC  64.96 
 
 
625 aa  784    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.268503  normal  0.952557 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0041  thiamine biosynthesis protein ThiC  63.45 
 
 
622 aa  786    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.321035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4798  thiamine biosynthesis protein ThiC  70.02 
 
 
626 aa  847    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1924  thiamine biosynthesis protein ThiC  67.33 
 
 
609 aa  813    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.471562  normal  0.405716 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2054  thiamine biosynthesis protein ThiC  81.59 
 
 
608 aa  1004    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2370  thiamine biosynthesis protein ThiC  73.1 
 
 
630 aa  906    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.211689 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0742  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.86 
 
 
643 aa  836    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1931  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.89 
 
 
628 aa  844    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2561  thiamine biosynthesis protein ThiC  84.23 
 
 
608 aa  1072    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.117282  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0240  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.77 
 
 
630 aa  849    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.211755 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0754  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.71 
 
 
528 aa  647    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1603  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.11 
 
 
607 aa  838    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.517064  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3883  thiamine biosynthesis protein ThiC  63.29 
 
 
530 aa  734    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1881  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.27 
 
 
720 aa  798    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2097  thiamine biosynthesis protein ThiC  65.92 
 
 
720 aa  795    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1316  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.48 
 
 
630 aa  834    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2201  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.67 
 
 
666 aa  807    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0569  thiamine biosynthesis protein ThiC  74.92 
 
 
623 aa  927    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000923464  decreased coverage  0.00000172451 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1105  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.86 
 
 
643 aa  837    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.259511  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65740  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.88 
 
 
627 aa  849    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2487  thiamine biosynthesis protein ThiC  63.14 
 
 
626 aa  718    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.320621  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1223  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.86 
 
 
643 aa  836    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0019  thiamine biosynthesis protein ThiC  65.07 
 
 
638 aa  823    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.691133  normal  0.432221 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6226  thiamine biosynthesis protein ThiC  71.27 
 
 
633 aa  908    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642096  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1936  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.44 
 
 
720 aa  797    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0052  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.21 
 
 
585 aa  824    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.187685  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1395  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.36 
 
 
643 aa  837    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1034  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.15 
 
 
592 aa  781    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1523  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.72 
 
 
631 aa  819    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.428931  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0829  thiamine biosynthesis protein ThiC  67.82 
 
 
617 aa  827    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510545  normal  0.639262 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1851  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.45 
 
 
566 aa  662    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2944  thiamine biosynthesis protein ThiC  79.56 
 
 
599 aa  976    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.858401  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3400  thiamine biosynthesis protein ThiC  62.29 
 
 
561 aa  705    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.557374  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1860  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.58 
 
 
664 aa  823    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0360  thiamine biosynthesis protein ThiC  65.87 
 
 
656 aa  824    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.556532  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0725  thiamine biosynthesis protein ThiC  61.24 
 
 
516 aa  681    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.186933 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0803  thiamine biosynthesis protein ThiC  71.65 
 
 
654 aa  864    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>