57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3218 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3218  CRISPR-associated protein Cas5 family  100 
 
 
228 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.960254  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0345  CRISPR-associated Cas5e family protein  55.6 
 
 
249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2232  CRISPR-associated protein Cas5 family  44.49 
 
 
243 aa  160  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0782  CRISPR-associated protein Cas5 family  42.92 
 
 
246 aa  148  8e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0782  CRISPR-associated protein Cas5 family  42.49 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0484  CRISPR-associated protein Cas5 family  40.76 
 
 
252 aa  139  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.325433  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0932  CRISPR-associated Cas5e family protein  39.09 
 
 
249 aa  137  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.767604  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3201  CRISPR-associated protein Cas5 family  40.51 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0951  CRISPR-associated Cas5 family protein  38.3 
 
 
242 aa  128  9.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0906811  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0597  CRISPR-associated Cas5e family protein  28.65 
 
 
244 aa  76.3  0.0000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000000000000345339  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1899  CRISPR-associated protein Cas5 family  37.5 
 
 
230 aa  65.9  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17320  CRISPR-associated protein, Cas5e family  34.55 
 
 
262 aa  63.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2442  CRISPR-associated protein Cas5 family  31.45 
 
 
215 aa  62  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.844611 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0861  CRISPR-associated Cas5e family protein  27 
 
 
245 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0230  CRISPR-associated Cas5e family protein  33.33 
 
 
260 aa  60.1  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0955  CRISPR-associated Cas5 family protein  28.06 
 
 
224 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0931  CRISPR-associated protein Cas5 family  30.23 
 
 
224 aa  58.5  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0021  CRISPR-associated Cas5e family protein  33.94 
 
 
276 aa  58.2  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.538245  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0171  CRISPR-associated Cas5e family protein  31.6 
 
 
261 aa  58.2  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1590  CRISPR-associated Cas5 family protein  24.53 
 
 
217 aa  57  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.468726 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3015  Cas5 family CRISPR-associated protein  32.39 
 
 
231 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000337648  normal  0.0242997 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2896  CRISPR-associated Cas5 family protein  29.75 
 
 
226 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.586448  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0985  CRISPR-associated protein Cas5 family  34.83 
 
 
253 aa  55.8  0.0000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0944  CRISPR-associated protein Cas5 family  31.36 
 
 
273 aa  55.5  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2987  CRISPR-associated Cas5 family protein  28.31 
 
 
259 aa  55.5  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3544  CRISPR-associated Cas5 family protein  28.66 
 
 
258 aa  55.1  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0725088 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5411  CRISPR-associated protein Cas5 family  32.96 
 
 
273 aa  55.1  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0731304  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3587  CRISPR-associated protein Cas5 family  36.36 
 
 
245 aa  54.7  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0647  CRISPR-associated Cas5 family protein  28.37 
 
 
262 aa  54.3  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.836843  normal  0.566503 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0401  CRISPR-associated protein Cas5 family  32.72 
 
 
244 aa  54.3  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0308989  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2476  CRISPR-associated protein Cas5 family  32 
 
 
271 aa  52.8  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3051  CRISPR-associated protein Cas5 family  32.57 
 
 
252 aa  52  0.000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000204207  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17170  CRISPR-associated protein Cas5  31.74 
 
 
255 aa  52  0.000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.793346  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1810  CRISPR-associated Cas5 family protein  28.4 
 
 
249 aa  52  0.000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3059  CRISPR-associated Cas5 family protein  28.29 
 
 
248 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00869  CRISPR-associated protein Cas5 family  31.78 
 
 
231 aa  51.2  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3318  CRISPR-associated Cas5 family protein  27.78 
 
 
249 aa  50.4  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.295879  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0424  CRISPR-associated protein Cas5 family  29.31 
 
 
260 aa  50.8  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00796359  normal  0.029859 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4010  CRISPR-associated protein Cas5  28.29 
 
 
248 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2633  CRISPR-associated Cas5e family protein  34.5 
 
 
232 aa  49.7  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.405174  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3906  CRISPR-associated protein Cas5 family  31.06 
 
 
245 aa  49.3  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00264254  normal  0.124741 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0927  CRISPR-associated protein Cas5 family  30.77 
 
 
249 aa  48.9  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2885  CRISPR-associated Cas5 family protein  27.63 
 
 
248 aa  48.5  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.582573  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4090  CRISPR-associated protein Cas5 family  29.56 
 
 
216 aa  48.5  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.509678  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1388  CRISPR-associated Cas5e family protein  30.72 
 
 
226 aa  48.1  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0831  CRISPR-associated Cas5 family protein  29.17 
 
 
231 aa  48.1  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.842897  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1377  CRISPR-associated Cas5e family protein  28.86 
 
 
225 aa  47.8  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00215137  normal  0.352446 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1234  CRISPR-associated protein Cas5 family  34.84 
 
 
232 aa  47  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00117259  normal  0.672952 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13900  CRISPR-associated protein Cas5  30.86 
 
 
236 aa  47  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.872767  normal  0.507161 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2339  CRISPR-associated Cas5 family protein  32.48 
 
 
232 aa  47  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17210  CRISPR-associated protein, CT1976  35.58 
 
 
217 aa  45.1  0.0009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1597  CRISPR-associated Cas5e family protein  29.94 
 
 
245 aa  44.7  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.0035372  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0907  CRISPR-associated protein Cas5 family  29.55 
 
 
238 aa  43.5  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.680141  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1604  CRISPR-associated protein Cas5 family  31.14 
 
 
257 aa  43.5  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.421198  normal  0.866363 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0960  hypothetical protein  32.93 
 
 
244 aa  43.5  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2683  CRISPR-associated protein Cas5 family  29.09 
 
 
234 aa  42.7  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1975  CRISPR-associated Cas5 family protein  30 
 
 
257 aa  42  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.40631  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>