122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3281 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3281  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 
1123 aa  2179    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.310372  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  42.1 
 
 
2667 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1701  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.55 
 
 
1148 aa  415  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.427243  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1683  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.3 
 
 
1148 aa  409  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5031  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.59 
 
 
1075 aa  400  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0324828  normal  0.671967 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  41.22 
 
 
2775 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2372  5'-Nucleotidase domain protein  41.47 
 
 
2796 aa  392  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.308667 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1201  PKD domain-containing protein  39.76 
 
 
780 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13340  extracellular nuclease  40.23 
 
 
780 aa  366  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0905495  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4728  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.6 
 
 
2346 aa  362  2e-98  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2843  extracellular nuclease-like  39.6 
 
 
945 aa  361  4e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0894144  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2774  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.41 
 
 
1641 aa  359  1.9999999999999998e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0508724  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2828  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.16 
 
 
1641 aa  352  2e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0270  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.2 
 
 
641 aa  335  4e-90  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.527105  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2634  extracellular ribonuclease/nuclease fusion protein  35.85 
 
 
1310 aa  333  1e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1033  endonuclease I  39.09 
 
 
1503 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.8795  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0419  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.27 
 
 
1052 aa  320  1e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0131268  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0358  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.3 
 
 
826 aa  316  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1477  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.94 
 
 
947 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1568  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.49 
 
 
942 aa  315  2.9999999999999996e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.10217  normal  0.0647375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1911  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.79 
 
 
940 aa  315  3.9999999999999997e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000962851  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2272  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.44 
 
 
942 aa  311  4e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000211243  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01224  extracellular ribonuclease/nuclease fusion protein  38.45 
 
 
1346 aa  310  1.0000000000000001e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0972  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.48 
 
 
1266 aa  305  2.0000000000000002e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.705534  normal  0.368107 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2170  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.97 
 
 
945 aa  303  9e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.160261 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1104  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.16 
 
 
601 aa  301  5e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.604194 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1858  PKD domain-containing protein  37.16 
 
 
944 aa  295  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1707  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.69 
 
 
955 aa  294  7e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1819  PKD domain-containing protein  37.36 
 
 
944 aa  293  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1534  PKD domain-containing protein  36.31 
 
 
948 aa  292  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.97112  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1595  PKD domain-containing protein  36.72 
 
 
948 aa  293  2e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.230765  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1811  PKD domain-containing protein  36.84 
 
 
944 aa  292  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1601  PKD domain-containing protein  36.62 
 
 
948 aa  289  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.156806 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1622  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.93 
 
 
944 aa  289  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4713  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.78 
 
 
1284 aa  288  5e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.814549 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2467  PKD domain containing protein  36.68 
 
 
944 aa  288  5.999999999999999e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.183397  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1844  extracellular nuclease, putative  36.25 
 
 
948 aa  287  9e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4989  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.29 
 
 
848 aa  283  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.170324  normal  0.316341 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3284  extracellular nuclease-like protein  35.81 
 
 
795 aa  276  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512865  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0259  putative extracellular nuclease  34.42 
 
 
624 aa  274  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1440  putative extracellular nuclease  34.42 
 
 
624 aa  274  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1637  putative extracellular nuclease  34.42 
 
 
624 aa  274  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2637  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  34.42 
 
 
624 aa  274  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.541694  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0292  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  34.42 
 
 
624 aa  274  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.262594  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2498  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  34.42 
 
 
624 aa  274  7e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.209723  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0532  extracellular nuclease, putative  34.26 
 
 
622 aa  270  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0828  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.14 
 
 
818 aa  269  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.182782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0758  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.87 
 
 
818 aa  269  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0350969 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1361  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.75 
 
 
573 aa  266  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.153605  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5193  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.01 
 
 
603 aa  263  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.79221  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4749  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.28 
 
 
604 aa  262  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3418  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.28 
 
 
604 aa  262  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4098  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.6 
 
 
604 aa  263  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.535753 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2760  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.39 
 
 
604 aa  259  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3711  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.07 
 
 
600 aa  259  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.187879  normal  0.194712 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2286  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.53 
 
 
621 aa  257  7e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.127089 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5194  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.12 
 
 
604 aa  257  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.337928  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5536  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.41 
 
 
627 aa  256  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.8971  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3357  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.91 
 
 
604 aa  255  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0934  extracellular nuclease  34.77 
 
 
514 aa  254  6e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3615  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.73 
 
 
868 aa  250  9e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.705484  normal  0.0425486 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1631  5'-Nucleotidase domain protein  31.24 
 
 
1652 aa  244  6e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.453464  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4327  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.55 
 
 
653 aa  238  7e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240387  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4553  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.15 
 
 
620 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3810  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.15 
 
 
599 aa  237  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.193506 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3714  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.99 
 
 
620 aa  234  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.495775 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01770  predicted extracellular nuclease  31.94 
 
 
863 aa  227  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.609758  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00081  nuclease  30.45 
 
 
982 aa  218  5e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0697  5'-Nucleotidase domain protein  31.86 
 
 
1506 aa  216  1.9999999999999998e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.208594  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3091  5'-Nucleotidase domain protein  31.4 
 
 
1577 aa  216  2.9999999999999995e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0201  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.4 
 
 
481 aa  214  4.9999999999999996e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.418254  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0110  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.89 
 
 
586 aa  213  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.738543  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002273  predicted extracellular nuclease  30.58 
 
 
984 aa  212  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1364  putative exported nuclease  30.17 
 
 
890 aa  210  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.587865  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0825  5'-Nucleotidase domain protein  32.85 
 
 
1512 aa  206  3e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03816  nuclease  29.97 
 
 
572 aa  204  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0677  5'-nucleotidase domain-containing protein  31.65 
 
 
1525 aa  201  6e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.608053  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3943  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.76 
 
 
885 aa  200  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.439448 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33530  predicted extracellular nuclease  30.88 
 
 
1591 aa  197  6e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0542188  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03610  putative glutamate--cysteine ligase/putative amino acid ligase  32.98 
 
 
902 aa  196  2e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.230337  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0364  5'-Nucleotidase domain protein  32.81 
 
 
1577 aa  194  1e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.381679  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3718  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.32 
 
 
870 aa  191  9e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2322  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.96 
 
 
929 aa  189  2e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.451149  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2906  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.26 
 
 
873 aa  189  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.435339  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2945  extracellular nuclease  31.4 
 
 
865 aa  188  6e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.172583 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3193  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.03 
 
 
871 aa  185  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00309211  normal  0.0976082 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1063  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.46 
 
 
554 aa  182  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3397  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.17 
 
 
870 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00146831  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3472  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.17 
 
 
870 aa  181  8e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0137942  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2694  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.02 
 
 
1010 aa  180  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.434546 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0890  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.02 
 
 
870 aa  180  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.298934  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3033  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.09 
 
 
870 aa  180  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.441038  normal  0.600162 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3595  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.17 
 
 
870 aa  180  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0433948  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0941  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.33 
 
 
870 aa  179  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.578163  normal  0.129599 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3009  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.25 
 
 
876 aa  178  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00148055  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0904  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.01 
 
 
870 aa  177  9e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00895191  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2198  hypothetical protein  29.06 
 
 
869 aa  177  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3944  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.96 
 
 
892 aa  176  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000110843  normal  0.791963 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3886  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.72 
 
 
894 aa  171  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000584422 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1066  extracellular nuclease  29.53 
 
 
871 aa  170  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>