87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3149 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3149  putative D-alanyl-d-alanine dipeptidase  100 
 
 		 270 aa  539  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00328956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2018  peptidase M15D VanX D-ala-D-ala dipeptidase  38.51 
 
 		 174 aa  123  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.538777  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39780  D-ala-D-ala dipeptidase  42.35 
 
 		 254 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.384514  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1243  D-ala-D-ala dipeptidase  38.5 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0161  D-ala-D-ala dipeptidase  33.19 
 
 		 251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.834383  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16701  D-ala-D-ala dipeptidase  36.74 
 
 		 252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.846415 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0663  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  43 
 
 		 253 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07931  D-ala-D-ala dipeptidase  31.88 
 
 		 251 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2448  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  34.5 
 
 		 251 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1226  putative D-alanyl-D-alanine dipeptidase  35.56 
 
 		 233 aa  110  3e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.101046  normal  0.395432 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1551  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  38.89 
 
 		 252 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.03946  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1333  peptidase M15D, VanX D-ala-D-ala dipeptidase  40.53 
 
 		 253 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0214  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  32.49 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0532719  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15160  hypothetical protein  43 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.803712  hitchhiker  0.0000117372 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4490  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  35.53 
 
 		 242 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0765  D-ala-D-ala dipeptidase  33.68 
 
 		 227 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.667505  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0432  D-alanyl-D-alanine dipeptidase-like  38.02 
 
 		 232 aa  98.6  9e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.34989  normal  0.285253 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2224  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  33.83 
 
 		 237 aa  96.7  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08171  D-ala-D-ala dipeptidase  31.05 
 
 		 227 aa  96.3  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10061  D-ala-D-ala dipeptidase  30.84 
 
 		 244 aa  95.1  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.331576  normal  0.504812 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0787  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  31.54 
 
 		 234 aa  94  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000209918 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1391  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  29.22 
 
 		 233 aa  94.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1425  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  32.34 
 
 		 233 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.511324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4557  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  34.04 
 
 		 240 aa  90.1  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2196  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  34.57 
 
 		 214 aa  89.4  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348263  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0087  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  34.46 
 
 		 231 aa  87.8  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0891  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  34.24 
 
 		 239 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.138427  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2514  hypothetical protein  29.03 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2367  hypothetical protein  29.49 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4812  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  32.07 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5471  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  32.07 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0406777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3555  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  32.07 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1324  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  35 
 
 		 221 aa  76.6  0.0000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.557564  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0533  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  43.4 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.116502  hitchhiker  0.000017573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0462  d-alanyl-d-alanine dipeptidase, putative  34.6 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.528345  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0622  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  34.6 
 
 		 273 aa  72  0.000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1272  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  33.18 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22940  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  35.98 
 
 		 248 aa  71.2  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.191937 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0077  D-Ala-D-Ala dipeptidase  34.16 
 
 		 231 aa  68.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.033757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4116  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  38.03 
 
 		 190 aa  67  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.53772  normal  0.253468 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1343  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  29.77 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25870  D-Ala-D-Ala dipeptidase vanX  31.76 
 
 		 254 aa  62  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0344  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  29.27 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2827  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  30.66 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.159647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3762  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  44.19 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.553521  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2615  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  26.89 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1902  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  31.41 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2133  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  26.44 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2745  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  26.91 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.791278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04244  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  30.64 
 
 		 248 aa  54.7  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1987  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  29.35 
 
 		 239 aa  53.5  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.726501 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1206  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  33.33 
 
 		 227 aa  52.4  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0509  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  28.23 
 
 		 234 aa  52  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1685  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  28.41 
 
 		 193 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0763  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  33.13 
 
 		 224 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.491142  normal  0.0376933 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4601  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  24.73 
 
 		 225 aa  50.1  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.206792  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1661  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  27.61 
 
 		 202 aa  49.7  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1714  hypothetical protein  27.51 
 
 		 256 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1742  periplasmic dipeptidase  27.51 
 
 		 256 aa  49.7  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0800  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  32.54 
 
 		 220 aa  49.3  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0574053  normal  0.256235 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11948  probable peptidase  27.38 
 
 		 196 aa  48.5  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.643992  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1410  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  34.83 
 
 		 327 aa  47.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0198  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  30.07 
 
 		 203 aa  47.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0693761 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1561  Svh  27.51 
 
 		 256 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4285  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  26.06 
 
 		 226 aa  46.6  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0840  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  30.48 
 
 		 220 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.205145  normal  0.593673 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0653  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  32.67 
 
 		 265 aa  46.2  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1751  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  28.87 
 
 		 193 aa  46.2  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2100  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  28.87 
 
 		 193 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1441  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  29.45 
 
 		 189 aa  45.8  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.494405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1677  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  28.87 
 
 		 193 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1717  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  27.89 
 
 		 256 aa  45.8  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.310122  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01446  D-ala-D-ala dipeptidase, Zn-dependent  28.87 
 
 		 193 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01458  hypothetical protein  28.87 
 
 		 193 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2169  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  28.87 
 
 		 193 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.159114  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2159  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  28.87 
 
 		 193 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00101458  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2119  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  31.06 
 
 		 222 aa  45.4  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1785  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  28.25 
 
 		 187 aa  43.9  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000113929 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5715  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  27.92 
 
 		 187 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0449743 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4590  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  27.92 
 
 		 187 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.977073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3778  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  27.92 
 
 		 187 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1573  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  28.17 
 
 		 193 aa  43.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6300  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  29.37 
 
 		 187 aa  43.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3026  peptidase M15D, vanX D-ala-D-ala dipeptidase  28.88 
 
 		 238 aa  42.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138377  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1627  peptidase M15D vanX D-ala-D-ala dipeptidase  25.45 
 
 		 246 aa  42.7  0.007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1415  D-Ala-D-Ala dipeptidase  27.81 
 
 		 213 aa  42.4  0.009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1654  D-alanyl-D-alanine dipeptidase  29.93 
 
 		 207 aa  42  0.01  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.52906 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>