More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3617 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009955  Dshi_3617  peptidase M23B  100 
 
 
457 aa  900    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0923859  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3955  peptidase M23B  100 
 
 
457 aa  900    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.053083  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0910  peptidase M23B  35.33 
 
 
479 aa  182  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.217217  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3928  peptidase M23B  33.53 
 
 
475 aa  179  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000103245  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1070  peptidase M23B  31.87 
 
 
470 aa  176  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000663159  hitchhiker  0.00472125 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46000  metallopeptidase  34.23 
 
 
480 aa  176  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.064748  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2139  Peptidase M23  33.52 
 
 
490 aa  169  8e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00671131  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1754  peptidase M23B  31 
 
 
569 aa  167  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.598264 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1236  Peptidase M23  33.52 
 
 
441 aa  167  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.747064  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4768  peptidase M23B  32.09 
 
 
472 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000282967  normal  0.90661 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0808  hypothetical protein  31.15 
 
 
468 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0111068  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0465  peptidase M23B  31.78 
 
 
473 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494323  normal  0.161916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0435  M24/M37 family peptidase  31.78 
 
 
475 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal  0.0460462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0468  peptidase M23B  31.78 
 
 
473 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000910103  hitchhiker  0.00126388 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5906  peptidase M23B  39.18 
 
 
464 aa  162  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4566  peptidase M23B  30.84 
 
 
475 aa  160  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00491492  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0063  peptidase M23B  36.63 
 
 
448 aa  160  6e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000736446  normal  0.441172 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08540  hypothetical protein  30.79 
 
 
447 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000156584  decreased coverage  0.00000000118926 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0124  peptidase M23  33.63 
 
 
471 aa  159  1e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000771684  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0877  peptidase M23B  35.91 
 
 
503 aa  158  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0472829  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0141  metallopeptidase  33.63 
 
 
471 aa  158  2e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000148736  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0607  peptidase, M23/M37 family  30.25 
 
 
474 aa  157  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0513451  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0437  peptidase M23B  33.64 
 
 
513 aa  157  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000637591  normal  0.0934933 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02939  membrane-bound metalloendopeptidase  32.01 
 
 
472 aa  155  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1980  Peptidase M23  29.05 
 
 
460 aa  154  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00339871  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5099  peptidase M23B  30.12 
 
 
503 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000186305  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2644  peptidase M23B  36.44 
 
 
462 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107778  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3506  peptidase M23B  31.9 
 
 
741 aa  154  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000124744  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2213  Peptidase M23  30.28 
 
 
457 aa  154  4e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.987255  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0299  Peptidase M23  32.92 
 
 
490 aa  152  8.999999999999999e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0751276  normal  0.0202035 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0656  peptidase M23B  31.82 
 
 
490 aa  152  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.45264  normal  0.700073 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2406  Peptidase M23  31.35 
 
 
517 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000297595  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0475  peptidase M23B  32.12 
 
 
464 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0764227  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3446  peptidase M23B  36.84 
 
 
464 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0198039 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6410  peptidase M23B  32.46 
 
 
491 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.101162  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0458  peptidase family protein  39.82 
 
 
438 aa  150  6e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0151813  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3151  hypothetical protein  32.72 
 
 
460 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.696817  hitchhiker  0.00198036 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0770  peptidase M23B  30.7 
 
 
533 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0419  peptidase M23  33.33 
 
 
695 aa  149  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0620331 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0505  peptidase M23B  38.37 
 
 
465 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0483  M23/M37 peptidase domain-containing protein  35.09 
 
 
312 aa  148  3e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0302091  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0416  peptidase M23B  31.61 
 
 
464 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.749321  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0610  Peptidase M23  37.87 
 
 
454 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0696  peptidase M23B  30.24 
 
 
459 aa  147  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000424266  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4107  peptidase M23B  36.33 
 
 
457 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0631  peptidase M23B  37.87 
 
 
454 aa  147  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0247  M24/M37 family peptidase  31.3 
 
 
449 aa  146  8.000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1196  putative metalloendopeptidase  30.32 
 
 
687 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.336043  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3284  Peptidase M23  36.82 
 
 
665 aa  145  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0190084 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3798  peptidase M23B  35.02 
 
 
676 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.24711  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4765  peptidase M23B  38.4 
 
 
420 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5824  Peptidase M23  31.7 
 
 
681 aa  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0370  peptidase M23B  36.65 
 
 
402 aa  144  4e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.890076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3043  peptidase M23B  39.66 
 
 
621 aa  143  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.022206 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1541  peptidase M23  38.04 
 
 
425 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.759696  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1596  peptidase M23B  38.04 
 
 
400 aa  143  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.559907  normal  0.338058 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1140  peptidase M23B  38.04 
 
 
421 aa  143  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5107  peptidase M23B  40.23 
 
 
345 aa  143  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000871581  decreased coverage  0.00235334 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1620  peptidase M23B  38.04 
 
 
421 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4245  peptidase M23B  28.16 
 
 
680 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.442759 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4308  peptidase M23B  38.27 
 
 
457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000552586  decreased coverage  0.0000000100746 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1518  peptidase M23B  38.4 
 
 
425 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4046  peptidase M23B  35.89 
 
 
453 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.42477 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2993  peptidase M23B  30.39 
 
 
645 aa  141  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4988  peptidase M23B  39.78 
 
 
457 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0955  Peptidase M23  31.25 
 
 
699 aa  139  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3172  peptidase M23B  39.78 
 
 
457 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3257  peptidase M23  39.53 
 
 
450 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000000116683  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0270  M23 peptidase domain-containing protein  27.58 
 
 
423 aa  139  2e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00486213  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1618  peptidase M23B  37.26 
 
 
412 aa  138  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278524  normal  0.127445 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1087  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  31.53 
 
 
460 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00818194  normal  0.118313 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4275  peptidase M23B  34.8 
 
 
695 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0353482 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0008  peptidase M23B  33.95 
 
 
417 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2941  peptidase M23B  38.37 
 
 
454 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.324447 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2447  M23/M37 familypeptidase  38.46 
 
 
499 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.372819  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1023  peptidase M23B  33.09 
 
 
697 aa  137  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.490188 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1150  Peptidase M23  31 
 
 
697 aa  137  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.812424  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1228  M24/M37 family peptidase  29.24 
 
 
386 aa  136  6.0000000000000005e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00112662  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1350  M24/M37 family peptidase  29.24 
 
 
386 aa  136  9e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0610  hypothetical protein  25.42 
 
 
477 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4572  Peptidase M23  36.84 
 
 
615 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.476433  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4673  Peptidase M23  36 
 
 
446 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0627  hypothetical protein  30.19 
 
 
477 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0567  peptidase M23B  32.04 
 
 
692 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2055  peptidase  37.69 
 
 
512 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.485622  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1920  peptidoglycan-specific endopeptidase, M23 family  27.81 
 
 
452 aa  134  3e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0283385  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4919  Peptidase M23  33.48 
 
 
676 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0696  M24/M37 family peptidase  31.91 
 
 
388 aa  134  3e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0489006  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1900  M24/M37 family peptidase  37.69 
 
 
471 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0520216  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4092  peptidase M23B  33.04 
 
 
681 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0514  M24/M37 family peptidase  28.95 
 
 
386 aa  134  3.9999999999999996e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000380878  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1887  M24/M37 family peptidase  37.69 
 
 
472 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0768301  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0321  metallopeptidase  37.69 
 
 
509 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.255107  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0554  peptidase M23B  40.34 
 
 
457 aa  133  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0864407  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1665  peptidase  37.69 
 
 
470 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.175912  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0660  peptidase M23B  32.1 
 
 
690 aa  133  7.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.375288  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0727  peptidase M23B  33.61 
 
 
465 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2163  Peptidase M23  29.48 
 
 
453 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0002  Peptidase M23  31.75 
 
 
523 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0849  M24/M37 family peptidase  30.14 
 
 
462 aa  131  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0168749  normal  0.445111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>