272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3653 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009955  Dshi_3653  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
516 aa  1065    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000703924 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3926  DNA-directed DNA polymerase  37.86 
 
 
530 aa  376  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201951  hitchhiker  0.000100344 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0044  DNA polymerase I  27.18 
 
 
911 aa  87  7e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.812891  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2063  DNA polymerase I  26.68 
 
 
955 aa  83.2  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.045949  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0360  DNA polymerase I  26 
 
 
879 aa  81.3  0.00000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1802  DNA polymerase I  27.01 
 
 
894 aa  80.5  0.00000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000838871 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1620  DNA polymerase I  25.6 
 
 
879 aa  80.5  0.00000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0383  DNA polymerase I  25.6 
 
 
879 aa  80.1  0.0000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3941  DNA polymerase I  31.9 
 
 
924 aa  79.7  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  25.78 
 
 
939 aa  79.7  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0229  DNA polymerase I  27.74 
 
 
875 aa  79  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1341  DNA polymerase I  28.38 
 
 
879 aa  78.2  0.0000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1637  DNA polymerase I  24.94 
 
 
936 aa  75.9  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2019  DNA polymerase I  25.68 
 
 
885 aa  74.7  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.206031  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1725  DNA polymerase I  26.13 
 
 
875 aa  74.3  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4423  DNA polymerase I  23.33 
 
 
1016 aa  73.9  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3125  DNA polymerase I  27.19 
 
 
861 aa  73.6  0.000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1688  DNA polymerase I  30.87 
 
 
940 aa  73.2  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0087  DNA polymerase I  29.78 
 
 
903 aa  72  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  23.86 
 
 
930 aa  72.4  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  25.29 
 
 
934 aa  72.4  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4103  DNA polymerase I  22.86 
 
 
999 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  24.2 
 
 
912 aa  71.6  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1244  DNA polymerase I  25.72 
 
 
902 aa  71.2  0.00000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  28.25 
 
 
951 aa  70.9  0.00000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  28.32 
 
 
922 aa  70.5  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1705  DNA polymerase I  27.93 
 
 
879 aa  70.5  0.00000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1283  DNA polymerase I  26.27 
 
 
893 aa  70.1  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  27.78 
 
 
928 aa  69.7  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0497  DNA polymerase I  23.24 
 
 
862 aa  69.7  0.0000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000090764  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3361  DNA polymerase I  25.62 
 
 
909 aa  69.7  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00788758  normal  0.41459 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1172  DNA polymerase I  25.88 
 
 
893 aa  68.9  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03934  DNA polymerase I  29.39 
 
 
933 aa  68.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540261  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  27.88 
 
 
922 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1930  DNA polymerase I  28 
 
 
927 aa  68.9  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173956  normal  0.0298694 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1062  DNA polymerase I  28.26 
 
 
934 aa  68.6  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4485  DNA polymerase I  26.64 
 
 
921 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00194681  normal  0.0107032 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0102  DNA polymerase I  25.76 
 
 
918 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758898  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  26.64 
 
 
921 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000915793  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0390  DNA polymerase I  28.75 
 
 
923 aa  68.6  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  27.88 
 
 
922 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  26.64 
 
 
935 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000790678  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4290  DNA polymerase I  26.64 
 
 
921 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000095151  hitchhiker  0.000000056057 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2669  DNA polymerase I  29.65 
 
 
922 aa  68.6  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.48078  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4669  DNA polymerase I  27.51 
 
 
922 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3317  DNA polymerase I  29.65 
 
 
922 aa  68.2  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397865  normal  0.106648 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0558  DNA polymerase I  27.23 
 
 
885 aa  67.8  0.0000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.851525  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0448  DNA polymerase I  28.33 
 
 
923 aa  67.4  0.0000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0096  DNA-directed DNA polymerase  26.64 
 
 
933 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00741762  hitchhiker  0.000000822051 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1325  DNA polymerase I  27.11 
 
 
957 aa  67.4  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  28.63 
 
 
978 aa  67.4  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  26.56 
 
 
968 aa  67.4  0.0000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  24.51 
 
 
932 aa  67  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  24.51 
 
 
932 aa  67  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  24.51 
 
 
932 aa  67  0.0000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  26.69 
 
 
1004 aa  66.6  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11120  DNA polymerase I  25.78 
 
 
937 aa  66.2  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.249586  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  26.55 
 
 
922 aa  66.2  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0060  DNA polymerase I  26.2 
 
 
945 aa  66.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0959551  hitchhiker  0.000000934143 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0069  DNA polymerase I  25.19 
 
 
953 aa  66.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512123  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1501  DNA polymerase I  24.82 
 
 
1024 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3087  DNA-directed DNA polymerase  27.97 
 
 
686 aa  66.2  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1841  DNA polymerase I  28 
 
 
936 aa  66.2  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721717  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0712  DNA polymerase I  25.67 
 
 
939 aa  65.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  27.63 
 
 
928 aa  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  23.23 
 
 
931 aa  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00630  DNA polymerase I  28.89 
 
 
908 aa  65.9  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4612  DNA polymerase I  30.17 
 
 
930 aa  65.5  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72490  DNA polymerase I  28.89 
 
 
913 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.579087  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2692  DNA polymerase I  22.81 
 
 
899 aa  65.1  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.700333  hitchhiker  0.00010677 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3094  DNA polymerase I  22.81 
 
 
899 aa  65.1  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6293  DNA polymerase I  28.89 
 
 
917 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  26.2 
 
 
921 aa  65.1  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  26.11 
 
 
930 aa  65.1  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  27.71 
 
 
934 aa  65.1  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  24.07 
 
 
928 aa  65.1  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6788  DNA polymerase I  27.39 
 
 
913 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0147599  hitchhiker  0.00000170009 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3943  DNA polymerase I  24.03 
 
 
918 aa  64.7  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000101899  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  27.16 
 
 
941 aa  64.7  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2421  DNA polymerase I  26.95 
 
 
904 aa  64.3  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0819967  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1148  DNA-directed DNA polymerase  28.26 
 
 
937 aa  64.3  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  0.433626 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0541  DNA polymerase I  28.32 
 
 
908 aa  64.3  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001917  DNA polymerase I  28.51 
 
 
928 aa  63.9  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000349897  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5105  DNA polymerase I  28 
 
 
915 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.186109 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2834  DNA polymerase I  27.83 
 
 
913 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  27.11 
 
 
906 aa  63.9  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0601  DNA-directed DNA polymerase  26.55 
 
 
587 aa  63.9  0.000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  24.9 
 
 
916 aa  63.5  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1729  DNA polymerase I  27.16 
 
 
944 aa  63.5  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2471  DNA polymerase I  26.34 
 
 
1047 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195384  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2694  DNA polymerase I  26.34 
 
 
1047 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  25.6 
 
 
992 aa  63.2  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0138  DNA polymerase I  28 
 
 
915 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1512  DNA polymerase I  26.29 
 
 
972 aa  62.8  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.43872  normal  0.0397579 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3185  fused DNA polymerase 5'->3' exonuclease and 3'->5' polymerase and 3'->5' exonuclease  21.52 
 
 
938 aa  62.8  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.994376  normal  0.149667 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  29.13 
 
 
937 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  26.32 
 
 
943 aa  62.4  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  26.22 
 
 
903 aa  62.4  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4419  DNA polymerase I  26.22 
 
 
915 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.251272  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0140  DNA polymerase I  28 
 
 
915 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>